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- PDB-6ttu: Ubiquitin Ligation to substrate by a cullin-RING E3 ligase at 3.7... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 6ttu
タイトルUbiquitin Ligation to substrate by a cullin-RING E3 ligase at 3.7A resolution: NEDD8-CUL1-RBX1 N98R-SKP1-monomeric b-TRCP1dD-IkBa-UB~UBE2D2
要素
  • CYS-LYS-LYS-ALA-ARG-HIS-ASP-SEP-GLY
  • Cullin-1
  • E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
  • F-box/WD repeat-containing protein 1A
  • NEDD8
  • Polyubiquitin-C
  • S-phase kinase-associated protein 1
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
キーワードLIGASE / Ubiquitin / E3 ligase / NEDD8 / cullin / CUL1 / RBX1 / SKP1 / TRCP / UBE2D / IkBalpha / Neddylation / Ubiquitylation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cholesterol transport / I-kappaB/NF-kappaB complex / protein phosphorylated amino acid binding / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / F-box domain binding / negative regulation of myeloid cell differentiation / IkBA variant leads to EDA-ID / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / PcG protein complex / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase ...negative regulation of cholesterol transport / I-kappaB/NF-kappaB complex / protein phosphorylated amino acid binding / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / F-box domain binding / negative regulation of myeloid cell differentiation / IkBA variant leads to EDA-ID / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / PcG protein complex / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / cullin-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / positive regulation of circadian rhythm / SUMOylation of immune response proteins / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / cellular response to chemical stress / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / maintenance of protein location in nucleus / nuclear localization sequence binding / ubiquitin ligase activator activity / positive regulation of protein autoubiquitination / RNA polymerase II transcription initiation surveillance / protein neddylation / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / non-canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / NEDD8 ligase activity / regulation of canonical Wnt signaling pathway / interleukin-1-mediated signaling pathway / VCB complex / signal transduction involved in regulation of gene expression / negative regulation of response to oxidative stress / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / mammary gland epithelial cell proliferation / SCF ubiquitin ligase complex / toll-like receptor 4 signaling pathway / negative regulation of type I interferon production / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / negative regulation of protein import into nucleus / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / cellular response to cold / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of mitophagy / Prolactin receptor signaling / ligase activity / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / response to exogenous dsRNA / response to muramyl dipeptide / TRAF6 mediated NF-kB activation / ubiquitin conjugating enzyme activity / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / positive regulation of proteolysis / cullin family protein binding / regulation of proteolysis / regulation of postsynapse assembly / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / negative regulation of Notch signaling pathway / anatomical structure morphogenesis / protein monoubiquitination / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / NF-kappaB binding / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / protein K48-linked ubiquitination / protein dephosphorylation / transcription regulator inhibitor activity / protein autoubiquitination / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / Notch signaling pathway / regulation of proteasomal protein catabolic process / response to muscle stretch / Maturation of protein E / Maturation of protein E / transcription-coupled nucleotide-excision repair / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Negative regulation of FLT3
類似検索 - 分子機能
: / D domain of beta-TrCP / D domain of beta-TrCP / D domain of beta-TrCP / : / Ankyrin repeats (many copies) / Monooxygenase - #50 / Nedd8-like ubiquitin / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. ...: / D domain of beta-TrCP / D domain of beta-TrCP / D domain of beta-TrCP / : / Ankyrin repeats (many copies) / Monooxygenase - #50 / Nedd8-like ubiquitin / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box domain / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / Cullin protein neddylation domain / : / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Monooxygenase / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin alpha solenoid domain / Cullin family profile. / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Zinc finger RING-type profile. / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Zinc finger, RING-type / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / WD domain, G-beta repeat / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Roll / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / Polyubiquitin-C / NF-kappa-B inhibitor alpha / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 / E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / S-phase kinase-associated protein 1 / Cullin-1 / Ubiquitin-like protein NEDD8 / F-box/WD repeat-containing protein 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Baek, K. / Prabu, J.R. / Schulman, B.A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: NEDD8 nucleates a multivalent cullin-RING-UBE2D ubiquitin ligation assembly.
著者: Kheewoong Baek / David T Krist / J Rajan Prabu / Spencer Hill / Maren Klügel / Lisa-Marie Neumaier / Susanne von Gronau / Gary Kleiger / Brenda A Schulman /
要旨: Eukaryotic cell biology depends on cullin-RING E3 ligase (CRL)-catalysed protein ubiquitylation, which is tightly controlled by the modification of cullin with the ubiquitin-like protein NEDD8. ...Eukaryotic cell biology depends on cullin-RING E3 ligase (CRL)-catalysed protein ubiquitylation, which is tightly controlled by the modification of cullin with the ubiquitin-like protein NEDD8. However, how CRLs catalyse ubiquitylation, and the basis of NEDD8 activation, remain unknown. Here we report the cryo-electron microscopy structure of a chemically trapped complex that represents the ubiquitylation intermediate, in which the neddylated CRL1 promotes the transfer of ubiquitin from the E2 ubiquitin-conjugating enzyme UBE2D to its recruited substrate, phosphorylated IκBα. NEDD8 acts as a nexus that binds disparate cullin elements and the RING-activated ubiquitin-linked UBE2D. Local structural remodelling of NEDD8 and large-scale movements of CRL domains converge to juxtapose the substrate and the ubiquitylation active site. These findings explain how a distinctive ubiquitin-like protein alters the functions of its targets, and show how numerous NEDD8-dependent interprotein interactions and conformational changes synergistically configure a catalytic CRL architecture that is both robust, to enable rapid ubiquitylation of the substrate, and fragile, to enable the subsequent functions of cullin-RING proteins.
履歴
登録2019年12月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_name_com / entity_src_gen ...entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.22020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10585
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: F-box/WD repeat-containing protein 1A
S: S-phase kinase-associated protein 1
C: Cullin-1
N: NEDD8
R: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
D: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
U: Polyubiquitin-C
I: CYS-LYS-LYS-ALA-ARG-HIS-ASP-SEP-GLY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,73611
ポリマ－227,5408
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area16230 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area74310 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 7種, 7分子 TSCNRDU

#1: タンパク質 F-box/WD repeat-containing protein 1A / E3RSIkappaB / Epididymis tissue protein Li 2a / F-box and WD repeats protein beta-TrCP / ...E3RSIkappaB / Epididymis tissue protein Li 2a / F-box and WD repeats protein beta-TrCP / pIkappaBalpha-E3 receptor subunit


分子量: 68960.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTRC, BTRCP, FBW1A, FBXW1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y297
#2: タンパク質 S-phase kinase-associated protein 1 / Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti ...Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti protein II / OCP-II / RNA polymerase II elongation factor-like protein / SIII / Transcription elongation factor B polypeptide 1-like / p19skp1


分子量: 18679.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SKP1 contains truncations of residues 38-43, 71-82. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKP1, EMC19, OCP2, SKP1A, TCEB1L / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P63208
#3: タンパク質 Cullin-1 / CUL-1


分子量: 89800.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CUL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13616
#4: タンパク質 NEDD8 / Neddylin / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 8 / NEDD-8 / ...Neddylin / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 8 / NEDD-8 / Ubiquitin-like protein Nedd8


分子量: 8661.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residue 1, Ser, comes from the linker. NEDD8 residue starts from MET.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEDD8 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q15843
#5: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / E3 ubiquitin-protein transferase RBX1 / Protein ZYP / RING finger protein 75 / RING-box protein 1 / ...E3 ubiquitin-protein transferase RBX1 / Protein ZYP / RING finger protein 75 / RING-box protein 1 / Rbx1 / Regulator of cullins 1 / ROC1


分子量: 12333.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RBX1 contains mutation Asn98Arg (N98R). There are 3 Zinc ions coordinated throughout. This is not meant to align to the C-terminus of the protein.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBX1, RNF75, ROC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P62877, UniProt: H2QLR9*PLUS, RING-type E3 ubiquitin transferase, cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase
#6: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / ...(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / Ubiquitin carrier protein D2 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2(17)KB 2 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-17 kDa 2 / Ubiquitin-protein ligase D2 / p53-regulated ubiquitin-conjugating enzyme 1


分子量: 16745.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: UBE2D2 contains mutations of the following: Cys21Ile, Cys107Ala, Cys111Asp.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2D2, PUBC1, UBC4, UBC5B, UBCH4, UBCH5B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P62837, E2 ubiquitin-conjugating enzyme, (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#7: タンパク質 Polyubiquitin-C


分子量: 8576.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG48

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 4分子 I

#8: タンパク質・ペプチド CYS-LYS-LYS-ALA-ARG-HIS-ASP-SEP-GLY


分子量: 3782.819 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Phosphorylated peptide derived from IkBa. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25963*PLUS
#9: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Ubiquitin Ligation to substrate by a cullin-RING E3 ligase at 3.7A resolution: NEDD8-CUL1-RBX1 N98R-SKP1-monomeric b-TRCP1dD-IkBa-UB~UBE2D2COMPLEX#1-#80RECOMBINANT
2S-phase kinase-associated protein 1COMPLEX#51RECOMBINANT
3Cullin-1, E3 ubiquitin-protein ligase RBX1COMPLEX#2, #41RECOMBINANT
4F-box/WD repeat-containing protein 1A, NEDD8, S-phase kinase-associated protein 1, Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2COMPLEX#1, #3, #6-#71RECOMBINANT
5Synthetic peptideCOMPLEX#81RECOMBINANT
分子量値: 0.210 MDa
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Pan troglodytes (チンパンジー)9598
33Homo sapiens (ヒト)9606
44Homo sapiens (ヒト)9606
55Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
33Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
44Escherichia coli (大腸菌)562
55Synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 70.2 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
7Cootモデルフィッティング
12RELION３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 106257 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00612974
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.85417546
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.0057847
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0482004
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042222

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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