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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6uqe | ||||||
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タイトル | ClpA/ClpP Disengaged State bound to RepA-GFP | ||||||
要素 |
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キーワード | CHAPERONE / AAA+ / Protease / Hsp100 / ATPase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HslUV protease complex / endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / positive regulation of programmed cell death / response to temperature stimulus / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / protein unfolding / proteasomal protein catabolic process / serine-type peptidase activity ...HslUV protease complex / endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / positive regulation of programmed cell death / response to temperature stimulus / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / protein unfolding / proteasomal protein catabolic process / serine-type peptidase activity / response to radiation / cellular response to heat / ATPase binding / response to heat / response to oxidative stress / serine-type endopeptidase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) unidentified (未定義) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Lopez, K.L. / Rizo, A.R. / Southworth, D.R. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Conformational plasticity of the ClpAP AAA+ protease couples protein unfolding and proteolysis. 著者: Kyle E Lopez / Alexandrea N Rizo / Eric Tse / JiaBei Lin / Nathaniel W Scull / Aye C Thwin / Aaron L Lucius / James Shorter / Daniel R Southworth / 要旨: The ClpAP complex is a conserved bacterial protease that unfolds and degrades proteins targeted for destruction. The ClpA double-ring hexamer powers substrate unfolding and translocation into the ...The ClpAP complex is a conserved bacterial protease that unfolds and degrades proteins targeted for destruction. The ClpA double-ring hexamer powers substrate unfolding and translocation into the ClpP proteolytic chamber. Here, we determined high-resolution structures of wild-type Escherichia coli ClpAP undergoing active substrate unfolding and proteolysis. A spiral of pore loop-substrate contacts spans both ClpA AAA+ domains. Protomers at the spiral seam undergo nucleotide-specific rearrangements, supporting substrate translocation. IGL loops extend flexibly to bind the planar, heptameric ClpP surface with the empty, symmetry-mismatched IGL pocket maintained at the seam. Three different structures identify a binding-pocket switch by the IGL loop of the lowest positioned protomer, involving release and re-engagement with the clockwise pocket. This switch is coupled to a ClpA rotation and a network of conformational changes across the seam, suggesting that ClpA can rotate around the ClpP apical surface during processive steps of translocation and proteolysis. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6uqe.cif.gz | 1008.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6uqe.ent.gz | 855.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6uqe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6uqe_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6uqe_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6uqe_validation.xml.gz | 130.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6uqe_validation.cif.gz | 194.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/6uqe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/6uqe | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-ATP-dependent Clp protease ... , 2種, 20分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRST
#1: タンパク質 | 分子量: 64204.504 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: clpA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4Y9BNB2, UniProt: P0ABH9*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 21472.762 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: clpP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0K4NM46, UniProt: P0A6G7*PLUS, endopeptidase Clp |
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-タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 XY
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 869.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
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#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 954.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
-非ポリマー , 2種, 12分子
#5: 化合物 | ChemComp-ADP / #6: 化合物 | ChemComp-AGS / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ClpAP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.84 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 倍率(補正後): 58616 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 69 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
画像スキャン | 横: 11520 / 縦: 8184 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / バージョン: 2 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 169000 / 対称性のタイプ: POINT |