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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6p19 | ||||||
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タイトル | Q21 transcription antitermination complex: loaded complex | ||||||
要素 |
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キーワード | GENE REGULATION / RNA polymerase / DNA Binding / transcription / Q-dependent antitermination / Q antitermination factor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of termination of DNA-templated transcription / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex ...negative regulation of termination of DNA-templated transcription / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Phage 21 (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Yin, Z. / Ebright, R.H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019 タイトル: Structural basis of Q-dependent antitermination. 著者: Zhou Yin / Jason T Kaelber / Richard H Ebright / 要旨: Lambdoid bacteriophage Q protein mediates the switch from middle to late bacteriophage gene expression by enabling RNA polymerase (RNAP) to read through transcription terminators preceding ...Lambdoid bacteriophage Q protein mediates the switch from middle to late bacteriophage gene expression by enabling RNA polymerase (RNAP) to read through transcription terminators preceding bacteriophage late genes. Q loads onto RNAP engaged in promoter-proximal pausing at a Q binding element (QBE) and adjacent sigma-dependent pause element (SDPE) to yield a Q-loading complex, and Q subsequently translocates with RNAP as a pausing-deficient, termination-deficient Q-loaded complex. Here, we report high-resolution structures of 4 states on the pathway of antitermination by Q from bacteriophage 21 (Q21): Q21, the Q21-QBE complex, the Q21-loading complex, and the Q21-loaded complex. The results show that Q21 forms a torus, a "nozzle," that narrows and extends the RNAP RNA-exit channel, extruding topologically linked single-stranded RNA and preventing the formation of pause and terminator hairpins. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6p19.cif.gz | 638.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6p19.ent.gz | 497.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6p19.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6p19_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6p19_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6p19_validation.xml.gz | 95.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6p19_validation.cif.gz | 150.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/6p19 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/6p19 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA (123-MER) fragment carrying phage-21 pR' promoter, pause element, and transcribed region, ... , 2種, 2分子 12
#1: DNA鎖 | 分子量: 38545.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Phage 21 (ファージ) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 37358.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Phage 21 (ファージ) |
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#3: タンパク質 | 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257 / プラスミド: pIA900 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase #4: タンパク質 | | 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 遺伝子: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A8V2, DNA-directed RNA polymerase #5: タンパク質 | | 分子量: 158314.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: rpoC, tabB, b3988, JW3951 / プラスミド: pIA900 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A8T7, DNA-directed RNA polymerase #6: タンパク質 | | 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: rpoZ, b3649, JW3624 / プラスミド: pIA900 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A800, DNA-directed RNA polymerase |
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-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 QR
#7: タンパク質 | 分子量: 18668.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phage 21 (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21 Star (DE3) / 参照: UniProt: Q9XJQ6 |
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#8: RNA鎖 | 分子量: 22972.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
-非ポリマー , 2種, 3分子
#9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Q21 transcription antitermination complex: loaded complex タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.8 | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 1.3 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1528 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 25 / 利用したフレーム数/画像: 1-25 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 486699 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7778 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 50 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: 0.143 |