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- PDB-6vu3: Cryo-EM structure of Escherichia coli transcription-translation c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vu3
タイトルCryo-EM structure of Escherichia coli transcription-translation complex A (TTC-A) containing mRNA with a 12 nt long spacer
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 21
  • (50S ribosomal protein ...) x 32
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 3
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • E-site and A-site tRNA (fMet)
  • NT DNA
  • T DNA
  • Transcription termination/antitermination protein NusG
  • mRNA with 12 nt long spacer
キーワードRIBOSOME / bacterial coupled transcription-translation complex / TRANSCRIPTION-TRANSLATION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription elongation-coupled chromatin remodeling / DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity ...transcription elongation-coupled chromatin remodeling / DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / transferase activity / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / protein dimerization activity / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S1 / Ribosomal protein S1-like / : / RNA-binding domain, S1 / Transcription antitermination protein, NusG / Transcription antitermination protein, NusG, bacteria, conserved site / Transcription termination factor nusG signature. / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain ...Ribosomal protein S1 / Ribosomal protein S1-like / : / RNA-binding domain, S1 / Transcription antitermination protein, NusG / Transcription antitermination protein, NusG, bacteria, conserved site / Transcription termination factor nusG signature. / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / NusG-like / Transcription termination factor nusG / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / S1 domain profile. / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / Ribosomal protein L25, short-form / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / Ribosomal protein L31 type A / S1 RNA binding domain / Ribosomal protein S21 superfamily / S1 domain / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L9 signature. / : / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) ...: / : / : / : / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / 50S ribosomal protein L27 / 30S ribosomal protein S10 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein bL36 / 50S ribosomal protein L30 / 30S ribosomal protein S14 / Large ribosomal subunit protein bL17 / 30S ribosomal protein S3 / Small ribosomal subunit protein bS6 / 50S ribosomal protein L10 / Large ribosomal subunit protein bL12 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / 50S ribosomal protein L6 / 50S ribosomal protein L28 / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / : / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS2 / 30S ribosomal protein S1 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein uS15 / 50S ribosomal protein L4 / 50S ribosomal protein L22 / 50S ribosomal protein L14 / 30S ribosomal protein S12 / 50S ribosomal protein L21 / 50S ribosomal protein L13 / 50S ribosomal protein L9 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein bS21 / 50S ribosomal protein L18 / 50S ribosomal protein L24 / 50S ribosomal protein L35 / 50S ribosomal protein L5 / 50S ribosomal protein L32 / 30S ribosomal protein S18 / : / 50S ribosomal protein L29 / 30S ribosomal protein S13 / 50S ribosomal protein L19 / 30S ribosomal protein S20 / 30S ribosomal protein S4 / Small ribosomal subunit protein uS11 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / 30S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL23 / 50S ribosomal protein L33 / 30S ribosomal protein S5 / 30S ribosomal protein S9 / Transcription termination/antitermination protein NusG / Large ribosomal subunit protein bL31
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Molodtsov, V. / Wang, C. / Su, M. / Ebright, R.
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Structural basis of transcription-translation coupling.
著者: Chengyuan Wang / Vadim Molodtsov / Emre Firlar / Jason T Kaelber / Gregor Blaha / Min Su / Richard H Ebright /
要旨: In bacteria, transcription and translation are coupled processes in which the movement of RNA polymerase (RNAP)-synthesizing messenger RNA (mRNA) is coordinated with the movement of the first ...In bacteria, transcription and translation are coupled processes in which the movement of RNA polymerase (RNAP)-synthesizing messenger RNA (mRNA) is coordinated with the movement of the first ribosome-translating mRNA. Coupling is modulated by the transcription factors NusG (which is thought to bridge RNAP and the ribosome) and NusA. Here, we report cryo-electron microscopy structures of transcription-translation complexes (TTCs) containing different-length mRNA spacers between RNAP and the ribosome active-center P site. Structures of TTCs containing short spacers show a state incompatible with NusG bridging and NusA binding (TTC-A, previously termed "expressome"). Structures of TTCs containing longer spacers reveal a new state compatible with NusG bridging and NusA binding (TTC-B) and reveal how NusG bridges and NusA binds. We propose that TTC-B mediates NusG- and NusA-dependent transcription-translation coupling.
履歴
登録2020年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02024年11月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / em_entity_assembly / em_entity_assembly_naturalsource / em_entity_assembly_recombinant / em_software / entity / entity_src_gen / entity_src_nat / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_conn / struct_keywords / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _em_entity_assembly.source / _em_entity_assembly.type / _em_entity_assembly_naturalsource.strain / _em_software.category / _entity.src_method / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
解説: Atomic clashes / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21386
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 50S ribosomal protein L21
1: 50S ribosomal protein L22
2: 50S ribosomal protein L23
3: 50S ribosomal protein L24
4: 50S ribosomal protein L25
5: NT DNA
6: T DNA
7: mRNA with 12 nt long spacer
9: 50S ribosomal protein L10
A: E-site and A-site tRNA (fMet)
AA: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
AB: Transcription termination/antitermination protein NusG
AC: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
AD: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
AE: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
B: E-site and A-site tRNA (fMet)
C: 30S ribosomal protein S18
D: 16S rRNA
E: 30S ribosomal protein S20
F: 30S ribosomal protein S21
G: 30S ribosomal protein S2
H: 30S ribosomal protein S1
I: 30S ribosomal protein S3
J: 30S ribosomal protein S4
K: 30S ribosomal protein S5
L: 30S ribosomal protein S6
M: 30S ribosomal protein S7
N: 30S ribosomal protein S8
O: 30S ribosomal protein S9
P: 30S ribosomal protein S10
Q: 30S ribosomal protein S11
R: 30S ribosomal protein S12
S: 30S ribosomal protein S14
T: 30S ribosomal protein S15
U: 30S ribosomal protein S16
V: 30S ribosomal protein S17
W: 30S ribosomal protein S19
X: 30S ribosomal protein S13
Y: 50S ribosomal protein L11
Z: 50S ribosomal protein L7/L12
a: 23S rRNA
b: 50S ribosomal protein L27
c: 50S ribosomal protein L28
d: 5S rRNA
e: 50S ribosomal protein L29
f: 50S ribosomal protein L30
g: 50S ribosomal protein L31
h: 50S ribosomal protein L2
i: 50S ribosomal protein L32
j: 50S ribosomal protein L3
k: 50S ribosomal protein L33
l: 50S ribosomal protein L4
m: 50S ribosomal protein L34
n: 50S ribosomal protein L5
o: 50S ribosomal protein L35
p: 50S ribosomal protein L6
q: 50S ribosomal protein L36
r: 50S ribosomal protein L9
s: 50S ribosomal protein L13
t: 50S ribosomal protein L14
u: 50S ribosomal protein L15
v: 50S ribosomal protein L16
w: 50S ribosomal protein L17
x: 50S ribosomal protein L18
y: 50S ribosomal protein L19
z: 50S ribosomal protein L20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,667,32569
ポリマ－2,667,17066
非ポリマー1553
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 32種, 32分子 012349YZbcefghijklmnopqrstuvwxyz

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7ZEN7
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Z9G0
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10661.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S1EUY1
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11208.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F4SQ36
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7XH79
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L10


分子量: 15981.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3W3FJZ4
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L11


分子量: 14763.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I2WL52
#38: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L7/L12


分子量: 3300.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4C9D1M4
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 8275.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A073FRE3
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 8896.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5B7P765
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7155.267 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I2X052
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6423.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X3K2S4
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 7516.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V0YYV3
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 29663.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60422
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6332.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H4J6G2
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60438
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6057.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T9DEE3
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Z9F6
#51: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MGC4
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20073.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H4IXW7
#53: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7181.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0F552
#54: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 18672.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5B7MHD1
#55: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E2L017
#56: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7ZI15
#57: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7ZET0
#58: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Z9G5
#59: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A037Y8L6
#60: タンパク質 50S ribosomal protein L16 / Large ribosomal subunit protein uL16


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY7
#61: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13592.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2T1LEK9
#62: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12663.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F4SQ31
#63: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13028.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I2XAW2
#64: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13396.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7B6WTL0

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 56

#6: DNA鎖 NT DNA


分子量: 11042.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#7: DNA鎖 T DNA


分子量: 8155.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
RNA鎖 , 5種, 6分子 7ABDad

#8: RNA鎖 mRNA with 12 nt long spacer


分子量: 9238.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#10: RNA鎖 E-site and A-site tRNA (fMet)


分子量: 24496.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1870104878
#16: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 499690.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1732209707
#39: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 941635.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 937521852
#42: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1273279017

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 3種, 4分子 AAACADAE

#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8V4, DNA-directed RNA polymerase
#13: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 25497.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5F0PYH4, DNA-directed RNA polymerase
#14: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4S1NBU2, DNA-directed RNA polymerase

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AB

#12: タンパク質 Transcription termination/antitermination protein NusG


分子量: 20560.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U9XYQ6

+
30S ribosomal protein ... , 21種, 21分子 CEFGHIJKLMNOPQRSTUVWX

#15: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 7734.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I2SQR9
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9577.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I4T5W9
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S21


分子量: 8392.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9TH65
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 25072.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3TPN2
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S1


分子量: 61238.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D6HUW2
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 23248.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A376HTV6
#22: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L3PZ69
#23: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 16475.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T9SGC3
#24: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 12125.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A376ZL25
#25: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 16861.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S1D5F0
#26: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D8A1L7
#27: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14554.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T9TH92
#28: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11254.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A073G203
#29: タンパク質 30S ribosomal protein S11 / Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 12487.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R9
#30: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13768.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7ZAN0
#31: タンパク質 30S ribosomal protein S14


分子量: 11475.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X3K3H0
#32: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10159.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7XN21
#33: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MIU7
#34: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 9263.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A080IK26
#35: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 9421.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S1EA57
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 12868.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I2X719

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非ポリマー , 2種, 3分子

#65: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#66: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Escherichia coli transcription-translation complex A (TTC-A) containing mRNA with a 12 nt long spacer
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#7, #9-#10, #12-#64 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24959 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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