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万見
- PDB-6nrv: Cryo-EM reconstruction of CFA/I pili -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nrv
タイトルCryo-EM reconstruction of CFA/I pili
要素CFA/I fimbrial subunit B
キーワードPROTEIN FIBRIL / Enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) / CFA/I pili / helical reconstruction
機能・相同性CFA/I fimbrial subunit E, pilin domain / Fimbrial major subunit, CS1-type / CS1 type fimbrial major subunit / pilus / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / CFA/I fimbrial subunit B
機能・相同性情報
生物種ESCHERICHIA COLI ETEC O78:H12 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Zheng, W. / Andersson, M. / Bullitt, E. / Egelman, E.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122510 米国
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM structure of the CFA/I pilus rod.
著者: Weili Zheng / Magnus Andersson / Narges Mortezaei / Esther Bullitt / Edward Egelman /
要旨: Enterotoxigenic (ETEC) are common agents of diarrhea for travelers and a major cause of mortality in children in developing countries. To attach to intestinal cells ETEC express colonization ...Enterotoxigenic (ETEC) are common agents of diarrhea for travelers and a major cause of mortality in children in developing countries. To attach to intestinal cells ETEC express colonization factors, among them CFA/I, which are the most prevalent factors and are the archetypical representative of class 5 pili. The helical quaternary structure of CFA/I can be unwound under tensile force and it has been shown that this mechanical property helps bacteria to withstand shear forces from fluid motion. We report in this work the CFA/I pilus structure at 4.3 Å resolution from electron cryomicroscopy (cryo-EM) data, and report details of the donor strand complementation. The CfaB pilins modeled into the cryo-EM map allow us to identify the buried surface area between subunits, and these regions are correlated to quaternary structural stability in class 5 and chaperone-usher pili. In addition, from the model built using the EM structure we also predicted that residue 13 (proline) of the N-terminal β-strand could have a major impact on the filament's structural stability. Therefore, we used optical tweezers to measure and compare the stability of the quaternary structure of wild type CFA/I and a point-mutated CFA/I with a propensity for unwinding. We found that pili with this mutated CFA/I require a lower force to unwind, supporting our hypothesis that Pro13 is important for structural stability. The high-resolution CFA/I pilus structure presented in this work and the analysis of structural stability will be useful for the development of novel antimicrobial drugs that target adhesion pili needed for initial attachment and sustained adhesion of ETEC.
履歴
登録2019年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-0497
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0497
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CFA/I fimbrial subunit B
B: CFA/I fimbrial subunit B
C: CFA/I fimbrial subunit B
D: CFA/I fimbrial subunit B
E: CFA/I fimbrial subunit B
F: CFA/I fimbrial subunit B
G: CFA/I fimbrial subunit B
H: CFA/I fimbrial subunit B
I: CFA/I fimbrial subunit B
J: CFA/I fimbrial subunit B
K: CFA/I fimbrial subunit B
L: CFA/I fimbrial subunit B
M: CFA/I fimbrial subunit B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,59513
ポリマ－194,59513
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
CFA/I fimbrial subunit B / CFA/I antigen / CFA/I pilin / Colonization factor antigen I subunit B


分子量: 14968.839 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI ETEC O78:H12 (大腸菌) / 株: E7473 / 参照: UniProt: P0CK93

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) CFA/I pili / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli ETEC H10407 (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_2919: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN2粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND3CTF補正
5SPIDERCTF補正
8RosettaEMモデルフィッティング
10SPIDER初期オイラー角割当
13SPIDER３次元再構成
14Cootモデル精密化
15PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 113.3 ° / 軸方向距離/サブユニット: 8.6 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 117011
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 97295 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築PDB-ID: 3F85

3f85


Accession code: 3F85 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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