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- PDB-6sxo: Cryo-EM structure of the human Ebp1-ribosome complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sxo
タイトルCryo-EM structure of the human Ebp1-ribosome complex
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 5
  • 28S ribosomal RNA including ES27L-B (2839-3265)
  • 5.8S ribosomal RNA
  • Proliferation-associated protein 2G4
キーワードRIBOSOME / Human Ebp1 / PA2G4 family / MET-AP homolog / expansion segment ES27L
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic 80S initiation complex / axial mesoderm development / 90S preribosome assembly / TORC2 complex binding / middle ear morphogenesis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis ...eukaryotic 80S initiation complex / axial mesoderm development / 90S preribosome assembly / TORC2 complex binding / middle ear morphogenesis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / protein-RNA complex assembly / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / cytosolic ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ossification / ribosomal large subunit biogenesis / skeletal system development / positive regulation of translation / positive regulation of cell differentiation / sensory perception of sound / cellular response to gamma radiation / mRNA 5'-UTR binding / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / transcription corepressor activity / cellular response to UV / rRNA processing / azurophil granule lumen / regulation of translation / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / nucleic acid binding / postsynaptic density / rRNA binding / structural constituent of ribosome / cadherin binding / ribonucleoprotein complex / translation / focal adhesion / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / synapse / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PA2G4 family / : / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2, binding site / Methionine aminopeptidase subfamily 2 signature. / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily ...PA2G4 family / : / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2, binding site / Methionine aminopeptidase subfamily 2 signature. / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / 60S ribosomal protein L19 / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e / Ribosomal protein L26/L24, eukaryotic/archaeal / Ribosomal proteins L26 eukaryotic, L24P archaeal / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L29 signature. / Ribosomal L29 protein / Ribosomal protein L29/L35 / Ribosomal protein L29/L35 superfamily / Ribosomal protein L24 signature. / Ribosomal protein L24/L26, conserved site / KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif. / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L25/L23 / Ribosomal protein L26/L24, KOW domain / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / KOW motif / KOW / Ribosomal protein L2, domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL38 ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Proliferation-associated protein 2G4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Wild, K. / Aleksic, M. / Pfeffer, M. / Sinning, I.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)Leibniz SI 586/6-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: MetAP-like Ebp1 occupies the human ribosomal tunnel exit and recruits flexible rRNA expansion segments.
著者: Klemens Wild / Milan Aleksić / Karine Lapouge / Keven D Juaire / Dirk Flemming / Stefan Pfeffer / Irmgard Sinning /
要旨: Human Ebp1 is a member of the proliferation-associated 2G4 (PA2G4) family and plays an important role in cancer regulation. Ebp1 shares the methionine aminopeptidase (MetAP) fold and binds to mature ...Human Ebp1 is a member of the proliferation-associated 2G4 (PA2G4) family and plays an important role in cancer regulation. Ebp1 shares the methionine aminopeptidase (MetAP) fold and binds to mature 80S ribosomes for translational control. Here, we present a cryo-EM single particle analysis reconstruction of Ebp1 bound to non-translating human 80S ribosomes at a resolution range from 3.3 to ~8 Å. Ebp1 blocks the tunnel exit with major interactions to the general uL23/uL29 docking site for nascent chain-associated factors complemented by eukaryote-specific eL19 and rRNA helix H59. H59 is defined as dynamic adaptor undergoing significant remodeling upon Ebp1 binding. Ebp1 recruits rRNA expansion segment ES27L to the tunnel exit via specific interactions with rRNA consensus sequences. The Ebp1-ribosome complex serves as a template for MetAP binding and provides insights into the structural principles for spatial coordination of co-translational events and molecular triage at the ribosomal tunnel exit.
履歴
登録2019年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10344
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10344
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proliferation-associated protein 2G4
Lh: 60S ribosomal protein L35
Lk: 60S ribosomal protein L38
LR: 60S ribosomal protein L19
LX: 60S ribosomal protein L23a
LY: 60S ribosomal protein L26
L5: 28S ribosomal RNA including ES27L-B (2839-3265)
L8: 5.8S ribosomal RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,815,9358
ポリマ－1,815,9358
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area16640 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area111360 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Proliferation-associated protein 2G4 / Cell cycle protein p38-2G4 homolog / hG4-1 / ErbB3-binding protein 1


分子量: 43851.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PA2G4, EBP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UQ80

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60S ribosomal protein ... , 5種, 5分子 LhLkLRLXLY

#2: タンパク質 60S ribosomal protein L35 / Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 14593.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42766
#3: タンパク質 60S ribosomal protein L38 / Large ribosomal subunit protein eL38


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63173
#4: タンパク質 60S ribosomal protein L19 / Large ribosomal subunit protein eL19


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P84098
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L23a / Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 17740.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62750
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L26 / Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61254

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RNA鎖 , 2種, 2分子 L5L8

#7: RNA鎖 28S ribosomal RNA including ES27L-B (2839-3265)


分子量: 1640222.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 86475748
#8: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 50449.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 555853

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Human Ebp1-ribosome complexRIBOSOMEall0MULTIPLE SOURCES
2Proliferation-associated protein 2G4COMPLEX#11RECOMBINANT
3ribosomal componentsCOMPLEX#2-#81NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分名称: KOAc / 式: MgOAc2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 100 nM ribosome, 800 nM Ebp1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 38 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 3370
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
2SerialEM画像取得
3Latitude画像取得
5GctfCTF補正
11RELION3初期オイラー角割当
12RELION3最終オイラー角割当
13RELION3分類
14RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34467
詳細: Ebp1-60S density segment after 2-body multibody refinement; filtered to global resolution
対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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