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- PDB-6ola: Structure of the PCV2d virus-like particle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ola
タイトルStructure of the PCV2d virus-like particle
要素
  • Capsid protein
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Circovirus / viral jelly roll
機能・相同性Circovirus capsid protein / Circovirus capsid superfamily / Circovirus capsid protein / viral capsid assembly / T=1 icosahedral viral capsid / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / DNA / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Porcine circovirus 2 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Khayat, R. / Wen, K. / Alimova, A. / Galarza, J. / Gottlieb, P.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5SC1AI114843 米国
National Institutes of Health/National Institute on Minority Health and Health Disparities (NIH/NIMHD)5G12MD007603 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
引用ジャーナル: Virology / 年: 2019
タイトル: Structural characterization of the PCV2d virus-like particle at 3.3 Å resolution reveals differences to PCV2a and PCV2b capsids, a tetranucleotide, and an N-terminus near the icosahedral 3-fold axes.
著者: Reza Khayat / Ke Wen / Aleksandra Alimova / Boris Gavrilov / Al Katz / Jose M Galarza / Paul Gottlieb /
要旨: Porcine circovirus 2 (PCV2) has a major impact on the swine industry. Eight PCV2 genotypes (a-h) have been identified using capsid sequence analysis. PCV2d has been designated as the emerging ...Porcine circovirus 2 (PCV2) has a major impact on the swine industry. Eight PCV2 genotypes (a-h) have been identified using capsid sequence analysis. PCV2d has been designated as the emerging genotype. The cryo-electron microscopy molecular envelope of PCV2d virus-like particles identifies differences between PCV2a, b and d genotypes that accompany the emergence of PCV2b from PCV2a, and PCV2d from PCV2b. These differences indicate that sequence analysis of genotypes is insufficient, and that it is important to determine the PCV2 capsid structure as the virus evolves. Structure-based sequence comparison demonstrate that each genotype possesses a unique combination of amino acids located on the surface of the capsid that undergo substitution. We also demonstrate that the capsid N-terminus moves in response to increasing amount of nucleic acid packaged into the capsid. Furthermore, we model a tetranucleotide between the 5- and 2-fold axes of symmetry that appears to be responsible for capsid stability.
履歴
登録2019年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-20113
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20113
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A0: Capsid protein
A1: Capsid protein
A2: Capsid protein
A3: Capsid protein
A4: Capsid protein
A5: Capsid protein
A6: Capsid protein
A7: Capsid protein
A8: Capsid protein
A9: Capsid protein
AA: Capsid protein
AB: Capsid protein
AC: Capsid protein
AD: Capsid protein
AE: Capsid protein
AF: Capsid protein
AG: Capsid protein
AH: Capsid protein
AI: Capsid protein
AJ: Capsid protein
AK: Capsid protein
AL: Capsid protein
AM: Capsid protein
AN: Capsid protein
AO: Capsid protein
AP: Capsid protein
AQ: Capsid protein
AR: Capsid protein
AS: Capsid protein
AT: Capsid protein
AU: Capsid protein
AV: Capsid protein
AW: Capsid protein
AX: Capsid protein
AY: Capsid protein
AZ: Capsid protein
Aa: Capsid protein
Ab: Capsid protein
Ac: Capsid protein
Ad: Capsid protein
Ae: Capsid protein
Af: Capsid protein
Ag: Capsid protein
Ah: Capsid protein
Ai: Capsid protein
Aj: Capsid protein
Ak: Capsid protein
Al: Capsid protein
Am: Capsid protein
An: Capsid protein
Ao: Capsid protein
Ap: Capsid protein
Aq: Capsid protein
Ar: Capsid protein
As: Capsid protein
At: Capsid protein
Au: Capsid protein
Av: Capsid protein
Aw: Capsid protein
Ax: Capsid protein
B0: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
B1: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
B2: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
B3: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
B4: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
B5: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
B6: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
B7: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
B8: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
B9: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
BA: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
BB: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
BC: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
BD: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
BE: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
BF: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
BG: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
BH: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
BI: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
BJ: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
BK: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
BL: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
BM: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
BN: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
BO: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
BP: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
BQ: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
BR: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
BS: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
BT: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
BU: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
BV: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
BW: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
BX: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
BY: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
BZ: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
Ba: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
Bb: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
Bc: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
Bd: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
Be: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
Bf: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
Bg: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
Bh: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
Bi: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
Bj: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
Bk: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
Bl: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
Bm: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
Bn: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
Bo: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
Bp: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
Bq: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
Br: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
Bs: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
Bt: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
Bu: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
Bv: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
Bw: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
Bx: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,455,713120
ポリマ－1,455,713120
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Capsid protein / Putative capsid protein


分子量: 23070.059 Da / 分子数: 60 / 断片: UNP residues 36-231 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Porcine circovirus 2 (ウイルス) / 遺伝子: ORF2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: G0ZPI6
#2: DNA鎖 ...
DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')


分子量: 1191.818 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Porcine circovirus 2 (ウイルス) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Porcine circovirus 2 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Porcine circovirus 2 (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 64 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: Leginon / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 4442 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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