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万見
- PDB-6k7y: Intact human mitochondrial calcium uniporter complex with MICU1/M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k7y
タイトルIntact human mitochondrial calcium uniporter complex with MICU1/MICU2 subunits
要素
  • (Calcium uptake protein ...) x 2
  • Calcium uniporter protein, mitochondrial
  • Essential MCU regulator, mitochondrial
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ion channel / mitochondrial Ca2+ uptake / MCU / MICU
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial crista junction / negative regulation of mitochondrial calcium ion concentration / regulation of cellular hyperosmotic salinity response / positive regulation of cristae formation / uniporter activity / uniplex complex / Processing of SMDT1 / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / Mitochondrial calcium ion transport / mitochondrial calcium ion transmembrane transport ...mitochondrial crista junction / negative regulation of mitochondrial calcium ion concentration / regulation of cellular hyperosmotic salinity response / positive regulation of cristae formation / uniporter activity / uniplex complex / Processing of SMDT1 / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / Mitochondrial calcium ion transport / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium import into the mitochondrion / calcium ion sensor activity / channel activator activity / calcium ion import / cellular response to calcium ion starvation / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of mitochondrial fission / protein complex oligomerization / calcium channel inhibitor activity / calcium channel complex / Mitochondrial protein degradation / cellular response to calcium ion / generation of precursor metabolites and energy / calcium channel regulator activity / calcium-mediated signaling / defense response / protein homooligomerization / mitochondrial intermembrane space / calcium channel activity / mitochondrial membrane / positive regulation of insulin secretion / cell migration / glucose homeostasis / protein-macromolecule adaptor activity / cell population proliferation / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / protein heterodimerization activity / calcium ion binding / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Essential MCU regulator, mitochondrial / Putative mitochondrial precursor protein / Calcium uptake protein 1/2/3 / Calcium uniporter protein, C-terminal / MCU family / Mitochondrial calcium uniporter / EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site ...Essential MCU regulator, mitochondrial / Putative mitochondrial precursor protein / Calcium uptake protein 1/2/3 / Calcium uniporter protein, C-terminal / MCU family / Mitochondrial calcium uniporter / EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / Chem-PLX / Calcium uptake protein 2, mitochondrial / Calcium uniporter protein, mitochondrial / Calcium uptake protein 1, mitochondrial / Essential MCU regulator, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Zhuo, W. / Zhou, H. / Yang, M.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)21532004 中国
National Science Foundation (NSF, China)31570733 中国
National Science Foundation (NSF, China)31900857 中国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2021
タイトル: Structure of intact human MCU supercomplex with the auxiliary MICU subunits.
著者: Wei Zhuo / Heng Zhou / Runyu Guo / Jingbo Yi / Laixing Zhang / Lei Yu / Yinqiang Sui / Wenwen Zeng / Peiyi Wang / Maojun Yang /
履歴
登録2019年6月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9945
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium uniporter protein, mitochondrial
B: Calcium uniporter protein, mitochondrial
C: Calcium uniporter protein, mitochondrial
D: Calcium uniporter protein, mitochondrial
E: Essential MCU regulator, mitochondrial
F: Essential MCU regulator, mitochondrial
G: Essential MCU regulator, mitochondrial
H: Essential MCU regulator, mitochondrial
I: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
J: Calcium uptake protein 2, mitochondrial
N: Calcium uniporter protein, mitochondrial
O: Calcium uniporter protein, mitochondrial
P: Calcium uniporter protein, mitochondrial
Q: Calcium uniporter protein, mitochondrial
R: Essential MCU regulator, mitochondrial
S: Essential MCU regulator, mitochondrial
T: Essential MCU regulator, mitochondrial
U: Essential MCU regulator, mitochondrial
V: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
W: Calcium uptake protein 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)518,98446
ポリマ－494,91720
非ポリマー24,06726
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 16分子 ABCDNOPQEFGHRSTU

#1: タンパク質
Calcium uniporter protein, mitochondrial / HsMCU / Coiled-coil domain-containing protein 109A


分子量: 32300.203 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCU, C10orf42, CCDC109A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NE86
#2: タンパク質
Essential MCU regulator, mitochondrial / Single-pass membrane protein with aspartate-rich tail 1 / mitochondrial


分子量: 5993.192 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMDT1, C22orf32, EMRE / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H4I9

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Calcium uptake protein ... , 2種, 4分子 IVJW

#3: タンパク質 Calcium uptake protein 1, mitochondrial / Atopy-related autoantigen CALC / ara CALC / Calcium-binding atopy-related autoantigen 1


分子量: 54432.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICU1, CALC, CBARA1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BPX6
#4: タンパク質 Calcium uptake protein 2, mitochondrial / EF-hand domain-containing family member A1


分子量: 39852.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICU2, EFHA1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IYU8

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非ポリマー , 3種, 26分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#7: 化合物
ChemComp-PLX / (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL


分子量: 767.132 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H89NO8P / コメント: リン脂質*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Intact human mitochondrial calcium uniporter complex with MICU1/MICU2 subunits
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.15_3459: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
12RELION3３次元再構成
13PHENIX1.15モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 91728 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
16K7X

6k7x

16K7X1PDBexperimental model
24NSC

4nsc

14NSC2PDBexperimental model
36AGH

6agh

16AGH3PDBexperimental model
精密化最高解像度: 3.6 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00533566
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.64345022
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.85820564
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0754950
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0045546

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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