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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6id0 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a human intron lariat spliceosome prior to Prp43 loaded (ILS1 complex) at 2.9 angstrom resolution | |||||||||
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![]() | SPLICING / Human Intron Lariat Spliceosome | |||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / post-mRNA release spliceosomal complex / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / 3'-5' RNA helicase activity / U7 snRNP / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / histone pre-mRNA 3'end processing complex / alternative mRNA splicing, via spliceosome ...regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / post-mRNA release spliceosomal complex / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / 3'-5' RNA helicase activity / U7 snRNP / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / histone pre-mRNA 3'end processing complex / alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / nuclear retinoic acid receptor binding / embryonic brain development / oocyte development / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / poly(A) binding / 7-methylguanosine cap hypermethylation / RNA splicing, via transesterification reactions / U1 snRNP binding / mRNA 3'-end processing / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / methylosome / pICln-Sm protein complex / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pre-mRNA binding / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / P granule / host-mediated activation of viral transcription / spliceosomal tri-snRNP complex / U2-type precatalytic spliceosome / telomerase RNA binding / U2-type spliceosomal complex / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / telomerase holoenzyme complex / commitment complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / nuclear vitamin D receptor binding / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Notch binding / positive regulation of neurogenesis / RUNX3 regulates NOTCH signaling / U2-type catalytic step 2 spliceosome / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / U4 snRNP / U2 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / U1 snRNP / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / protein peptidyl-prolyl isomerization / U2-type prespliceosome / WD40-repeat domain binding / inner cell mass cell proliferation / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / nuclear androgen receptor binding / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / precatalytic spliceosome / cyclosporin A binding / lipid biosynthetic process / Notch-HLH transcription pathway / Formation of paraxial mesoderm / SMAD binding / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / spliceosomal complex assembly / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / mRNA Splicing - Minor Pathway / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / Prp19 complex / blastocyst development / protein K63-linked ubiquitination / U5 snRNA binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / U5 snRNP / protein localization to nucleus / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / embryonic organ development / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / spliceosomal snRNP assembly / RNA processing / positive regulation of viral genome replication / Cajal body / U1 snRNA binding / proteasomal protein catabolic process / transcription-coupled nucleotide-excision repair / retinoic acid receptor signaling pathway / ovarian follicle development / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / spindle assembly / gastrulation 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
![]() | Zhang, X. / Zhan, X. / Yan, C. / Shi, Y. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of the human spliceosomes before and after release of the ligated exon. 著者: Xiaofeng Zhang / Xiechao Zhan / Chuangye Yan / Wenyu Zhang / Dongliang Liu / Jianlin Lei / Yigong Shi / ![]() 要旨: Pre-mRNA splicing is executed by the spliceosome, which has eight major functional states each with distinct composition. Five of these eight human spliceosomal complexes, all preceding exon ...Pre-mRNA splicing is executed by the spliceosome, which has eight major functional states each with distinct composition. Five of these eight human spliceosomal complexes, all preceding exon ligation, have been structurally characterized. In this study, we report the cryo-electron microscopy structures of the human post-catalytic spliceosome (P complex) and intron lariat spliceosome (ILS) at average resolutions of 3.0 and 2.9 Å, respectively. In the P complex, the ligated exon remains anchored to loop I of U5 small nuclear RNA, and the 3'-splice site is recognized by the junction between the 5'-splice site and the branch point sequence. The ATPase/helicase Prp22, along with the ligated exon and eight other proteins, are dissociated in the P-to-ILS transition. Intriguingly, the ILS complex exists in two distinct conformations, one with the ATPase/helicase Prp43 and one without. Comparison of these three late-stage human spliceosomes reveals mechanistic insights into exon release and spliceosome disassembly. | |||||||||
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 12種, 13分子 ACEJLNPRTUbiQ
#1: タンパク質 | 分子量: 273974.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||
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#3: タンパク質 | 分子量: 109560.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||
#4: タンパク質 | 分子量: 39359.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||
#6: タンパク質 | 分子量: 100610.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||
#7: タンパク質 | 分子量: 92406.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||
#9: タンパク質 | 分子量: 17032.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||
#11: タンパク質 | 分子量: 26674.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||
#12: タンパク質 | 分子量: 61770.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||
#14: タンパク質 | 分子量: 57280.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||
#18: タンパク質 | 分子量: 103976.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||
#21: タンパク質 | 分子量: 23686.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #31: タンパク質 | | 分子量: 171502.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-RNA鎖 , 4種, 4分子 BFGH
#2: RNA鎖 | 分子量: 37254.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#5: RNA鎖 | 分子量: 34404.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#16: RNA鎖 | 分子量: 87186.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#17: RNA鎖 | 分子量: 60186.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-Pre-mRNA-splicing factor ... , 4種, 4分子 MOIK
#8: タンパク質 | 分子量: 28780.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#10: タンパク質 | 分子量: 46959.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#19: タンパク質 | 分子量: 100148.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#28: タンパク質 | 分子量: 26163.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-Peptidyl-prolyl cis-trans ... , 2種, 2分子 Sy
#13: タンパク質 | 分子量: 18257.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#32: タンパク質 | 分子量: 33475.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-Pre-mRNA-processing factor ... , 2種, 5分子 Wqrst
#15: タンパク質 | 分子量: 65612.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#27: タンパク質 | 分子量: 55245.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 12分子 ahcjdkfmelgn
#20: タンパク質 | 分子量: 13940.308 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #22: タンパク質 | 分子量: 13310.653 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #23: タンパク質 | 分子量: 13551.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #24: タンパク質 | 分子量: 9734.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #25: タンパク質 | 分子量: 10817.601 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #26: タンパク質 | 分子量: 8508.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 op
#29: タンパク質 | 分子量: 28456.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#30: タンパク質 | 分子量: 25524.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-非ポリマー , 4種, 16分子 






#33: 化合物 | ChemComp-IHP / | ||
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#34: 化合物 | ChemComp-GTP / | ||
#35: 化合物 | ChemComp-MG / #36: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Human Intron Lariat Spliceosome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#32 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 390072 / 対称性のタイプ: POINT |
精密化 | 最高解像度: 2.9 Å |