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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nr8 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | hTRiC-hPFD Class6 | ||||||||||||||||||||||||
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![]() | CHAPERONE / TRiC/CCT / PFD / CryoEM / Molecular Chaperone / Protein folding | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() RNA polymerase I assembly / RNA polymerase III assembly / prefoldin complex / positive regulation of cytoskeleton organization / zona pellucida receptor complex / scaRNA localization to Cajal body / chaperone mediated protein folding independent of cofactor / positive regulation of establishment of protein localization to telomere / positive regulation of protein localization to Cajal body / tubulin complex assembly ...RNA polymerase I assembly / RNA polymerase III assembly / prefoldin complex / positive regulation of cytoskeleton organization / zona pellucida receptor complex / scaRNA localization to Cajal body / chaperone mediated protein folding independent of cofactor / positive regulation of establishment of protein localization to telomere / positive regulation of protein localization to Cajal body / tubulin complex assembly / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / Folding of actin by CCT/TriC / binding of sperm to zona pellucida / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / RNA polymerase II core complex assembly / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / chaperonin-containing T-complex / negative regulation of amyloid fibril formation / protein folding chaperone complex / RHOBTB1 GTPase cycle / intermediate filament cytoskeleton / WD40-repeat domain binding / pericentriolar material / beta-tubulin binding / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / microtubule-based process / chaperone-mediated protein complex assembly / RHOBTB2 GTPase cycle / heterochromatin / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / positive regulation of telomerase activity / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / tubulin binding / acrosomal vesicle / mRNA 3'-UTR binding / cell projection / ATP-dependent protein folding chaperone / response to virus / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cilium / mRNA 5'-UTR binding / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / transcription corepressor activity / G-protein beta-subunit binding / azurophil granule lumen / unfolded protein binding / melanosome / protein folding / retina development in camera-type eye / amyloid-beta binding / protein-folding chaperone binding / cell body / secretory granule lumen / microtubule / ficolin-1-rich granule lumen / cytoskeleton / protein stabilization / cadherin binding / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Gestaut, D.R. / Roh, S.H. / Ma, B. / Pintilie, G. / Joachimiak, L.A. / Leitner, A. / Walzthoeni, T. / Aebersold, R. / Chiu, W. / Frydman, J. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The Chaperonin TRiC/CCT Associates with Prefoldin through a Conserved Electrostatic Interface Essential for Cellular Proteostasis. 著者: Daniel Gestaut / Soung Hun Roh / Boxue Ma / Grigore Pintilie / Lukasz A Joachimiak / Alexander Leitner / Thomas Walzthoeni / Ruedi Aebersold / Wah Chiu / Judith Frydman / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Maintaining proteostasis in eukaryotic protein folding involves cooperation of distinct chaperone systems. To understand how the essential ring-shaped chaperonin TRiC/CCT cooperates with the ...Maintaining proteostasis in eukaryotic protein folding involves cooperation of distinct chaperone systems. To understand how the essential ring-shaped chaperonin TRiC/CCT cooperates with the chaperone prefoldin/GIMc (PFD), we integrate cryoelectron microscopy (cryo-EM), crosslinking-mass-spectrometry and biochemical and cellular approaches to elucidate the structural and functional interplay between TRiC/CCT and PFD. We find these hetero-oligomeric chaperones associate in a defined architecture, through a conserved interface of electrostatic contacts that serves as a pivot point for a TRiC-PFD conformational cycle. PFD alternates between an open "latched" conformation and a closed "engaged" conformation that aligns the PFD-TRiC substrate binding chambers. PFD can act after TRiC bound its substrates to enhance the rate and yield of the folding reaction, suppressing non-productive reaction cycles. Disrupting the TRiC-PFD interaction in vivo is strongly deleterious, leading to accumulation of amyloid aggregates. The supra-chaperone assembly formed by PFD and TRiC is essential to prevent toxic conformations and ensure effective cellular proteostasis. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
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CIF形式データ | ![]() | 342.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 0490MC ![]() 0491C ![]() 0492C ![]() 0493C ![]() 0494C ![]() 0495C ![]() 0496C ![]() 6nr9C ![]() 6nraC ![]() 6nrbC ![]() 6nrcC ![]() 6nrdC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Prefoldin subunit ... , 6種, 6分子 123456
#1: タンパク質 | 分子量: 12522.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: O60925 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11862.538 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: Q9UHV9 |
#3: タンパク質 | 分子量: 15558.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: P61758 |
#4: タンパク質 | 分子量: 12142.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: Q9NQP4 |
#5: タンパク質 | 分子量: 14579.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: Q99471 |
#6: タンパク質 | 分子量: 11775.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: O15212 |
-T-complex protein 1 subunit ... , 8種, 16分子 AIBJCKDLEMFNGOHP
#7: タンパク質 | 分子量: 58061.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: P17987 #8: タンパク質 | 分子量: 54736.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: P78371 #9: タンパク質 | 分子量: 57165.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: P49368 #10: タンパク質 | 分子量: 55636.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: P50991 #11: タンパク質 | 分子量: 56989.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: P48643 #12: タンパク質 | 分子量: 56445.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: P40227 #13: タンパク質 | 分子量: 56369.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: Q99832 #14: タンパク質 | 分子量: 56102.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: P50990 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: unspecified | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 3200FSC |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 48 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 7.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 38032 / 対称性のタイプ: POINT |