+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lqj | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Low resolution architecture of curli complex | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / curli | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 curli secretion complex / curli assembly / protein secretion by the type VIII secretion system / protein transmembrane transport / single-species biofilm formation / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, M. / Shi, H. / Huang, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM structure of the nonameric CsgG-CsgF complex and its implications for controlling curli biogenesis in Enterobacteriaceae. 著者: Manfeng Zhang / Huigang Shi / Xuemei Zhang / Xinzheng Zhang / Yihua Huang / 要旨: Curli play critical roles in biofilm formation, host cell adhesion, and colonization of inert surfaces in many Enterobacteriaceae. In Escherichia coli, curli biogenesis requires 7 curli-specific gene ...Curli play critical roles in biofilm formation, host cell adhesion, and colonization of inert surfaces in many Enterobacteriaceae. In Escherichia coli, curli biogenesis requires 7 curli-specific gene (csg) products-CsgA through G-working in concert. Of them, CsgG and CsgF are 2 outer membrane (OM)-localized components that consists of the core apparatus for secretion and assembly of curli structural subunits, CsgB and CsgA. Here, we report the cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structure of CsgG in complex with CsgF from E. coli. The structure reveals that CsgF forms a stable complex with CsgG via a 1:1 stoichiometry by lining the upper lumen of the nonameric CsgG channel via its N-terminal 27 residues, forming a funnel-like entity plugged in the CsgG channel and creating a unique secretion channel with 2 constriction regions, consistent with the recently reported structure of the CsgG-CsgF complex. Functional studies indicate that export of CsgF to the cell surface requires the CsgG channel, and CsgF not only functions as an adaptor that bridges CsgB with CsgG but also may play important roles in controlling the rates of translocation and/or polymerization for curli structural subunits. Importantly, we found that a series of CsgF-derived peptides are able to efficiently inhibit curli production to E. coli when administrated exogenously, highlighting a potential strategy to interfere biofilm formation in E. coli strains. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lqj.cif.gz | 389.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6lqj.ent.gz | 314.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lqj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6lqj_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6lqj_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6lqj_validation.xml.gz | 65.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6lqj_validation.cif.gz | 92.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/6lqj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/6lqj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31626.180 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: csgG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEA2 #2: タンパク質 | 分子量: 15894.586 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: csgF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AE98 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: curli core complex of CsgG and CsgF / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最低温度: 70 K / Residual tilt: 0.1 mradians |
撮影 | 電子線照射量: 48 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2500 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 3710 / 縦: 3838 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 434339 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C9 (9回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 96558 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|