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万見
- PDB-6vhb: 1.4A low-dose structure of GSNQNNF determined from initial phases... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vhb
タイトル1.4A low-dose structure of GSNQNNF determined from initial phases generated using radiation damage
要素GSNQNNF
キーワードPROTEIN FIBRIL / MicroED / damage / phasing / RIP
機能・相同性ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Martynowycz, M.W. / Hattne, J. / Gonen, T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Experimental Phasing of MicroED Data Using Radiation Damage.
著者: Michael W Martynowycz / Johan Hattne / Tamir Gonen /
要旨: We previously demonstrated that microcrystal electron diffraction (MicroED) can be used to determine atomic-resolution structures from vanishingly small three-dimensional crystals. Here, we present ...We previously demonstrated that microcrystal electron diffraction (MicroED) can be used to determine atomic-resolution structures from vanishingly small three-dimensional crystals. Here, we present an example of an experimentally phased structure using only MicroED data. The structure of a seven-residue peptide is solved starting from differences to the diffraction intensities induced by structural changes due to radiation damage. The same wedge of reciprocal space was recorded twice by continuous-rotation MicroED from a set of 11 individual crystals. The data from the first pass were merged to make a "low-dose dataset." The data from the second pass were similarly merged to form a "damaged dataset." Differences between these two datasets were used to identify a single heavy-atom site from a Patterson difference map, and initial phases were generated. Finally, the structure was completed by iterative cycles of modeling and refinement.
履歴
登録2020年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-21202
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21202
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GSNQNNF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9043
ポリマ－7801
非ポリマー1242
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)4.880, 14.170, 17.620
Angle α, β, γ (deg.)83.600, 84.980, 83.310
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド GSNQNNF


分子量: 779.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Synthetic proto-filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.000899141 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 6
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
10.1 MMESC6H13NO4S1
210 %MPDC6H14O21
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Hanging drop.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 30 %

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データ収集

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
撮影平均露光時間: 2.1 sec. / 電子線照射量: 0.00588 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
Num. of diffraction images: 736 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 736 / 詳細: Images collected as movies.
画像スキャンサンプリングサイズ: 31.2 µm / 横: 2048 / 縦: 2048
EM回折カメラ長: 730 mm
EM回折 シェル解像度: 14→1.4 Å / フーリエ空間範囲: 77.2 % / 多重度: 8.5 / 構造因子数: 713 / 位相残差: 24 °
EM回折 統計詳細: Initial phases were obtained by taking the difference between the low-dose and damaged set, and locating the zinc atom to generate experimental phases.
フーリエ空間範囲: 77.2 % / 再高解像度: 1.4 Å / 測定した強度の数: 6026 / 構造因子数: 713 / 位相誤差: 24 ° / 位相残差: 24 ° / 位相誤差の除外基準: 0 / Rmerge: 0.208 / Rsym: 0.219
反射最高解像度: 1.4 Å / Num. obs: 713 / % possible obs: 77.2 % / 冗長度: 8.452 % / Biso Wilson estimate: 8.452 Å2 / CC1/2: 0.973 / Rmerge(I) obs: 0.208 / Rrim(I) all: 0.219 / Χ2: 0.898 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 6026 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.4-1.518.5490.2626.6113081951530.940.27878.5
1.51-1.668.6010.2257.6912301831430.9650.23878.1
1.66-1.857.1810.2277.687541421050.9550.24273.9
1.85-2.148.4040.1959.379581461140.9820.20678.1
2.14-2.629.5570.210.25927125970.9680.2177.6
2.62-3.77.9520.19510.3150183630.9550.20575.9
3.79.1580.19511.3634850380.9640.20576

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
EMソフトウェア名称: EM-Menu / バージョン: 4.0.9.75 / カテゴリ: 画像取得
画像処理詳細: Rolling shutter and binned by 2.
EM 3D crystal entity∠α: 83.6 ° / ∠β: 84.98 ° / ∠γ: 83.31 ° / A: 4.88 Å / B: 14.17 Å / C: 17.62 Å / 空間群名: 1 / 空間群番号: 1
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 1.4 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築B value: 2 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL
原子モデル構築PDB-ID: 6CLI

6cli


PDB chain-ID: A / Accession code: 6CLI / Pdb chain residue range: 1-7 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化解像度: 1.4→14 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 --Rcomplete random
Rwork0.222 ---
obs-713 77.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 9.96 Å2 / Biso mean: 2.5608 Å2 / Biso min: 0.08 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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