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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o2r | ||||||
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タイトル | Deacetylated Microtubules | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / microtubule / cytoskeleton / acetylation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling ...Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Separation of Sister Chromatids / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / COPI-mediated anterograde transport / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / mitotic cell cycle / microtubule / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Eshun-Wilson, L. / Zhang, R. / Portran, D. / Nachury, M.V. / Toso, D. / Lohr, T. / Vendruscolo, M. / Bonomi, M. / Fraser, J.S. / Nogales, E. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019 タイトル: Effects of α-tubulin acetylation on microtubule structure and stability. 著者: Lisa Eshun-Wilson / Rui Zhang / Didier Portran / Maxence V Nachury / Daniel B Toso / Thomas Löhr / Michele Vendruscolo / Massimiliano Bonomi / James S Fraser / Eva Nogales / 要旨: Acetylation of K40 in α-tubulin is the sole posttranslational modification to mark the luminal surface of microtubules. It is still controversial whether its relationship with microtubule ...Acetylation of K40 in α-tubulin is the sole posttranslational modification to mark the luminal surface of microtubules. It is still controversial whether its relationship with microtubule stabilization is correlative or causative. We have obtained high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) reconstructions of pure samples of αTAT1-acetylated and SIRT2-deacetylated microtubules to visualize the structural consequences of this modification and reveal its potential for influencing the larger assembly properties of microtubules. We modeled the conformational ensembles of the unmodified and acetylated states by using the experimental cryo-EM density as a structural restraint in molecular dynamics simulations. We found that acetylation alters the conformational landscape of the flexible loop that contains αK40. Modification of αK40 reduces the disorder of the loop and restricts the states that it samples. We propose that the change in conformational sampling that we describe, at a location very close to the lateral contacts site, is likely to affect microtubule stability and function. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6o2r.cif.gz | 884.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6o2r.ent.gz | 734.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6o2r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6o2r_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6o2r_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6o2r_validation.xml.gz | 149.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6o2r_validation.cif.gz | 220.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/6o2r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/6o2r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 組織: Brain / 参照: UniProt: Q2XVP4 #2: タンパク質 | 分子量: 49907.770 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 組織: Brain / 参照: UniProt: P02554 #3: 化合物 | ChemComp-GTP / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-GDP / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Deacetylated Microtubule / タイプ: TISSUE / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) / 組織: Brain | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 6.8 詳細: Contains 80 mM PIPES, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, pH 6.8 with KOH (stored at 4 degrees Celsius). | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Acetylated and deacetylated tubulin preparations were produced by treating purified brain tubulin with the acetyltransferase TAT1 or the tubulin deacetylatase SIRT2 as done in Portran et al. Nat. Cell. Bio. 2017. | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: unspecified | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 310.15 K / 詳細: Blotted for 4 seconds at blot force 10. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS 詳細: Preliminary grid screening was performed manually and all of the alignments were initially done using a gold calibration grid. |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 22500 X / 倍率(補正後): 23364 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Calibrated defocus min: 1422.3 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2706.1 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 77 K / 最低温度: 77 K |
撮影 | 平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 287 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 143 eV |
画像スキャン | 横: 3840 / 縦: 3710 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: CTFFIND4 / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -27.7 ° / 軸方向距離/サブユニット: 9.3 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 29396 / 詳細: Extracted Helical Segments | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24692 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 126 / プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL / Target criteria: 0.5 詳細: We use PHENIX to perform real space refinement and sharpen our cryoEM maps. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3JAR Accession code: 3JAR / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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