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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ssl | ||||||||||||
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タイトル | Human endogenous retrovirus (HML2) mature capsid assembly, D6 capsule | ||||||||||||
要素 | Endogenous retrovirus group K member 24 Gag polyprotein | ||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Mature retrovirus capsid assembly | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleic acid binding / viral translational frameshifting / structural molecule activity / zinc ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.77 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Acton, O.J.H. / Taylor, I.A. / Rosenthal, P.B. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Structural basis for Fullerene geometry in a human endogenous retrovirus capsid. 著者: Oliver Acton / Tim Grant / Giuseppe Nicastro / Neil J Ball / David C Goldstone / Laura E Robertson / Kasim Sader / Andrea Nans / Andres Ramos / Jonathan P Stoye / Ian A Taylor / Peter B Rosenthal / 要旨: The HML2 (HERV-K) group constitutes the most recently acquired family of human endogenous retroviruses, with many proviruses less than one million years old. Many maintain intact open reading frames ...The HML2 (HERV-K) group constitutes the most recently acquired family of human endogenous retroviruses, with many proviruses less than one million years old. Many maintain intact open reading frames and provirus expression together with HML2 particle formation are observed in early stage human embryo development and are associated with pluripotency as well as inflammatory disease, cancers and HIV-1 infection. Here, we reconstruct the core structural protein (CA) of an HML2 retrovirus, assemble particles in vitro and employ single particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to determine structures of four classes of CA Fullerene shell assemblies. These icosahedral and capsular assemblies reveal at high-resolution the molecular interactions that allow CA to form both pentamers and hexamers and show how invariant pentamers and structurally plastic hexamers associate to form the unique polyhedral structures found in retroviral cores. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ssl.cif.gz | 332.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ssl.ent.gz | 285 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ssl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ssl_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ssl_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6ssl_validation.xml.gz | 56.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ssl_validation.cif.gz | 85.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/6ssl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/6ssl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 12
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27570.488 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERVK-24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63145 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human endogenous retrovirus (HML2) mature capsid assembly, D6 capsule タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 3.1 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 16 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 60 sec. / 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10935 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D6 (2回x6回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16723 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 90 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: map vs model FSC |