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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o2o | |||||||||
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タイトル | CDTb Double Heptamer Short Form Modeled from Cryo-EM Map Reconstructed using C1 Symmetry | |||||||||
要素 | ADP-ribosyltransferase binding component | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / CDTb / Toxin / Binary / difficile | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein homooligomerization / transferase activity / extracellular region / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Clostridioides difficile (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.53 Å | |||||||||
データ登録者 | Lacy, D.B. / Sheedlo, M.J. / Anderson, D.M. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2020 タイトル: Structural insights into the transition of Clostridioides difficile binary toxin from prepore to pore. 著者: David M Anderson / Michael J Sheedlo / Jaime L Jensen / D Borden Lacy / 要旨: Clostridioides (formerly Clostridium) difficile is a Gram-positive, spore-forming anaerobe and a leading cause of hospital-acquired infection and gastroenteritis-associated death in US hospitals. The ...Clostridioides (formerly Clostridium) difficile is a Gram-positive, spore-forming anaerobe and a leading cause of hospital-acquired infection and gastroenteritis-associated death in US hospitals. The disease state is usually preceded by disruption of the host microbiome in response to antibiotic treatment and is characterized by mild to severe diarrhoea. C. difficile infection is dependent on the secretion of one or more AB-type toxins: toxin A (TcdA), toxin B (TcdB) and the C. difficile transferase toxin (CDT). Whereas TcdA and TcdB are considered the primary virulence factors, recent studies suggest that CDT increases the severity of C. difficile infection in some of the most problematic clinical strains. To better understand how CDT functions, we used cryo-electron microscopy to define the structure of CDTb, the cell-binding component of CDT. We obtained structures of several oligomeric forms that highlight the conformational changes that enable conversion from a prepore to a β-barrel pore. The structural analysis also reveals a glycan-binding domain and residues involved in binding the host-cell receptor, lipolysis-stimulated lipoprotein receptor. Together, these results provide a framework to understand how CDT functions at the host cell interface. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6o2o.cif.gz | 1.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6o2o.ent.gz | 1.3 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6o2o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6o2o_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6o2o_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6o2o_validation.xml.gz | 229.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6o2o_validation.cif.gz | 349.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/6o2o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/6o2o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 0610MC 0608C 0609C 6o2mC 6o2nC 6okrC 6oksC 6oktC 6okuC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 98916.828 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア) 遺伝子: cdtB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8DS70 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: CDTb / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Clostridioides difficile (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 9.6 sec. / 電子線照射量: 110.1 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 4914 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12306 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL |