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万見
- PDB-6qnu: Human Adenovirus type 3 fiber knob in complex with two copies of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qnu
タイトルHuman Adenovirus type 3 fiber knob in complex with two copies of Desmoglein-2
要素
  • Desmoglein-2
  • Fiber protein
キーワードVIRAL PROTEIN / virus receptor / adenovirus / vector
機能・相同性
機能・相同性情報


Purkinje myocyte development / bundle of His cell-Purkinje myocyte adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte communication / desmosome organization / Keratinization / desmosome / Formation of the cornified envelope / cornified envelope / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell ...Purkinje myocyte development / bundle of His cell-Purkinje myocyte adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte communication / desmosome organization / Keratinization / desmosome / Formation of the cornified envelope / cornified envelope / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / regulation of heart rate by cardiac conduction / intercalated disc / RHOG GTPase cycle / lateral plasma membrane / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / maternal process involved in female pregnancy / cell adhesion molecule binding / response to progesterone / cell-cell adhesion / cell-cell junction / cell junction / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / apical plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / host cell nucleus / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Desmosomal cadherin / : / Adenovirus pIV-related, attachment domain / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Catenin binding domain superfamily ...Desmosomal cadherin / : / Adenovirus pIV-related, attachment domain / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Catenin binding domain superfamily / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fiber protein / Desmoglein-2
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus B serotype 3 (ヒトアデノウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Effantin, G.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-18-CE11-0001 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: CryoEM structure of adenovirus type 3 fibre with desmoglein 2 shows an unusual mode of receptor engagement.
著者: Emilie Vassal-Stermann / Gregory Effantin / Chloe Zubieta / Wim Burmeister / Frédéric Iseni / Hongjie Wang / André Lieber / Guy Schoehn / Pascal Fender /
要旨: Attachment of human adenovirus (HAd) to the host cell is a critical step of infection. Initial attachment occurs via the adenoviral fibre knob protein and a cellular receptor. Here we report the cryo- ...Attachment of human adenovirus (HAd) to the host cell is a critical step of infection. Initial attachment occurs via the adenoviral fibre knob protein and a cellular receptor. Here we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of a <100 kDa non-symmetrical complex comprising the trimeric HAd type 3 fibre knob (HAd3K) and human desmoglein 2 (DSG2). The structure reveals a unique stoichiometry of 1:1 and 2:1 (DSG2: knob trimer) not previously observed for other HAd-receptor complexes. We demonstrate that mutating Asp261 in the fibre knob is sufficient to totally abolish receptor binding. These data shed new light on adenovirus infection strategies and provide insights for adenoviral vector development and structure-based design.
履歴
登録2019年2月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: em_image_scans / pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.22019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.32020年9月30日Group: Data collection / カテゴリ: em_imaging_optics / Item: _em_imaging_optics.phase_plate
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4609
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fiber protein
B: Fiber protein
C: Fiber protein
D: Desmoglein-2
E: Desmoglein-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,1875
ポリマ－113,1875
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8950 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area42110 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Fiber protein / SPIKE / Protein IV


分子量: 21025.748 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus B serotype 3 (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: L5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04501
#2: タンパク質 Desmoglein-2 / Cadherin family member 5 / HDGC


分子量: 25055.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DSG2, CDHF5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14126

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Human Adenovirus type 3 fibre knob in complex with two copies of Desmoglein 2COMPLEXall0RECOMBINANT
2Human Adenovirus type 3 fibre knob in complex with two copies of Desmoglein 2COMPLEX#11RECOMBINANT
3Desmoglein 2COMPLEX#21RECOMBINANT
分子量値: 0.116 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Human adenovirus B serotype 3 (ヒトアデノウイルス)45659
33Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
33Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 35 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置位相板: VOLTA PHASE PLATE

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 78925 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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