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- PDB-6wgg: Atomic model of pre-insertion mutant OCCM-DNA complex(ORC-Cdc6-Cd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wgg
タイトルAtomic model of pre-insertion mutant OCCM-DNA complex(ORC-Cdc6-Cdt1-Mcm2-7 with Mcm6 WHD truncation)
要素
  • (Cell division ...) x 2
  • (DNA (41-MER)) x 2
  • (DNA replication licensing factor ...) x 5
  • (Origin recognition complex subunit ...) x 6
  • Minichromosome maintenance protein 5
キーワードREPLICATION/DNA / DNA replication / Cryo-EM / OCCM-deltaC6 / REPLICATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


MCM complex loading / CDC6 association with the ORC:origin complex / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of rDNA / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / MCM complex binding / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / nuclear DNA replication ...MCM complex loading / CDC6 association with the ORC:origin complex / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of rDNA / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / MCM complex binding / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / nuclear DNA replication / premeiotic DNA replication / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / nuclear origin of replication recognition complex / mitotic DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / nucleosome organization / CMG complex / nuclear pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / MCM complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / replication fork protection complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / single-stranded DNA helicase activity / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / silent mating-type cassette heterochromatin formation / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / DNA unwinding involved in DNA replication / Orc1 removal from chromatin / nuclear replication fork / regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / nucleosome binding / DNA replication initiation / subtelomeric heterochromatin formation / DNA helicase activity / helicase activity / transcription elongation by RNA polymerase II / heterochromatin formation / G1/S transition of mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / chromosome / DNA helicase / chromosome, telomeric region / cell division / GTPase activity / DNA damage response / chromatin binding / GTP binding / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Origin recognition complex, subunit 6, fungi / DNA replication factor Cdt1, C-terminal / DNA replication factor Cdt1, C-terminal WH domain superfamily / DNA replication factor Cdt1 C-terminal domain / : / Origin recognition complex subunit 1 C-terminal winged HTH domain / Cell division protein Cdc6/18 / : / Cdc6/ORC-like, ATPase lid domain / Origin recognition complex, subunit 6 ...Origin recognition complex, subunit 6, fungi / DNA replication factor Cdt1, C-terminal / DNA replication factor Cdt1, C-terminal WH domain superfamily / DNA replication factor Cdt1 C-terminal domain / : / Origin recognition complex subunit 1 C-terminal winged HTH domain / Cell division protein Cdc6/18 / : / Cdc6/ORC-like, ATPase lid domain / Origin recognition complex, subunit 6 / Origin recognition complex subunit 6 (ORC6) / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex, subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4, C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, winged helix C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, N-terminal / : / : / Origin recognition complex (ORC) subunit 3 N-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 4 C-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 5 C-terminus / Origin recognition complex winged helix C-terminal / ORC5, lid domain / Cdc6, C-terminal / : / CDC6, C terminal winged helix domain / Orc1-like, AAA ATPase domain / Origin recognition complex subunit 2 / AAA domain / AAA ATPase domain / Origin recognition complex, subunit 2 / AAA lid domain / AAA lid domain / : / : / MCM3 winged helix domain / MCM4, winged helix domain / : / MCM5, C-terminal domain / DNA replication licensing factor Mcm5 / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM OB domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / EF-Hand 1, calcium-binding site / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / Cell division control protein 6 / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / Origin recognition complex subunit 2 / DNA replication licensing factor MCM7 ...PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / Cell division control protein 6 / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / Origin recognition complex subunit 2 / DNA replication licensing factor MCM7 / Origin recognition complex subunit 6 / Cell division cycle protein CDT1 / Origin recognition complex subunit 5 / DNA replication licensing factor MCM6 / Origin recognition complex subunit 1 / Origin recognition complex subunit 3 / Origin recognition complex subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.1 Å
データ登録者Yuan, Z. / Schneider, S. / Dodd, T. / Riera, A. / Bai, L. / Yan, C. / Magdalou, I. / Ivanov, I. / Stillman, B. / Li, H. / Speck, C.
資金援助 米国, 英国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110387 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131754 米国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S001387/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/N000323/1 英国
Wellcome Trust107903/Z/15/Z 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Structural mechanism of helicase loading onto replication origin DNA by ORC-Cdc6.
著者: Zuanning Yuan / Sarah Schneider / Thomas Dodd / Alberto Riera / Lin Bai / Chunli Yan / Indiana Magdalou / Ivaylo Ivanov / Bruce Stillman / Huilin Li / Christian Speck /
要旨: DNA replication origins serve as sites of replicative helicase loading. In all eukaryotes, the six-subunit origin recognition complex (Orc1-6; ORC) recognizes the replication origin. During late M- ...DNA replication origins serve as sites of replicative helicase loading. In all eukaryotes, the six-subunit origin recognition complex (Orc1-6; ORC) recognizes the replication origin. During late M-phase of the cell-cycle, Cdc6 binds to ORC and the ORC-Cdc6 complex loads in a multistep reaction and, with the help of Cdt1, the core Mcm2-7 helicase onto DNA. A key intermediate is the ORC-Cdc6-Cdt1-Mcm2-7 (OCCM) complex in which DNA has been already inserted into the central channel of Mcm2-7. Until now, it has been unclear how the origin DNA is guided by ORC-Cdc6 and inserted into the Mcm2-7 hexamer. Here, we truncated the C-terminal winged-helix-domain (WHD) of Mcm6 to slow down the loading reaction, thereby capturing two loading intermediates prior to DNA insertion in budding yeast. In "semi-attached OCCM," the Mcm3 and Mcm7 WHDs latch onto ORC-Cdc6 while the main body of the Mcm2-7 hexamer is not connected. In "pre-insertion OCCM," the main body of Mcm2-7 docks onto ORC-Cdc6, and the origin DNA is bent and positioned adjacent to the open DNA entry gate, poised for insertion, at the Mcm2-Mcm5 interface. We used molecular simulations to reveal the dynamic transition from preloading conformers to the loaded conformers in which the loading of Mcm2-7 on DNA is complete and the DNA entry gate is fully closed. Our work provides multiple molecular insights into a key event of eukaryotic DNA replication.
履歴
登録2020年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21665
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
8: Cell division cycle protein CDT1
9: Cell division control protein 6
A: Origin recognition complex subunit 1
B: Origin recognition complex subunit 2
C: Origin recognition complex subunit 3
E: Origin recognition complex subunit 5
D: Origin recognition complex subunit 4
F: Origin recognition complex subunit 6
G: DNA (41-MER)
H: DNA (41-MER)
2: DNA replication licensing factor MCM2
3: DNA replication licensing factor MCM3
4: DNA replication licensing factor MCM4
5: Minichromosome maintenance protein 5
6: DNA replication licensing factor MCM6
7: DNA replication licensing factor MCM7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,174,71920
ポリマ－1,172,62616
非ポリマー2,0934
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area75350 Å2
ΔGint-401 kcal/mol
Surface area347170 Å2

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要素

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Cell division ... , 2種, 2分子 89

#1: タンパク質 Cell division cycle protein CDT1 / SIC1 indispensable protein 2 / Topoisomerase-A hypersensitive protein 11


分子量: 68486.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TAH11, CDT1, SID2, YJR046W, J1641 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P47112
#2: タンパク質 Cell division control protein 6


分子量: 58112.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CDC6, YJL194W, J0347 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P09119

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Origin recognition complex subunit ... , 6種, 6分子 ABCEDF

#3: タンパク質 Origin recognition complex subunit 1 / Origin recognition complex 120 kDa subunit


分子量: 104433.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ORC1, YML065W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P54784
#4: タンパク質 Origin recognition complex subunit 2 / Origin recognition complex 71 kDa subunit


分子量: 71342.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ORC2, RRR1, SIR5, YBR060C, YBR0523 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32833
#5: タンパク質 Origin recognition complex subunit 3 / Origin recognition complex 62 kDa subunit


分子量: 72161.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ORC3, OAF1, OIF1, YLL004W, L1365 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P54790
#6: タンパク質 Origin recognition complex subunit 5 / Origin recognition complex 53 kDa subunit


分子量: 55347.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ORC5, YNL261W, N0834 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P50874
#7: タンパク質 Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex 56 kDa subunit


分子量: 60772.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ORC4, YPR162C, P9325.5 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P54791
#8: タンパク質 Origin recognition complex subunit 6 / ACS-associated protein 1 / Origin recognition complex 50 kDa subunit


分子量: 50369.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ORC6, AAP1, YHR118C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38826

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DNA鎖 , 2種, 2分子 GH

#9: DNA鎖 DNA (41-MER)


分子量: 12577.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#10: DNA鎖 DNA (41-MER)


分子量: 12655.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
DNA replication licensing factor ... , 5種, 5分子 23467

#11: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 2


分子量: 98911.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM2, YBL023C, YBL0438 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P29469, DNA helicase
#12: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM3 / Minichromosome maintenance protein 3


分子量: 107653.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM3, YEL032W, SYGP-ORF23 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P24279, DNA helicase
#13: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM4 / Cell division control protein 54


分子量: 105138.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM4, CDC54, HCD21, YPR019W, YP9531.13 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30665, DNA helicase
#15: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM6 / Minichromosome maintenance protein 6


分子量: 113110.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM6, YGL201C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53091, DNA helicase
#16: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM7 / Cell division control protein 47 / Minichromosome maintenance protein 7


分子量: 95049.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM7, CDC47, YBR202W, YBR1441 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38132, DNA helicase

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 5分子 5

#14: タンパク質 Minichromosome maintenance protein 5 / Cell division control protein 46


分子量: 86505.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM5, CDC46, YLR274W, L9328.1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P29496, DNA helicase
#17: 化合物
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ORC-Cdc6-Mcm2-7-dsDNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#16 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / プラスミド: pRS
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 8.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 25126 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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