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万見
- PDB-6k3i: Salmonella hook in curved state - 66 subunit models -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k3i
タイトルSalmonella hook in curved state - 66 subunit models
要素Flagellar hook protein FlgE
キーワードMOTOR PROTEIN / bacterial / hook / flexible joint / flagella
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility
類似検索 - 分子機能
Flagellar hook protein FlgE superfamily / Flagellar hook protein FlgE / Flagellar basal body protein FlaE D2 domain / Flagellar basal body rod protein, conserved site / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G-like / Flagella basal body rod proteins signature. / Flagellar basal body rod protein, N-terminal / Flagella basal body rod protein / Flagellar basal-body/hook protein, C-terminal domain / Flagellar basal body rod FlgEFG protein C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar hook protein FlgE
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Shibata, S. / Matsunami, H. / Wolf, M. / Aizawa, S.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP18am0101076 日本
Japan Society for the Promotion of Science17K17085 日本
Japan Society for the Promotion of Science19K10083 日本
Japan Society for the Promotion of Science17K07318 日本
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Torque transmission mechanism of the curved bacterial flagellar hook revealed by cryo-EM.
著者: Satoshi Shibata / Hideyuki Matsunami / Shin-Ichi Aizawa / Matthias Wolf /
要旨: Bacterial locomotion by rotating flagella is achieved through the hook, which transmits torque from the motor to the filament. The hook is a tubular structure composed of a single type of protein, ...Bacterial locomotion by rotating flagella is achieved through the hook, which transmits torque from the motor to the filament. The hook is a tubular structure composed of a single type of protein, yet it adopts a curved shape. To perform its function, it must be simultaneously flexible and torsionally rigid. The molecular mechanism by which chemically identical subunits form such a dynamic structure is unknown. Here, we show the complete structure of the hook from Salmonella enterica in its supercoiled 'curved' state, at 2.9 Å resolution. Subunits in the curved hook are grouped into 11 distinctive conformations, each shared along 11 protofilaments. The domains of the elongated hook subunit behave as rigid bodies connected by two hinge regions. The reconstituted model demonstrates how identical subunits can dynamically change conformation by physical interactions while bending. These multiple subunit states contradict the two-state model, which is a key feature of flagellar polymorphism.
履歴
登録2019年5月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9909
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9909
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: Flagellar hook protein FlgE
AB: Flagellar hook protein FlgE
AC: Flagellar hook protein FlgE
AD: Flagellar hook protein FlgE
AE: Flagellar hook protein FlgE
AF: Flagellar hook protein FlgE
AG: Flagellar hook protein FlgE
AH: Flagellar hook protein FlgE
AI: Flagellar hook protein FlgE
AJ: Flagellar hook protein FlgE
AK: Flagellar hook protein FlgE
BA: Flagellar hook protein FlgE
BB: Flagellar hook protein FlgE
BC: Flagellar hook protein FlgE
BD: Flagellar hook protein FlgE
BE: Flagellar hook protein FlgE
BF: Flagellar hook protein FlgE
BG: Flagellar hook protein FlgE
BH: Flagellar hook protein FlgE
BI: Flagellar hook protein FlgE
BJ: Flagellar hook protein FlgE
BK: Flagellar hook protein FlgE
CA: Flagellar hook protein FlgE
CB: Flagellar hook protein FlgE
CC: Flagellar hook protein FlgE
CD: Flagellar hook protein FlgE
CE: Flagellar hook protein FlgE
CF: Flagellar hook protein FlgE
CG: Flagellar hook protein FlgE
CH: Flagellar hook protein FlgE
CI: Flagellar hook protein FlgE
CJ: Flagellar hook protein FlgE
CK: Flagellar hook protein FlgE
DA: Flagellar hook protein FlgE
DB: Flagellar hook protein FlgE
DC: Flagellar hook protein FlgE
DD: Flagellar hook protein FlgE
DE: Flagellar hook protein FlgE
DF: Flagellar hook protein FlgE
DG: Flagellar hook protein FlgE
DH: Flagellar hook protein FlgE
DI: Flagellar hook protein FlgE
DJ: Flagellar hook protein FlgE
DK: Flagellar hook protein FlgE
EA: Flagellar hook protein FlgE
EB: Flagellar hook protein FlgE
EC: Flagellar hook protein FlgE
ED: Flagellar hook protein FlgE
EE: Flagellar hook protein FlgE
EF: Flagellar hook protein FlgE
EG: Flagellar hook protein FlgE
EH: Flagellar hook protein FlgE
EI: Flagellar hook protein FlgE
EJ: Flagellar hook protein FlgE
EK: Flagellar hook protein FlgE
FA: Flagellar hook protein FlgE
FB: Flagellar hook protein FlgE
FC: Flagellar hook protein FlgE
FD: Flagellar hook protein FlgE
FE: Flagellar hook protein FlgE
FF: Flagellar hook protein FlgE
FG: Flagellar hook protein FlgE
FH: Flagellar hook protein FlgE
FI: Flagellar hook protein FlgE
FJ: Flagellar hook protein FlgE
FK: Flagellar hook protein FlgE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,778,72966
ポリマ－2,778,72966
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Flagellar hook protein FlgE


分子量: 42101.957 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 参照: UniProt: P0A1J1

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Bacterial flagellar polyhook / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 2.8 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
緩衝液pH: 3.5
緩衝液成分濃度: 50 mM / 名称: Glycine / 式: C2H5NO2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 289 K / 詳細: 3 second blot, 4.0uL

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: nanoprobe, parallel beam illumination
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 倍率（補正後）: 107914 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 5130 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 430 nm / Calibrated defocus min: 430 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 5130 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 100 K / 最低温度: 77 K
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 89 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2655 / 詳細: frame alignment and dose weighting using motioncor2
画像スキャンサンプリングサイズ: 15 µm / 横: 4000 / 縦: 4000

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7Coot0.8.9モデルフィッティング
9PHENIX1.14-3260モデル精密化phenix.real_space_refine
10cisTEM1.0.1-beta初期オイラー角割当
11cisTEM1.0.1-beta最終オイラー角割当
12cisTEM1.0.1-beta分類
13cisTEM1.0.1-beta３次元再構成
画像処理詳細: frame alignment and integration with motioncor2 incl. dose weighting
CTF補正詳細: deconvolution in cisTEM / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 998061
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 234536 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: CC
原子モデル構築PDB-ID: 1WLG

1wlg


PDB chain-ID: A / Accession code: 1WLG / Pdb chain residue range: 70-359 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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