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- PDB-6gcs: Cryo-EM structure of respiratory complex I from Yarrowia lipolytica -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gcs
タイトルCryo-EM structure of respiratory complex I from Yarrowia lipolytica
要素
  • 24-KDA SUBUNIT (NUHM)
  • 30-KDA PROTEIN (NUGM)
  • 49-KDA PROTEIN (NUCM)
  • 51-KDA PROTEIN (NUBM)
  • 75-KDA PROTEIN (NUAM)
  • ACPM1 SUBUNIT
  • ACPM2 SUBUNIT
  • N7BM SUBUNIT
  • NB2M SUBUNIT
  • NB4M SUBUNIT
  • NB5M SUBUNIT
  • NB6M SUBUNIT
  • NB8M SUBUNIT
  • ND1 SUBUNIT (NU1M)
  • ND2 SUBUNIT (NU2M)
  • ND3 SUBUNIT (NU3M)
  • ND4 SUBUNIT (NU4M)
  • ND4L SUBUNIT (NULM)
  • ND5 SUBUNIT (NU5M)
  • ND6 SUBUNIT (NU6M)
  • NEBM SUBUNIT
  • NESM SUBUNIT
  • NI2M SUBUNIT
  • NI8M SUBUNIT
  • NI9M SUBUNIT
  • NIAM SUBUNIT
  • NIDM SUBUNIT
  • NIMM SUBUNIT
  • NIPM SUBUNIT
  • NUEM SUBUNIT
  • NUFM SUBUNIT
  • NUJM SUBUNIT
  • NUMM SUBUNIT
  • NUNM SUBUNIT
  • NUPM SUBUNIT
  • NUUM SUBUNIT
  • NUXM SUBUNIT
  • NUYM SUBUNIT
  • NUZM SUBUNIT
  • PSST SUBUNIT (NUKM)
  • TYKY SUBUNIT (NUIM)
  • UNKNOWN SUBUNIT
キーワードOXIDOREDUCTASE / Complex I / NADH dehydrogenase / Mitochondrion Proton pumping / Ubiquinone
機能・相同性
機能・相同性情報


lipoate biosynthetic process / NADH dehydrogenase / TIM23 mitochondrial import inner membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / ubiquinone biosynthetic process / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / iron-sulfur cluster assembly / acyl binding / ubiquinone binding ...lipoate biosynthetic process / NADH dehydrogenase / TIM23 mitochondrial import inner membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / ubiquinone biosynthetic process / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / iron-sulfur cluster assembly / acyl binding / ubiquinone binding / acyl carrier activity / electron transport coupled proton transport / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / NADH dehydrogenase activity / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / electron transport chain / mitochondrial membrane / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / protein-containing complex binding / mitochondrion / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, C-terminal, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.5kDa subunit / C-terminal of NADH-ubiquinone oxidoreductase 21 kDa subunit / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / SLBB domain / Complex1_LYR-like / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 ...NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, C-terminal, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.5kDa subunit / C-terminal of NADH-ubiquinone oxidoreductase 21 kDa subunit / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / SLBB domain / Complex1_LYR-like / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase NDSU1/NuoG-like, 4Fe-4S domain / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / GRIM-19 / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NDUFB9, LYR domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / ETC complex I subunit conserved region / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / : / SLBB domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / : / : / NADH-quinone oxidoreductase subunit 3, ferredoxin-like domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / NADH dehydrogenase, subunit C / Complex 1 LYR protein domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / Complex 1 protein (LYR family) / NADH:ubiquinone oxidoreductase / : / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, TM / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NuoE domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-NDP / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-ZMP / Complex 1 LYR protein domain-containing protein / Uncharacterized protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-NDP / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-ZMP / Complex 1 LYR protein domain-containing protein / Uncharacterized protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / Acyl carrier protein / Uncharacterized protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit-domain-containing protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / Thioredoxin-like protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / Acyl carrier protein / Zinc finger CHCC-type domain-containing protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / YALI0D10274p / YALI0E23749p / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / YALI0A17946p / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / YALI0E28424p / YALI0E23089p / YALI0E11891p / Acyl carrier protein / YALI0D24585p / YALI0D19030p / Acyl carrier protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / YALI0C03201p / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit N7BM / NADH-ubiquinone oxidoreductase / YALI0A01419p / NUVM protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / Subunit NUKM of protein NADH:Ubiquinone oxidoreductase / Subunit NUIM of protein NADH:Ubiquinone oxidoreductase / Subunit NUHM of protein NADH:Ubiquinone oxidoreductase / NUGM protein / NUCM protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NUAM protein
類似検索 - 構成要素
生物種Yarrowia lipolytica (酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.32 Å
データ登録者Parey, K. / Vonck, J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationEXC 115 ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of respiratory complex I at work.
著者: Kristian Parey / Ulrich Brandt / Hao Xie / Deryck J Mills / Karin Siegmund / Janet Vonck / Werner Kühlbrandt / Volker Zickermann /
要旨: Mitochondrial complex I has a key role in cellular energy metabolism, generating a major portion of the proton motive force that drives aerobic ATP synthesis. The hydrophilic arm of the L-shaped ~1 ...Mitochondrial complex I has a key role in cellular energy metabolism, generating a major portion of the proton motive force that drives aerobic ATP synthesis. The hydrophilic arm of the L-shaped ~1 MDa membrane protein complex transfers electrons from NADH to ubiquinone, providing the energy to drive proton pumping at distant sites in the membrane arm. The critical steps of energy conversion are associated with the redox chemistry of ubiquinone. We report the cryo-EM structure of complete mitochondrial complex I from the aerobic yeast both in the deactive form and after capturing the enzyme during steady-state activity. The site of ubiquinone binding observed during turnover supports a two-state stabilization change mechanism for complex I.
履歴
登録2018年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / entity ...em_admin / entity / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info / struct
Item: _em_admin.last_update / _em_admin.title ..._em_admin.last_update / _em_admin.title / _entity.formula_weight / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct.title
改定 1.22019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.32021年6月2日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id ..._struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4384
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 75-KDA PROTEIN (NUAM)
B: 51-KDA PROTEIN (NUBM)
C: 49-KDA PROTEIN (NUCM)
D: NIMM SUBUNIT
E: NUEM SUBUNIT
F: NUFM SUBUNIT
G: 30-KDA PROTEIN (NUGM)
H: 24-KDA SUBUNIT (NUHM)
I: TYKY SUBUNIT (NUIM)
J: NUJM SUBUNIT
K: PSST SUBUNIT (NUKM)
L: ND4L SUBUNIT (NULM)
M: NUMM SUBUNIT
O: ACPM1 SUBUNIT
P: NB4M SUBUNIT
Q: ACPM2 SUBUNIT
R: NI2M SUBUNIT
S: NESM SUBUNIT
U: NUPM SUBUNIT
W: NB6M SUBUNIT
X: NUXM SUBUNIT
Y: NUYM SUBUNIT
Z: NUZM SUBUNIT
a: NIAM SUBUNIT
b: NEBM SUBUNIT
c: NB2M SUBUNIT
d: NIDM SUBUNIT
e: NUUM SUBUNIT
f: NI8M SUBUNIT
g: NI9M SUBUNIT
h: N7BM SUBUNIT
i: UNKNOWN SUBUNIT
j: NB5M SUBUNIT
n: NUNM SUBUNIT
1: ND1 SUBUNIT (NU1M)
2: ND2 SUBUNIT (NU2M)
3: ND3 SUBUNIT (NU3M)
4: ND4 SUBUNIT (NU4M)
5: ND5 SUBUNIT (NU5M)
6: ND6 SUBUNIT (NU6M)
8: NB8M SUBUNIT
9: NIPM SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)935,29758
ポリマ－927,29242
非ポリマー8,00616
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

+
タンパク質 , 41種, 41分子 ABCDEFGHIJKLMOPQRSUWXYZabcdfgh...

#1: タンパク質 75-KDA PROTEIN (NUAM)


分子量: 79088.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q9UUU3, NADH dehydrogenase
#2: タンパク質 51-KDA PROTEIN (NUBM)


分子量: 53829.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9UUU2, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase
#3: タンパク質 49-KDA PROTEIN (NUCM)


分子量: 52494.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q9UUU1, NADH dehydrogenase
#4: タンパク質 NIMM SUBUNIT


分子量: 9806.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NC63, UniProt: B5FVD3*PLUS
#5: タンパク質 NUEM SUBUNIT


分子量: 42765.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q6C7X4
#6: タンパク質 NUFM SUBUNIT


分子量: 16657.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q6C4W9
#7: タンパク質 30-KDA PROTEIN (NUGM)


分子量: 32389.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q9UUU0, NADH dehydrogenase
#8: タンパク質 24-KDA SUBUNIT (NUHM)


分子量: 27247.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q9UUT9, NADH dehydrogenase
#9: タンパク質 TYKY SUBUNIT (NUIM)


分子量: 25682.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q9UUT8, NADH dehydrogenase
#10: タンパク質 NUJM SUBUNIT


分子量: 20849.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q6C674
#11: タンパク質 PSST SUBUNIT (NUKM)


分子量: 23455.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q9UUT7, NADH dehydrogenase
#12: タンパク質 ND4L SUBUNIT (NULM)


分子量: 9482.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9B6D4, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#13: タンパク質 NUMM SUBUNIT


分子量: 15148.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1H6Q8Z5, UniProt: Q6C8J9*PLUS
#14: タンパク質 ACPM1 SUBUNIT


分子量: 12053.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1H6PXT9, UniProt: Q6C926*PLUS
#15: タンパク質 NB4M SUBUNIT


分子量: 14778.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8N3C8, UniProt: Q6CI60*PLUS
#16: タンパク質 ACPM2 SUBUNIT


分子量: 14444.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NG21, UniProt: Q6C7X2*PLUS
#17: タンパク質 NI2M SUBUNIT


分子量: 12902.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NDL1, UniProt: Q6C9Z1*PLUS
#18: タンパク質 NESM SUBUNIT


分子量: 13549.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Polyalanine / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#19: タンパク質 NUPM SUBUNIT


分子量: 19355.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q6CGB4
#20: タンパク質 NB6M SUBUNIT


分子量: 14112.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1H6PPE5, UniProt: B5FVF8*PLUS
#21: タンパク質 NUXM SUBUNIT


分子量: 18588.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NKB4, UniProt: Q6C4A6*PLUS
#22: タンパク質 NUYM SUBUNIT


分子量: 18656.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8N7X0, UniProt: Q6CEK9*PLUS
#23: タンパク質 NUZM SUBUNIT


分子量: 11677.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Polyalanine / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#24: タンパク質 NIAM SUBUNIT


分子量: 8528.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Polyalanine / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#25: タンパク質 NEBM SUBUNIT


分子量: 5464.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Polyalanine / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#26: タンパク質 NB2M SUBUNIT


分子量: 6948.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: B5FVE5
#27: タンパク質 NIDM SUBUNIT


分子量: 11039.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8N596, UniProt: B5RSK3*PLUS
#29: タンパク質 NI8M SUBUNIT


分子量: 9621.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1H6PJS3, UniProt: Q6CD73*PLUS
#30: タンパク質 NI9M SUBUNIT


分子量: 7233.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NJR0, UniProt: B5FVF3*PLUS
#31: タンパク質 N7BM SUBUNIT


分子量: 16175.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q6CG53
#32: タンパク質 UNKNOWN SUBUNIT


分子量: 4528.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Unknown sequence Polyalanine / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#33: タンパク質 NB5M SUBUNIT


分子量: 10494.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q6ZY24, NADH dehydrogenase
#34: タンパク質 NUNM SUBUNIT


分子量: 7932.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#35: タンパク質 ND1 SUBUNIT (NU1M) / NADH dehydrogenase subunit 1


分子量: 38361.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9B6E8, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#36: タンパク質 ND2 SUBUNIT (NU2M) / NADH dehydrogenase subunit 2


分子量: 53353.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9B6C8, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#37: タンパク質 ND3 SUBUNIT (NU3M) / NADH dehydrogenase subunit 3


分子量: 14478.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9B6C7, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#38: タンパク質 ND4 SUBUNIT (NU4M) / NADH dehydrogenase subunit 4


分子量: 54506.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9B6D6, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#39: タンパク質 ND5 SUBUNIT (NU5M) / NADH dehydrogenase subunit 5


分子量: 73740.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9B6D3, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#40: タンパク質 ND6 SUBUNIT (NU6M) / NADH dehydrogenase subunit 6


分子量: 20765.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9B6E9, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#41: タンパク質 NB8M SUBUNIT


分子量: 11219.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1H6PKH9, UniProt: B5FVG1*PLUS
#42: タンパク質 NIPM SUBUNIT


分子量: 10035.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NNZ0, UniProt: B5RSL7*PLUS

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 e

#28: タンパク質・ペプチド NUUM SUBUNIT


分子量: 3847.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Polyalanine / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

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非ポリマー , 8種, 16分子

#43: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#44: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#45: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#46: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#47: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#48: 化合物 ChemComp-ZMP / S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate


分子量: 568.704 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49N2O8PS
#49: 化合物 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#50: 化合物 ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#42 / 由来: NATURAL
分子量値: 963.7 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
緩衝液pH: 7.2
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris1
2100 mMsodium clorideNaCl1
31 mMEDTA1
40.025 %DDM1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat-1/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 70 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: OTHER / 倍率（公称値）: 200000 X / 倍率（補正後）: 45872 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -3 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.5 nm / Cs: 2 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 60.5 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3110
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2Leginon1画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Coot0.8.8.モデルフィッティング
9RELION2.1初期オイラー角割当
10RELION2.1最終オイラー角割当
11RELION2.1分類
12RELION2.1３次元再構成
13PHENIX1.12_2829モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 271443
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 124626 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
精密化最高解像度: 4.32 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01356446
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.24376824
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.15233649
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0638984
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0089860

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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