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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6s2n | ||||||
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タイトル | Hen egg-white lysozyme by serial electron diffraction | ||||||
要素 | Lysozyme C | ||||||
キーワード | HYDROLASE / lysozyme / HEWL / serial crystallography | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Buecker, R. / Mehrabi, P. / Schulz, E.C. / Hogan-Lamarre, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Serial protein crystallography in an electron microscope. 著者: Robert Bücker / Pascal Hogan-Lamarre / Pedram Mehrabi / Eike C Schulz / Lindsey A Bultema / Yaroslav Gevorkov / Wolfgang Brehm / Oleksandr Yefanov / Dominik Oberthür / Günther H Kassier / R J Dwayne Miller / 要旨: Serial X-ray crystallography at free-electron lasers allows to solve biomolecular structures from sub-micron-sized crystals. However, beam time at these facilities is scarce, and involved sample ...Serial X-ray crystallography at free-electron lasers allows to solve biomolecular structures from sub-micron-sized crystals. However, beam time at these facilities is scarce, and involved sample delivery techniques are required. On the other hand, rotation electron diffraction (MicroED) has shown great potential as an alternative means for protein nano-crystallography. Here, we present a method for serial electron diffraction of protein nanocrystals combining the benefits of both approaches. In a scanning transmission electron microscope, crystals randomly dispersed on a sample grid are automatically mapped, and a diffraction pattern at fixed orientation is recorded from each at a high acquisition rate. Dose fractionation ensures minimal radiation damage effects. We demonstrate the method by solving the structure of granulovirus occlusion bodies and lysozyme to resolutions of 1.55 Å and 1.80 Å, respectively. Our method promises to provide rapid structure determination for many classes of materials with minimal sample consumption, using readily available instrumentation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6s2n.cif.gz | 42.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6s2n.ent.gz | 25.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6s2n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6s2n_validation.pdf.gz | 610.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6s2n_full_validation.pdf.gz | 612.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6s2n_validation.xml.gz | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6s2n_validation.cif.gz | 13.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/6s2n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/6s2n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 10090MC 6s2oC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10542 (タイトル: Serial electron diffraction from hen egg-white lysozyme Data size: 17.7 Data #1: Serial electron diffraction raw data from Lysozyme nano-crystals, taken with dose fractionation [diffraction images]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子線結晶学 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 電子線結晶学 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Lysozyme / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-データ収集
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: DIFFRACTION / C2レンズ絞り径: 5 µm |
撮影 | 平均露光時間: 0.006 sec. / 電子線照射量: 2 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: OTHER / 撮影したグリッド数: 1 |
EM回折 | カメラ長: 1570 mm / Tilt angle list: 0 |
EM回折 シェル | 解像度: 30→0.1 Å / フーリエ空間範囲: 1 % / 多重度: 1 / 構造因子数: 1 / 位相残差: 1 ° |
EM回折 統計 | 詳細: Data reduction/reconstruction using X-ray crystallographic software (CrystFEL, Phaser, cctbx.refine, Coot) フーリエ空間範囲: 80.8 % / 再高解像度: 1.8 Å / 測定した強度の数: 16139 / 構造因子数: 9444 / 位相誤差: 29.4 ° / 位相残差: 1 ° / 位相誤差の除外基準: 0 / Rmerge: 0.23 / Rsym: 0.23 |
反射 | Biso Wilson estimate: 9.52 Å2 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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EM 3D crystal entity | ∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 78.1 Å / B: 78.1 Å / C: 38 Å / 空間群名: P43212 / 空間群番号: 96 | ||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 1.8 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 1.8→55.93 Å / SU ML: 0.3568 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.62 / 位相誤差: 30.7521 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 9.48 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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