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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vpc | ||||||
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タイトル | Structure of the SpCas9 DNA adenine base editor - ABE8e | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / Base editor / ABE / Cas9 / CRISPR / DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA(adenine34) deaminase / tRNA wobble adenosine to inosine editing / tRNA-specific adenosine-34 deaminase activity / cytidine metabolic process / pyrimidine-containing compound salvage / cytosine deaminase activity / adenosine to inosine editing / cytosine metabolic process / maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity ...tRNA(adenine34) deaminase / tRNA wobble adenosine to inosine editing / tRNA-specific adenosine-34 deaminase activity / cytidine metabolic process / pyrimidine-containing compound salvage / cytosine deaminase activity / adenosine to inosine editing / cytosine metabolic process / maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / protein homodimerization activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
![]() | Knott, G.J. / Lapinaite, A. / Doudna, J.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: DNA capture by a CRISPR-Cas9-guided adenine base editor. 著者: Audrone Lapinaite / Gavin J Knott / Cody M Palumbo / Enrique Lin-Shiao / Michelle F Richter / Kevin T Zhao / Peter A Beal / David R Liu / Jennifer A Doudna / ![]() ![]() 要旨: CRISPR-Cas-guided base editors convert A•T to G•C, or C•G to T•A, in cellular DNA for precision genome editing. To understand the molecular basis for DNA adenosine deamination by adenine base ...CRISPR-Cas-guided base editors convert A•T to G•C, or C•G to T•A, in cellular DNA for precision genome editing. To understand the molecular basis for DNA adenosine deamination by adenine base editors (ABEs), we determined a 3.2-angstrom resolution cryo-electron microscopy structure of ABE8e in a substrate-bound state in which the deaminase domain engages DNA exposed within the CRISPR-Cas9 R-loop complex. Kinetic and structural data suggest that ABE8e catalyzes DNA deamination up to ~1100-fold faster than earlier ABEs because of mutations that stabilize DNA substrates in a constrained, transfer RNA-like conformation. Furthermore, ABE8e's accelerated DNA deamination suggests a previously unobserved transient DNA melting that may occur during double-stranded DNA surveillance by CRISPR-Cas9. These results explain ABE8e-mediated base-editing outcomes and inform the future design of base editors. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 393.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 294.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 53.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 83.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 1種, 1分子 A
#1: RNA鎖 | 分子量: 26357.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() |
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-タンパク質 , 2種, 3分子 BEF
#2: タンパク質 | 分子量: 157870.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: cas9, E6A91_04015, E6A98_03170 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A4U7H5M9, UniProt: Q99ZW2*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 24657.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 CD
#3: DNA鎖 | 分子量: 15390.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#4: DNA鎖 | 分子量: 15436.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 2種, 5分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#6: 化合物 | #7: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: CRISPR-Cas9 ABE8e in a substrate-bound state / タイプ: COMPLEX 詳細: ABE8e in a substrate-bound state where the deaminase (TadA-8e) engages DNA exposed within the CRISPR-Cas9 R-loop complex. Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM Tris-HCL (pH 7.5) 200 mM KCl 1 mM DTT 0.25% (v/v) Glycerol |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281.15 K 詳細: The grids were rapidly plunged into liquid ethane using a FEI Vitrobot MarkIV maintained at 8C and 100% humidity, after being blotted for 4.5s with blot force 8. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 48 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5022 |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 180927 / アルゴリズム: EXACT BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 131.89 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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