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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gyo | |||||||||
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タイトル | Structure of human HCN4 hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated ion channel in complex with cAMP | |||||||||
要素 | Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4 | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / ION CHANNEL / PACEMAKER CURRENT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 voltage-gated potassium channel activity involved in SA node cell action potential depolarization / sinoatrial node development / HCN channels / regulation of cardiac muscle cell action potential involved in regulation of contraction / SA node cell action potential / HCN channel complex / membrane depolarization during SA node cell action potential / cellular response to cGMP / regulation of membrane depolarization / intracellularly cAMP-activated cation channel activity ...voltage-gated potassium channel activity involved in SA node cell action potential depolarization / sinoatrial node development / HCN channels / regulation of cardiac muscle cell action potential involved in regulation of contraction / SA node cell action potential / HCN channel complex / membrane depolarization during SA node cell action potential / cellular response to cGMP / regulation of membrane depolarization / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / sodium ion import across plasma membrane / blood circulation / voltage-gated sodium channel activity / regulation of heart rate by cardiac conduction / voltage-gated potassium channel activity / potassium ion import across plasma membrane / monoatomic cation transport / regulation of cardiac muscle contraction / sodium ion transmembrane transport / muscle contraction / cAMP binding / cellular response to cAMP / potassium ion transmembrane transport / regulation of heart rate / regulation of membrane potential / axon / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Shintre, C.A. / Pike, A.C.W. / Tessitore, A. / Young, M. / Bushell, S.R. / Strain-Damerell, C. / Mukhopadhyay, S. / Burgess-Brown, N.A. / Huiskonen, J.T. / Arrowsmith, C.H. ...Shintre, C.A. / Pike, A.C.W. / Tessitore, A. / Young, M. / Bushell, S.R. / Strain-Damerell, C. / Mukhopadhyay, S. / Burgess-Brown, N.A. / Huiskonen, J.T. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Carpenter, E.P. / Structural Genomics Consortium (SGC) | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of human HCN4 hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated ion channel 著者: Shintre, C.A. / Pike, A.C.W. / Tessitore, A. / Young, M. / Bushell, S.R. / Strain-Damerell, C. / Mukhopadhyay, S. / Burgess-Brown, N.A. / Huiskonen, J.T. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / ...著者: Shintre, C.A. / Pike, A.C.W. / Tessitore, A. / Young, M. / Bushell, S.R. / Strain-Damerell, C. / Mukhopadhyay, S. / Burgess-Brown, N.A. / Huiskonen, J.T. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Carpenter, E.P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6gyo.cif.gz | 395.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6gyo.ent.gz | 322.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6gyo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6gyo_validation.pdf.gz | 2.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6gyo_full_validation.pdf.gz | 3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6gyo_validation.xml.gz | 69.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6gyo_validation.cif.gz | 100.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/6gyo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/6gyo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 60836.754 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HCN4 / プラスミド: pFB-LIC-Bse 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9Y3Q4 |
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-非ポリマー , 5種, 48分子
#2: 化合物 | ChemComp-CMP / #3: 化合物 | ChemComp-PC1 / #4: 化合物 | ChemComp-PIE / #5: 化合物 | ChemComp-3PE / #6: 化合物 | ChemComp-UNX / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Potassium/Sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated ion channel 4 タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K / 詳細: blotted for 5.5s before plunge |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: EBIC TITAN KRIOS M07 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 37313 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 16 sec. / 電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2338 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 48 / 利用したフレーム数/画像: 1-48 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Images were motioncorrected and dose-weighted with MOTIONCOR2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 234908 詳細: Autopicking with templates derived from manually picked particles | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 55829 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL 詳細: Initial model was from ligand-free HCN4. Model refined against the cryosparc b-factor sharpened map using default restraints |