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- PDB-6uz7: K.lactis 80S ribosome with p/PE tRNA and eIF5B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uz7
タイトルK.lactis 80S ribosome with p/PE tRNA and eIF5B
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 18
  • (60S ribosomal protein ...) x 11
  • (Ribosomal protein ...) x 2
  • 18S ribosomal RNA
  • 25S ribosomal RNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • GDPCP
  • KLLA0A06336p
  • KLLA0A07194p
  • KLLA0A07227p
  • KLLA0A10483p
  • KLLA0B01474p
  • KLLA0B01562p
  • KLLA0B02937p
  • KLLA0B04686p
  • KLLA0B05742p
  • KLLA0B07139p
  • KLLA0B08173p
  • KLLA0B13409p
  • KLLA0C08371p
  • KLLA0C18216p
  • KLLA0D03410p
  • KLLA0D05181p
  • KLLA0D05643p
  • KLLA0D06941p
  • KLLA0D07405p
  • KLLA0D08305p
  • KLLA0D10659p
  • KLLA0D16027p
  • KLLA0E00573p
  • KLLA0E03455p
  • KLLA0E05941p
  • KLLA0E06843p
  • KLLA0E06997p
  • KLLA0E12277p
  • KLLA0E12453p
  • KLLA0E23651p
  • KLLA0E23673p
  • KLLA0F04499p
  • KLLA0F04675p
  • KLLA0F05247p
  • KLLA0F07843p
  • KLLA0F08261p
  • KLLA0F09812p
  • KLLA0F18040p
  • KLLA0F23265p
  • KLLA0F25542p
  • RNA (121-MER)
  • RNA (76-MER)
  • RPL28
  • RPS23
  • Ribosomal protein
  • Ubiquitin fusion protein
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
キーワードRIBOSOME / translation / initiation / eIF5B
機能・相同性
機能・相同性情報


formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / regulation of translational initiation / response to cycloheximide / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity ...formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / regulation of translational initiation / response to cycloheximide / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / positive regulation of protein phosphorylation / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / : ...Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / : / Ribosomal protein S26e signature. / : / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / 40S Ribosomal protein S10 / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L1, conserved site / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein S6, eukaryotic / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L8 / Small ribosomal subunit protein uS11 ...PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L8 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / KLLA0F25542p / Eukaryotic translation initiation factor 5B / KLLA0F18040p / Ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein uL3 / KLLA0F09812p / KLLA0F08261p / KLLA0F07843p / KLLA0F05247p / KLLA0F04675p / KLLA0F04499p / 40S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein eS6 / KLLA0E23673p / KLLA0E23651p / 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS2 / KLLA0E12453p / KLLA0E12277p / 40S ribosomal protein S27 / KLLA0E06997p / KLLA0E06843p / KLLA0E05941p / Small ribosomal subunit protein uS14 / KLLA0E03455p / 60S ribosomal protein L29 / KLLA0D16027p / 60S ribosomal protein L36 / KLLA0D10659p / 40S ribosomal protein S3 / KLLA0D07405p / KLLA0D06941p / KLLA0D05643p / KLLA0D05181p / 40S ribosomal protein S26 / KLLA0D03410p / KLLA0C18216p / 40S ribosomal protein S7 / KLLA0C08371p / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S30 / Ribosomal protein L37 / KLLA0B13409p / KLLA0B08173p / Small ribosomal subunit protein uS8 / KLLA0B07139p / 40S ribosomal protein S25 / 60S acidic ribosomal protein P0 / KLLA0B05742p / Small ribosomal subunit protein eS1 / KLLA0B04686p / 40S ribosomal protein S4 / KLLA0B02937p / Ribosomal protein / KLLA0B01562p / KLLA0B01474p / KLLA0A10483p / KLLA0A07227p / KLLA0A07194p / KLLA0A06336p / Small ribosomal subunit protein eS21 / 60S ribosomal protein L13 / RPS23 / Small ribosomal subunit protein uS9 / RPL28 / Ubiquitin fusion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis (酵母)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Fernandez, I.S. / Huang, B.Y.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Long-range interdomain communications in eIF5B regulate GTP hydrolysis and translation initiation.
著者: Bridget Y Huang / Israel S Fernández /
要旨: Translation initiation controls protein synthesis by regulating the delivery of the first aminoacyl-tRNA to messenger RNAs (mRNAs). In eukaryotes, initiation is sophisticated, requiring dozens of ...Translation initiation controls protein synthesis by regulating the delivery of the first aminoacyl-tRNA to messenger RNAs (mRNAs). In eukaryotes, initiation is sophisticated, requiring dozens of protein factors and 2 GTP-regulated steps. The GTPase eIF5B gates progression to elongation during the second GTP-regulated step. Using electron cryomicroscopy (cryo-EM), we imaged an in vitro initiation reaction which is set up with purified yeast components and designed to stall with eIF5B and a nonhydrolyzable GTP analog. A high-resolution reconstruction of a "dead-end" intermediate at 3.6 Å allowed us to visualize eIF5B in its ribosome-bound conformation. We identified a stretch of residues in eIF5B, located close to the γ-phosphate of GTP and centered around the universally conserved tyrosine 837 ( numbering), that contacts the catalytic histidine of eIF5B (H480). Site-directed mutagenesis confirmed the essential role that these residues play in regulating ribosome binding, GTP hydrolysis, and translation initiation both in vitro and in vivo. Our results illustrate how eIF5B transmits the presence of a properly delivered initiator aminoacyl-tRNA at the P site to the distant GTPase center through interdomain communications and underscore the importance of the multidomain architecture in translation factors to sense and communicate ribosomal states.
履歴
登録2019年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _struct_ref.db_name / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20952
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
5: 25S ribosomal RNA
7: RNA (121-MER)
8: 5.8S ribosomal RNA
AA: KLLA0D16027p
AB: 60S ribosomal protein L3
AC: KLLA0B07139p
AD: KLLA0D06941p
AE: KLLA0B04686p
AF: KLLA0D03410p
AG: KLLA0E00573p
AH: KLLA0F04499p
AI: KLLA0D05643p
AJ: KLLA0F08261p
AL: 60S ribosomal protein L13
AM: KLLA0B13409p
AN: Ribosomal protein L15
AO: KLLA0F04675p
AP: KLLA0A06336p
AQ: KLLA0A07227p
AR: KLLA0E12453p
AS: 60S ribosomal protein L20
AT: KLLA0E23651p
AU: KLLA0D05181p
AV: KLLA0E06997p
AW: 60S ribosomal protein L24
AX: 60S ribosomal protein L25
AY: KLLA0B05742p
AZ: KLLA0E03455p
Ba: RPL28
Bb: 60S ribosomal protein L29
Bc: 60S ribosomal protein L30
Bd: KLLA0B02937p
Be: KLLA0E06843p
Bf: KLLA0D07405p
Bg: KLLA0C08371p
Bh: KLLA0F05247p
Bi: 60S ribosomal protein L36
Bj: Ribosomal protein L37
Bk: KLLA0C18216p
Bl: 60S ribosomal protein L39
Bm: Ubiquitin fusion protein
Bn: 60S ribosomal protein L41
Bo: 60S ribosomal protein L44
Bp: KLLA0E05941p
Bq: Ribosomal protein
Br: 60S acidic ribosomal protein P0
AK: GDPCP
A: 40S ribosomal protein S0
B: 40S ribosomal protein S1
C: KLLA0F09812p
D: KLLA0D08305p
E: 40S ribosomal protein S4
F: KLLA0D10659p
G: 40S ribosomal protein S6
H: 40S ribosomal protein S7
I: 40S ribosomal protein S8
J: KLLA0E23673p
K: KLLA0B08173p
L: KLLA0A10483p
M: 40S ribosomal protein S12
N: KLLA0F18040p
O: 40S ribosomal protein S14
P: KLLA0F07843p
Q: 40S ribosomal protein S16
R: KLLA0B01474p
S: KLLA0B01562p
T: KLLA0A07194p
U: KLLA0F25542p
V: 40S ribosomal protein S21
W: 40S ribosomal protein S22
X: RPS23
Y: 40S ribosomal protein S24
Z: 40S ribosomal protein S25
a: 40S ribosomal protein S26
b: 40S ribosomal protein S27
c: 40S ribosomal protein S28
d: 40S ribosomal protein S29
e: 40S ribosomal protein S30
f: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
g: KLLA0E12277p
2: 18S ribosomal RNA
1: KLLA0F23265p
3: RNA (76-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,159,14990
ポリマ－4,158,23583
非ポリマー9147
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 57823

#1: RNA鎖 25S ribosomal RNA


分子量: 1086985.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: GenBank: 1241923359
#2: RNA鎖 RNA (121-MER)


分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: GenBank: 1195002887
#3: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 910658.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: GenBank: 1195002887
#81: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 579239.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: GenBank: 49642208
#83: RNA鎖 RNA (76-MER)


分子量: 24532.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
タンパク質 , 47種, 47分子 AAACADAEAFAGAHAIAJAMAOAPAQARATAUAVAYAZBaBdBeBfBgBhBkBmBpBqBr...

#4: タンパク質 KLLA0D16027p


分子量: 27448.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CQM3
#6: タンパク質 KLLA0B07139p


分子量: 39283.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CW41
#7: タンパク質 KLLA0D06941p


分子量: 33937.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CRR9
#8: タンパク質 KLLA0B04686p


分子量: 20022.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CWE7
#9: タンパク質 KLLA0D03410p


分子量: 27127.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CS71
#10: タンパク質 KLLA0E00573p


分子量: 28080.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: B4UN96
#11: タンパク質 KLLA0F04499p


分子量: 21730.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CLA6
#12: タンパク質 KLLA0D05643p


分子量: 25400.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CRX7
#13: タンパク質 KLLA0F08261p


分子量: 19821.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CKT4
#15: タンパク質 KLLA0B13409p


分子量: 15037.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CVB1
#17: タンパク質 KLLA0F04675p


分子量: 22385.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CL98
#18: タンパク質 KLLA0A06336p


分子量: 20696.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CXQ6
#19: タンパク質 KLLA0A07227p


分子量: 20668.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CXL8
#20: タンパク質 KLLA0E12453p


分子量: 21819.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CNH9
#22: タンパク質 KLLA0E23651p


分子量: 18214.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CM20
#23: タンパク質 KLLA0D05181p


分子量: 13993.671 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CRZ8
#24: タンパク質 KLLA0E06997p


分子量: 14485.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CP75
#27: タンパク質 KLLA0B05742p


分子量: 14329.735 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CW97
#28: タンパク質 KLLA0E03455p


分子量: 15600.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CPN9
#29: タンパク質 RPL28


分子量: 16584.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q8J287
#32: タンパク質 KLLA0B02937p


分子量: 13177.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CWM6
#33: タンパク質 KLLA0E06843p


分子量: 14686.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CP82
#34: タンパク質 KLLA0D07405p


分子量: 12108.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CRP7
#35: タンパク質 KLLA0C08371p


分子量: 14056.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CU17
#36: タンパク質 KLLA0F05247p


分子量: 14079.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CL71
#39: タンパク質 KLLA0C18216p


分子量: 8996.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CSS8
#41: タンパク質 Ubiquitin fusion protein


分子量: 14597.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q9Y854
#44: タンパク質 KLLA0E05941p


分子量: 9970.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CPC5
#45: タンパク質 Ribosomal protein


分子量: 24488.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CWR9
#46: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P0


分子量: 33606.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CW89
#47: タンパク質 GDPCP


分子量: 12528.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母)
#50: タンパク質 KLLA0F09812p


分子量: 27649.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CKL3
#51: タンパク質 KLLA0D08305p


分子量: 26300.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CRK7
#53: タンパク質 KLLA0D10659p


分子量: 25385.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CRA3
#57: タンパク質 KLLA0E23673p


分子量: 21587.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CM18
#58: タンパク質 KLLA0B08173p


分子量: 12584.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CVZ5
#59: タンパク質 KLLA0A10483p


分子量: 17843.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CX80
#61: タンパク質 KLLA0F18040p


分子量: 16989.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CJK0
#63: タンパク質 KLLA0F07843p


分子量: 15986.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CKV4
#65: タンパク質 KLLA0B01474p


分子量: 15722.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CWU3
#66: タンパク質 KLLA0B01562p


分子量: 17084.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CWT9
#67: タンパク質 KLLA0A07194p


分子量: 15879.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CXM0
#68: タンパク質 KLLA0F25542p


分子量: 13337.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CIM1
#71: タンパク質 RPS23


分子量: 16047.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q875M3
#79: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a


分子量: 17110.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: P69061
#80: タンパク質 KLLA0E12277p


分子量: 35830.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CNI7
#82: タンパク質 KLLA0F23265p


分子量: 108918.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CIX3

-
60S ribosomal protein ... , 11種, 11分子 ABALASAWAXBbBcBiBlBnBo

#5: タンパク質 60S ribosomal protein L3


分子量: 43781.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CJR7
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 22702.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q875M0
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L20


分子量: 20494.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母)
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L30


分子量: 17638.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: P38665
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L25


分子量: 15746.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: P48045
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 7090.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CQM1
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / L32


分子量: 11382.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: P38664
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 11128.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CR18
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L39


分子量: 6358.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母)
#42: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41


分子量: 3137.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母)
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L44 / 60S ribosomal protein L41


分子量: 12267.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: P31027

-
Ribosomal protein ... , 2種, 2分子 ANBj

#16: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24454.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CJL7
#38: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 9968.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CUW0

-
40S ribosomal protein ... , 18種, 18分子 ABEGHIMOQVWYZabcde

#48: タンパク質 40S ribosomal protein S0


分子量: 28264.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CN12
#49: タンパク質 40S ribosomal protein S1


分子量: 28971.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CWD0
#52: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29617.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CWJ2
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 26970.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CM04
#55: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 21735.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CTD6
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 22642.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CMG3
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 14466.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CLU4
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S14 / RP59


分子量: 14530.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: P27069
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S16


分子量: 15874.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q875N2
#69: タンパク質 40S ribosomal protein S21


分子量: 9797.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CXT6
#70: タンパク質 40S ribosomal protein S22


分子量: 14645.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CW21
#72: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15194.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CU44
#73: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 12002.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CW78
#74: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 13539.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CS01
#75: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 8884.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CNL2
#76: タンパク質 40S ribosomal protein S28 / S33


分子量: 7549.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: P33285
#77: タンパク質 40S ribosomal protein S29


分子量: 6662.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CPG3
#78: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 7141.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CUH5

-
非ポリマー , 2種, 7分子

#84: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#85: 化合物 ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸


分子量: 521.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3
コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with eIF5B
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#83 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
緩衝液pH: 6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 16

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / カテゴリ: 分類
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 64815
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29712 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 110.6
原子モデル構築PDB-ID: 3U5B

3u5b
PDB 未公開エントリ


Accession code: 3U5B / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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