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- PDB-6mem: A unique supramolecular organization of photosystem I in the moss... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mem
タイトルA unique supramolecular organization of photosystem I in the moss Physcomitrella patens
要素
  • (Chlorophyll A/B binding protein ...) x 12
  • PsaA
  • PsaB
  • PsaC
  • PsaD
  • PsaE
  • PsaF
  • PsaG
  • PsaH
  • PsaI
  • PsaJ
  • PsaK
  • PsaL
キーワードPHOTOSYNTHESIS / complex / photosystem I / light harvesting complex / Physcomitrella
生物種Physcomitrella patens (植物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.6 Å
データ登録者Iwai, M. / Grob, P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States) 米国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)1S10OD020062-01 米国
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2018
タイトル: A unique supramolecular organization of photosystem I in the moss Physcomitrella patens.
著者: Masakazu Iwai / Patricia Grob / Anthony T Iavarone / Eva Nogales / Krishna K Niyogi /
要旨: The photosynthesis machinery in chloroplast thylakoid membranes is comprised of multiple protein complexes and supercomplexes. Here, we show a novel supramolecular organization of photosystem I (PSI) ...The photosynthesis machinery in chloroplast thylakoid membranes is comprised of multiple protein complexes and supercomplexes. Here, we show a novel supramolecular organization of photosystem I (PSI) in the moss Physcomitrella patens by single-particle cryo-electron microscopy. The moss-specific light-harvesting complex (LHC) protein Lhcb9 is involved in this PSI supercomplex, which has been shown to have a molecular density similar to that of the green alga Chlamydomonas reinhardtii. Our results show that the structural organization is unexpectedly different-two rows of the LHCI belt exist as in C. reinhardtii, but the outer one is shifted toward the PsaK side. Furthermore, one trimeric LHC protein and one monomeric LHC protein position alongside PsaL/K, filling the gap between these subunits and the outer LHCI belt. We provide evidence showing that Lhcb9 is a key factor, acting as a linkage between the PSI core and the outer LHCI belt to form the unique supramolecular organization of the PSI supercomplex in P. patens.
履歴
登録2018年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Database references / カテゴリ: database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9107
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chlorophyll A/B binding protein 1
B: Chlorophyll A/B binding protein 5
C: Chlorophyll A/B binding protein 3
D: Chlorophyll A/B binding protein 7
E: Chlorophyll A/B binding protein 4
F: Chlorophyll A/B binding protein 9
G: Chlorophyll A/B binding protein 8
H: Chlorophyll A/B binding protein 2
I: Chlorophyll A/B binding protein 6
J: PsaA
K: Chlorophyll A/B binding protein 10
L: PsaB
M: Chlorophyll A/B binding protein 11
N: PsaC
O: Chlorophyll A/B binding protein 12
P: PsaD
Q: PsaE
R: PsaF
S: PsaG
T: PsaH
U: PsaI
V: PsaJ
W: PsaK
X: PsaL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)420,50924
ポリマ－420,50924
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Chlorophyll A/B binding protein ... , 12種, 12分子 ABCDEFGHIKMO

#1: タンパク質 Chlorophyll A/B binding protein 1


分子量: 16443.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrella patens (植物)
#2: タンパク質 Chlorophyll A/B binding protein 5


分子量: 16613.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrella patens (植物)
#3: タンパク質 Chlorophyll A/B binding protein 3


分子量: 17719.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrella patens (植物)
#4: タンパク質 Chlorophyll A/B binding protein 7


分子量: 17549.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrella patens (植物)
#5: タンパク質 Chlorophyll A/B binding protein 4


分子量: 18826.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrella patens (植物)
#6: タンパク質 Chlorophyll A/B binding protein 9


分子量: 18570.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrella patens (植物)
#7: タンパク質 Chlorophyll A/B binding protein 8


分子量: 18655.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrella patens (植物)
#8: タンパク質 Chlorophyll A/B binding protein 2


分子量: 16868.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrella patens (植物)
#9: タンパク質 Chlorophyll A/B binding protein 6


分子量: 16698.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrella patens (植物)
#11: タンパク質 Chlorophyll A/B binding protein 10


分子量: 18996.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrella patens (植物)
#13: タンパク質 Chlorophyll A/B binding protein 11


分子量: 19081.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrella patens (植物)
#15: タンパク質 Chlorophyll A/B binding protein 12


分子量: 19166.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrella patens (植物)

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タンパク質 , 10種, 10分子 JLNPQRSTWX

#10: タンパク質 PsaA


分子量: 63250.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrella patens (植物)
#12: タンパク質 PsaB


分子量: 62399.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrella patens (植物)
#14: タンパク質 PsaC


分子量: 6826.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrella patens (植物)
#16: タンパク質 PsaD


分子量: 12188.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrella patens (植物)
#17: タンパク質 PsaE


分子量: 5634.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrella patens (植物)
#18: タンパク質 PsaF


分子量: 13124.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrella patens (植物)
#19: タンパク質 PsaG


分子量: 8273.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrella patens (植物)
#20: タンパク質 PsaH


分子量: 7507.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrella patens (植物)
#23: タンパク質 PsaK


分子量: 6571.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrella patens (植物)
#24: タンパク質 PsaL


分子量: 13379.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrella patens (植物)

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タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 UV

#21: タンパク質・ペプチド PsaI


分子量: 2571.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrella patens (植物)
#22: タンパク質・ペプチド PsaJ


分子量: 3592.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrella patens (植物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Large PSI-LHCI supercomplex / タイプ: COMPLEX
詳細: A protein supercomplex isolated by gentle detergent solubilization of thylakoid membranes and maltose density gradient centrifugation
Entity ID: #1-#6, #8-#12, #14, #16-#24, #7, #13, #15 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.94 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Physcomitrella patens (植物) / 株: Gransden 2004 / 細胞内の位置: chloroplast / Organelle: chloroplast / 組織: protonema
緩衝液pH: 6.5
緩衝液成分
ID濃度式Buffer-ID
125 mMMES1
20.03 %DDM1
30.5 %trehalose1
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K / 詳細: Lights off, blot 4.5 seconds before plunging.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 120 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 80000 X / 倍率（補正後）: 107140 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -2500 nm / Calibrated defocus min: -1900 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: -4200 nm / Cs: 2.2 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
最高温度: 93 K / 最低温度: 93 K
撮影平均露光時間: 0.5 sec. / 電子線照射量: 25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 361
画像スキャンサンプリングサイズ: 15 µm / 横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch粒子像選択
2Leginon画像取得
3Gautomatch画像取得
5CTFFIND3CTF補正
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
11RELION1.4初期オイラー角割当
12RELION1.4最終オイラー角割当
13RELION1.4分類
14RELION1.4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 55780
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 11.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 14412 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 5 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
精密化最高解像度: 11.6 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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