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- PDB-6qbx: Ovine respiratory supercomplex I+III2 closed class. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qbx
タイトルOvine respiratory supercomplex I+III2 closed class.
要素
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit ...) x 3
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 ...) x 6
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 7
  • (NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit ...) x 2
  • (NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit ...) x 11
  • (Ubiquinol-cytochrome c ...) x 4
  • Acyl carrier protein
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1
  • NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
  • NDUFA1
  • NDUFA11
  • NDUFA13
  • NDUFA5
  • NDUFA7
  • NDUFB1
  • NDUFB10
  • NDUFB11
  • NDUFB6
  • NDUFC1
  • NDUFS2
  • NDUFS6
  • NDUFS7
  • NDUFS8
  • NDUFV2
  • NDUFV3
  • UQCRFS1N
キーワードELECTRON TRANSPORT / supercomplex / cellular respiration / mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / apoptotic mitochondrial changes / NADH dehydrogenase activity / : / mitochondrial respiratory chain complex I assembly ...: / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / apoptotic mitochondrial changes / NADH dehydrogenase activity / : / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / electron transport coupled proton transport / acyl binding / acyl carrier activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / membrane => GO:0016020 / : / ATP metabolic process / respiratory electron transport chain / reactive oxygen species metabolic process / FAD binding / regulation of mitochondrial membrane potential / electron transport chain / metalloendopeptidase activity / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / circadian rhythm / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / oxidoreductase activity / mitochondrial matrix / ubiquitin protein ligase binding / heme binding / protein-containing complex binding / proteolysis / nucleoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Activator of Hsp90 ATPase homologue 1-like / Activator of Hsp90 ATPase homolog 1-like protein / SLBB domain / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / : / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family ...Activator of Hsp90 ATPase homologue 1-like / Activator of Hsp90 ATPase homolog 1-like protein / SLBB domain / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / : / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / FAD-binding domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / FAD binding domain / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1, NDUB1 / MNLL subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit (NDUFB4) / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / Rieske iron-sulphur protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, metazoa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, animal type / NADH dehydrogenase 1 beta subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2, NDUC2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit b14.5b (NDUFC2) / NADH dehydrogenase 1, beta subcomplex, subunit 6 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB6/B17 subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase chain 4, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2, C-terminal / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4, amino terminus / NADH dehydrogenase subunit 2 C-terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8 / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit (CI-ASHI or NDUFB8) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a (Complex I-B14.5a) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase 1 alpha subcomplex subunit 3 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NDUFB9, LYR domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / Deoxynucleoside kinase domain / Deoxynucleoside kinase / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / START-like domain superfamily / ETC complex I subunit conserved region
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-NDP / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-ZMP / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-NDP / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-ZMP / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / PFC0360w protein / Cytochrome b / Acyl carrier protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Complex III subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / Flavoprotein/dehydrogenase / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Letts, J.A. / Sazanov, L.A.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
European Research Council701309 オーストリア
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: Structures of Respiratory Supercomplex I+III Reveal Functional and Conformational Crosstalk.
著者: James A Letts / Karol Fiedorczuk / Gianluca Degliesposti / Mark Skehel / Leonid A Sazanov /
要旨: The mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes (SCs) of defined stoichiometry, which have been proposed to regulate electron flux via substrate channeling. We ...The mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes (SCs) of defined stoichiometry, which have been proposed to regulate electron flux via substrate channeling. We demonstrate that CoQ trapping in the isolated SC I+III limits complex (C)I turnover, arguing against channeling. The SC structure, resolved at up to 3.8 Å in four distinct states, suggests that CoQ oxidation may be rate limiting because of unequal access of CoQ to the active sites of CIII. CI shows a transition between "closed" and "open" conformations, accompanied by the striking rotation of a key transmembrane helix. Furthermore, the state of CI affects the conformational flexibility within CIII, demonstrating crosstalk between the enzymes. CoQ was identified at only three of the four binding sites in CIII, suggesting that interaction with CI disrupts CIII symmetry in a functionally relevant manner. Together, these observations indicate a more nuanced functional role for the SCs.
履歴
登録2018年12月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
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  • マップデータ: EMDB-4493
  • UCSF Chimeraによる作画
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a1: Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 1
a2: Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 2
b1: Cytochrome b
c1: Cytochrome c1
f1: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
d1: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
q1: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex III subunit VII
h1: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
x1: UQCRFS1N
i1: Ubiquinol-cytochrome c reductase, complex III subunit X
a3: Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 1
a4: Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 2
b2: Cytochrome b
c2: Cytochrome c1
f2: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
d2: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
q2: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex III subunit VII
h2: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
x2: UQCRFS1N
i2: Ubiquinol-cytochrome c reductase, complex III subunit X
V1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
V2: NDUFV2
S1: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S1
S2: NDUFS2
S3: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S3
S7: NDUFS7
S8: NDUFS8
V3: NDUFV3
S6: NDUFS6
S4: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit S4
A9: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A9
A2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
A5: NDUFA5
A6: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A6
A7: NDUFA7
AL: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
AA: Acyl carrier protein
AM: NDUFA13
D3: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
D1: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
D6: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
4L: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
D5: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
D4: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
D2: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
AK: NDUFA11
B5: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B5
AB: Acyl carrier protein
A8: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
BJ: NDUFB10
AJ: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
S5: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit S5
A3: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A3
B3: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B3
C2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
B4: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B4
B6: NDUFB6
B7: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B7
B9: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B9
B2: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B2
B8: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
BK: NDUFB11
C1: NDUFC1
B1: NDUFB1
A1: NDUFA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,447,44989
ポリマ－1,436,24265
非ポリマー11,20724
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
Ubiquinol-cytochrome c ... , 4種, 8分子 a1a3a2a4q1q2i1i2

#1: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 1


分子量: 49385.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Heart / 参照: UniProt: W5Q5G6
#2: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 2


分子量: 46655.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Heart / 参照: UniProt: W5Q0F9
#7: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase complex III subunit VII


分子量: 9606.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5PUP9
#10: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase, complex III subunit X


分子量: 7310.372 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5P6B2

-
タンパク質 , 20種, 24分子 b1b2c1c2x1x2V1V2S2S7S8V3S6A5A7AAABAMAKBJB6BKB1A1

#3: タンパク質 Cytochrome b / Complex III subunit 3 / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Ubiquinol- ...Complex III subunit 3 / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome b subunit


分子量: 42877.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Heart / 参照: UniProt: P24959
#4: タンパク質 Cytochrome c1


分子量: 27322.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Heart / 参照: UniProt: W5Q0A9
#9: タンパク質 UQCRFS1N / UQCRFS1N


分子量: 6656.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: N-terminal fragment of the UQCRFS1 subunit, modeled as poly-alanine due to poor density
由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart
#11: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial


分子量: 48678.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart
参照: UniProt: W5PUX0, NADH dehydrogenase, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#12: タンパク質 NDUFV2


分子量: 23840.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5NRY1
#14: タンパク質 NDUFS2 / NDUFS2


分子量: 49193.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart
#16: タンパク質 NDUFS7 / NDUFS7


分子量: 20104.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart
#17: タンパク質 NDUFS8 / NDUFS8


分子量: 20219.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart
#18: タンパク質 NDUFV3 / NDUFV3


分子量: 8423.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart
#19: タンパク質 NDUFS6 / NDUFS6


分子量: 10651.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart
#23: タンパク質 NDUFA5


分子量: 13156.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5PNX7
#25: タンパク質 NDUFA7


分子量: 12399.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5P0I2
#27: タンパク質 Acyl carrier protein


分子量: 10119.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5NQT7
#28: タンパク質 NDUFA13 / MT-ND3


分子量: 16635.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart
#36: タンパク質 NDUFA11


分子量: 14610.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5PAR2
#39: タンパク質 NDUFB10 / NDUFA10


分子量: 20880.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart
#46: タンパク質 NDUFB6


分子量: 15433.929 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5PZE3
#51: タンパク質 NDUFB11


分子量: 14455.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5PWF1
#53: タンパク質 NDUFB1


分子量: 6930.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5QG39
#54: タンパク質 NDUFA1 / NDUFA1


分子量: 8211.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart

-
Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 3種, 6分子 f1f2d1d2h1h2

#5: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial


分子量: 21654.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Heart / 参照: UniProt: W5P2X9, quinol-cytochrome-c reductase
#6: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 7


分子量: 13432.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5P642
#8: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 6


分子量: 9223.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Heart / 参照: UniProt: B9VH04

-
NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit ... , 2種, 2分子 S1S3

#13: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S1


分子量: 77031.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5QB34
#15: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S3


分子量: 26441.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5PB27

-
NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit ... , 11種, 11分子 S4A9A6B5S5A3B3B4B7B9B2

#20: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit S4


分子量: 15375.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5PE07
#21: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A9


分子量: 38660.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5PI58
#24: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A6


分子量: 14923.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5QC06
#37: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B5


分子量: 16714.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5QHN8
#41: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit S5


分子量: 12474.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5QFF9
#42: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A3


分子量: 9194.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5NYM7
#43: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B3


分子量: 11015.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5Q5T4
#45: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B4


分子量: 14975.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5QF73
#47: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B7


分子量: 14645.718 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5P5V3
#48: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B9


分子量: 21648.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5PGA3
#49: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B2


分子量: 8500.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5PVD7

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 ... , 6種, 6分子 A2ALA8AJC2B8

#22: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2


分子量: 10966.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5QAH8
#26: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12


分子量: 17115.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: B9VGZ9
#38: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8


分子量: 20008.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5PYA5
#40: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial


分子量: 36803.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5QBF5
#44: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2


分子量: 14231.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5P9Q8
#50: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / Complex I-ASHI / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit


分子量: 18818.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart / 参照: UniProt: W5Q1B0

-
NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 7種, 7分子 D3D1D64LD5D4D2

#29: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH dehydrogenase subunit 3


分子量: 13106.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart
参照: UniProt: O78753, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#30: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH dehydrogenase subunit 1


分子量: 35884.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart
参照: UniProt: O78747, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#31: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase subunit 6


分子量: 19126.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart
参照: UniProt: O78757, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#32: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH dehydrogenase subunit 4L


分子量: 10840.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart
参照: UniProt: O78754, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#33: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH dehydrogenase subunit 5


分子量: 68410.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart
参照: UniProt: O78756, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#34: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH dehydrogenase subunit 4


分子量: 52058.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart
参照: UniProt: O78755, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#35: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2


分子量: 39149.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart
参照: UniProt: O78748, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C1

#52: タンパク質・ペプチド NDUFC1 / NDUFC1


分子量: 5808.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: heart / 組織: heart

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非ポリマー , 10種, 24分子

#55: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#56: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#57: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#58: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#59: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#60: 化合物 ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#61: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#62: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#63: 化合物 ChemComp-ZMP / S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate


分子量: 568.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49N2O8PS
#64: 化合物 ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ovine mitochondrial supercomplex I+III2 / タイプ: COMPLEX / 詳細: Closed class from ovine respiratory SC I+III2 / Entity ID: #1-#54 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 細胞内の位置: Mitochondrial inner membrane / 器官: Heart / Organelle: Mitochondria / 組織: Cardiac
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 250 mM NaCl, 20 mM HEPES, pH 7.7, 0.02% Brij-35
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
10.25 Msodium chlorideNaCl1
20.02 MHEPES1
30.02 %Brij-351
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: PROPANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: blotting for 30 seconds at 4 degrees Celsius, 95% humidity and flash freezing

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 100000 X / Calibrated defocus min: 1500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 51 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1854
画像スキャン動画フレーム数/画像: 34

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2粒子像選択
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
7Coot0.8.9モデルフィッティング
9PHENIX1.13-2998モデル精密化
10RELION2初期オイラー角割当
11RELION2最終オイラー角割当
12RELION2分類
13RELION2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 400000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 39863 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 90 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 1PPJ

1ppj


Accession code: 1PPJ / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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