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万見
- PDB-6l62: Neutralization mechanism of a monoclonal antibody targeting a por... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l62
タイトルNeutralization mechanism of a monoclonal antibody targeting a porcine circovirus type 2 Cap protein conformational epitope
要素
  • Capsid protein
  • Heavy chain of Fab fragment
  • Light chain of Fab fragment
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRUS / Porcine circovirus type 2 / Cap protein / VIRUS / IMMUNE SYSTEM-VIRUS complex
機能・相同性Circovirus capsid protein / Circovirus capsid superfamily / Circovirus capsid protein / viral capsid assembly / T=1 icosahedral viral capsid / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Porcine circovirus 2 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å
データ登録者Sun, Z. / Huang, L. / Xia, D. / Wei, Y. / Sun, E. / Zhu, H. / Bian, H. / Wu, H. / Feng, L. / Wang, J. / Liu, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31873012 中国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2020
タイトル: Neutralization Mechanism of a Monoclonal Antibody Targeting a Porcine Circovirus Type 2 Cap Protein Conformational Epitope.
著者: Liping Huang / Zhenzhao Sun / Deli Xia / Yanwu Wei / Encheng Sun / Chunguo Liu / Hongzhen Zhu / Haiqiao Bian / Hongli Wu / Li Feng / Jingfei Wang / Changming Liu /
要旨: Porcine circovirus type 2 (PCV2) is an important pathogen in swine herds, and its infection of pigs has caused severe economic losses to the pig industry worldwide. The capsid protein of PCV2 is the ...Porcine circovirus type 2 (PCV2) is an important pathogen in swine herds, and its infection of pigs has caused severe economic losses to the pig industry worldwide. The capsid protein of PCV2 is the only structural protein that is associated with PCV2 infection and immunity. Here, we report a neutralizing monoclonal antibody (MAb), MAb 3A5, that binds to intact PCV2 virions of the PCV2a, PCV2b, and PCV2d genotypes. MAb 3A5 neutralized PCV2 by blocking viral attachment to PK15 cells. To further explore the neutralization mechanism, we resolved the structure of the PCV2 virion in complex with MAb 3A5 Fab fragments by using cryo-electron microscopy single-particle analysis. The binding sites were located at the topmost edges around 5-fold icosahedral symmetry axes, with each footprint covering amino acids from two adjacent capsid proteins. Most of the epitope residues (15/18 residues) were conserved among 2,273 PCV2 strains. Mutations of some amino acids within the epitope had significant effects on the neutralizing activity of MAb 3A5. This study reveals the molecular and structural bases of this PCV2-neutralizing antibody and provides new and important information for vaccine design and therapeutic antibody development against PCV2 infections. PCV2 is associated with several clinical manifestations collectively known as PCV2-associated diseases (PCVADs). Neutralizing antibodies play a crucial role in the prevention of PCVADs. We demonstrated previously that a MAb, MAb 3A5, neutralizes the PCV2a, PCV2b, and PCV2d genotypes with different degrees of efficiency, but the underlying mechanism remains elusive. Here, we report the neutralization mechanism of this MAb and the structure of the PCV2 virion in complex with MAb 3A5 Fabs, showing a binding mode in which one Fab interacted with more than two loops from two adjacent capsid proteins. This binding mode has not been observed previously for PCV2-neutralizing antibodies. Our work provides new and important information for vaccine design and therapeutic antibody development against PCV2 infections.
履歴
登録2019年10月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-0838
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0838
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Light chain of Fab fragment
H: Heavy chain of Fab fragment
A: Capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8523
ポリマ－74,8523
非ポリマー00
水00
1
L: Light chain of Fab fragment
H: Heavy chain of Fab fragment
A: Capsid protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,491,124180
ポリマ－4,491,124180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
L: Light chain of Fab fragment
H: Heavy chain of Fab fragment
A: Capsid protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 374 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)374,26015
ポリマ－374,26015
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
L: Light chain of Fab fragment
H: Heavy chain of Fab fragment
A: Capsid protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 449 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)449,11218
ポリマ－449,11218
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: 抗体 Light chain of Fab fragment


分子量: 23564.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Heavy chain of Fab fragment


分子量: 23728.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 Capsid protein


分子量: 27559.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porcine circovirus 2 (ウイルス) / 参照: UniProt: F5A4Z4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1PCV2 virion in complex with Fab fragments of the mAb 3A5COMPLEXall0NATURAL
2Light chain of Fab fragment of the mAb 3A5COMPLEX#11NATURAL
3Heavy chain of Fab fragment Fab of the mAb 3A5COMPLEX#21NATURAL
4PCV2 virionCOMPLEX#31NATURAL
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Mus musculus (ハツカネズミ)10090
32Mus musculus (ハツカネズミ)10090
43mus muscu (ウイルス)85708
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)フィルム・検出器のモデル
1135FEI CETA (4k x 4k)
2135FEI CETA (4k x 4k)
3135FEI CETA (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3500 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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