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万見
- PDB-6vbw: Cryo-EM structure of Cascade-TniQ-dsDNA ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vbw
タイトルCryo-EM structure of Cascade-TniQ-dsDNA ternary complex
要素
  • Cas6
  • Cas7
  • Cas8
  • DNA (100-MER)
  • DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*TP*A)-3')
  • RNA (61-MER)
  • TniQ
キーワードIMMUNE SYSTEM / CRISPR-Cas system / Cascade- TniQ
機能・相同性CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Jia, N. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2020
タイトル: Structure-function insights into the initial step of DNA integration by a CRISPR-Cas-Transposon complex.
著者: Ning Jia / Wei Xie / M Jason de la Cruz / Edward T Eng / Dinshaw J Patel /
履歴
登録2019年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21146
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*TP*A)-3')
L: DNA (100-MER)
K: RNA (61-MER)
A: Cas8
B: Cas7
C: Cas7
D: Cas7
F: Cas7
E: Cas7
G: Cas7
H: Cas6
I: TniQ
J: TniQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)483,35317
ポリマ－483,09113
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area64300 Å2
ΔGint-353 kcal/mol
Surface area143870 Å2

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 ML

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*TP*A)-3')


分子量: 6685.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio cholerae (コレラ菌)
#2: DNA鎖 DNA (100-MER)


分子量: 30901.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio cholerae (コレラ菌)

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タンパク質 , 4種, 10分子 ABCDFEGHIJ

#4: タンパク質 Cas8


分子量: 72294.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質
Cas7


分子量: 39886.031 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#6: タンパク質 Cas6


分子量: 23130.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#7: タンパク質 TniQ


分子量: 45597.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 5分子 K

#3: RNA鎖 RNA (61-MER)


分子量: 19566.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio cholerae (コレラ菌)
#8: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Cascade-TniQ-dsDNA ternary complexCOMPLEX#1-#70RECOMBINANT
2DNA/RNACOMPLEX#1-#2, #61RECOMBINANT
3Cascade ternary complexCOMPLEX#3-#5, #71RECOMBINANT
分子量値: 0.4 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Vibrio cholerae (コレラ菌)666
23Vibrio cholerae (コレラ菌)666
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12synthetic construct (人工物)32630
23Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT
緩衝液成分式: Tris
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 2.16 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 2.1 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 55900 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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