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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vbw | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Cascade-TniQ-dsDNA ternary complex | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / CRISPR-Cas system / Cascade- TniQ | ||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Jia, N. / Patel, D.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2020 タイトル: Structure-function insights into the initial step of DNA integration by a CRISPR-Cas-Transposon complex. 著者: Ning Jia / Wei Xie / M Jason de la Cruz / Edward T Eng / Dinshaw J Patel / | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vbw.cif.gz | 643.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vbw.ent.gz | 522.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vbw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6vbw_validation.pdf.gz | 837.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6vbw_full_validation.pdf.gz | 897.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6vbw_validation.xml.gz | 95.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6vbw_validation.cif.gz | 152 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/6vbw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/6vbw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 ML
#1: DNA鎖 | 分子量: 6685.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio cholerae (コレラ菌) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 30901.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio cholerae (コレラ菌) |
-タンパク質 , 4種, 10分子 ABCDFEGHIJ
#4: タンパク質 | 分子量: 72294.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) | ||||
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#5: タンパク質 | 分子量: 39886.031 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #6: タンパク質 | | 分子量: 23130.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #7: タンパク質 | 分子量: 45597.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 5分子 K
#3: RNA鎖 | 分子量: 19566.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio cholerae (コレラ菌) |
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#8: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.4 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 | 式: Tris | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 2.16 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 2.1 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 55900 / 対称性のタイプ: POINT |