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- PDB-6hma: Improved model derived from cryo-EM map of Staphylococcus aureus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hma
タイトルImproved model derived from cryo-EM map of Staphylococcus aureus large ribosomal subunit
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 27
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
キーワードRIBOSOME / ribosomal RNA / pathogen / ribosomal protein / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding ...large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
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類似検索 - ドメイン・相同性
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類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Eyal, Z. / Cimicata, G. / Matzov, D. / Fox, T. / de Val, N. / Zimmerman, E. / Bashan, A. / Yonath, A.
引用
ジャーナル: mBio / 年: 2022
タイトル: Structural Studies Reveal the Role of Helix 68 in the Elongation Step of Protein Biosynthesis.
著者: Giuseppe Cimicata / Gil Fridkin / Tanaya Bose / Zohar Eyal / Yehuda Halfon / Elinor Breiner-Goldstein / Tara Fox / Ella Zimmerman / Anat Bashan / Natalia de Val / Alexander Wlodawer / Ada Yonath /
要旨: The ribosome, a multicomponent assembly consisting of RNA and proteins, is a pivotal macromolecular machine that translates the genetic code into proteins. The large ribosomal subunit rRNA helix 68 ...The ribosome, a multicomponent assembly consisting of RNA and proteins, is a pivotal macromolecular machine that translates the genetic code into proteins. The large ribosomal subunit rRNA helix 68 (H68) is a key element in the protein synthesis process, as it coordinates the coupled movements of the actors involved in translocation, including the tRNAs and L1 stalk. Examination of cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of ribosomes incubated for various time durations at physiological temperatures led to the identification of functionally relevant H68 movements. These movements assist the transition of the L1 stalk between its open and closed states. H68 spatial flexibility and its significance to the protein synthesis process were confirmed through its effective targeting with antisense PNA oligomers. Our results suggest that H68 is actively involved in ribosome movements that are central to the elongation process. The mechanism that regulates the translocation step in ribosomes during protein synthesis is not fully understood. In this work, cryo-EM techniques used to image ribosomes from Staphylococcus aureus after incubation at physiological temperature allowed the identification of a conformation of the helix 68 that has never been observed so far. We then propose a mechanism in which such helix, switching between two different conformations, actively coordinates the translocation step, shedding light on the dynamics of ribosomal components. In addition, the relevance of helix 68 to ribosome function and its potential as an antibiotic target was proved by inhibiting Staphylococcus aureus ribosomes activity using oligomers with sequence complementarity.
#1: ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2015
タイトル: Structural insights into species-specific features of the ribosome from the pathogen Staphylococcus aureus.
著者: Zohar Eyal / Donna Matzov / Miri Krupkin / Itai Wekselman / Susanne Paukner / Ella Zimmerman / Haim Rozenberg / Anat Bashan / Ada Yonath /
要旨: The emergence of bacterial multidrug resistance to antibiotics threatens to cause regression to the preantibiotic era. Here we present the crystal structure of the large ribosomal subunit from ...The emergence of bacterial multidrug resistance to antibiotics threatens to cause regression to the preantibiotic era. Here we present the crystal structure of the large ribosomal subunit from Staphylococcus aureus, a versatile Gram-positive aggressive pathogen, and its complexes with the known antibiotics linezolid and telithromycin, as well as with a new, highly potent pleuromutilin derivative, BC-3205. These crystal structures shed light on specific structural motifs of the S. aureus ribosome and the binding modes of the aforementioned antibiotics. Moreover, by analyzing the ribosome structure and comparing it with those of nonpathogenic bacterial models, we identified some unique internal and peripheral structural motifs that may be potential candidates for improving known antibiotics and for use in the design of selective antibiotic drugs against S. aureus.
履歴
登録2018年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年11月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年11月14日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年11月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年11月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年11月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年11月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年11月14日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年11月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年11月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年11月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年11月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02018年11月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年11月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年11月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年11月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update
改定 1.32025年3月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order / _em_admin.last_update
改定 1.12025年3月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update
改定 1.42025年10月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0243
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 23S ribosomal RNA
B: 5S ribosomal RNA
C: 50S ribosomal protein L2
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
F: 50S ribosomal protein L5
G: 50S ribosomal protein L6
H: 50S ribosomal protein L13
I: 50S ribosomal protein L14
J: 50S ribosomal protein L15
K: 50S ribosomal protein L16
L: 50S ribosomal protein L17
M: 50S ribosomal protein L18
N: 50S ribosomal protein L19
O: 50S ribosomal protein L20
P: 50S ribosomal protein L21
Q: 50S ribosomal protein L22
R: 50S ribosomal protein L23
S: 50S ribosomal protein L24
T: 50S ribosomal protein L25
U: 50S ribosomal protein L27
V: 50S ribosomal protein L28
W: 50S ribosomal protein L29
X: 50S ribosomal protein L30
Z: 50S ribosomal protein L32
1: 50S ribosomal protein L33
2: 50S ribosomal protein L34
3: 50S ribosomal protein L35
4: 50S ribosomal protein L36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,328,827266
ポリマ－1,323,06729
非ポリマー5,760237
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 946738.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: GenBank: 1418434134
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 36974.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: GenBank: 1434110260

+
50S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXZ1234

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 29827.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2YYP9, UniProt: P60430*PLUS
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 23199.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2YYP6, UniProt: Q2FW06*PLUS
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22364.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2YYP7, UniProt: Q2FW07*PLUS
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 17651.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A2S6D0C0, UniProt: Q2FW18*PLUS
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19501.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2YYL2, UniProt: Q2FW21*PLUS
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16359.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2YYM8, UniProt: Q2FW38*PLUS
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13157.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2YYK7, UniProt: Q2FW16*PLUS
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15628.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2YYL6, UniProt: P0A0F8*PLUS
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15599.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2YYQ3, UniProt: Q2FW13*PLUS
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13583.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2YYM3, UniProt: Q2FW33*PLUS
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 13124.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: W8TRE0, UniProt: Q2FW22*PLUS
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13392.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2YXM4, UniProt: Q2FZ42*PLUS
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13459.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2YTB1, UniProt: Q2FXQ1*PLUS
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11354.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2YT83, UniProt: Q2FXS8*PLUS
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12328.358 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2YYQ1, UniProt: Q2FW11*PLUS
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10380.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2YYP8, UniProt: Q2FW08*PLUS
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11316.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2YYK8, UniProt: Q2FW17*PLUS
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 10462.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A133Q8Z9, UniProt: Q2FJE0*PLUS
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 8595.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2YT85, UniProt: Q2FXT0*PLUS
#22: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L28


分子量: 5499.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2YXJ2, UniProt: Q2FZ60*PLUS
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7845.942 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2YYN0, UniProt: Q2FW14*PLUS
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6434.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2YYL5, UniProt: P0A0G2*PLUS
#25: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L32


分子量: 5569.565 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A1Q8DAT0, UniProt: Q2FZF1*PLUS
#26: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33


分子量: 5684.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077V2P0, UniProt: Q2FYU6*PLUS
#27: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5252.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2YZB6, UniProt: Q2FUQ0*PLUS
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7461.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2YTB0, UniProt: Q2FXQ0*PLUS
#29: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4318.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077UGV8, UniProt: Q2FW29*PLUS

-
非ポリマー , 1種, 237分子

#30: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Staphylococcus aureus large ribosomal subunit / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#29 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
緩衝液pH: 7.6
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 211046 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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