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- PDB-6g90: Prespliceosome structure provides insight into spliceosome assemb... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g90
タイトルPrespliceosome structure provides insight into spliceosome assembly and regulation (map A2)
要素
  • (Pre-mRNA-splicing factor ...) x 5
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...) x 6
  • (U1 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 5
  • (U2 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component
  • Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1
  • Pre-mRNA-processing factor 39
  • Protein HSH49
  • Protein LUC7,Protein LUC7,Protein LUC7
  • Protein NAM8
  • RDS3 complex subunit 10
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
  • U1 snRNA,U1 snRNA,U1 snRNA,U1 snRNA,U1 snRNA
  • U2 snRNA
  • U2 snRNP component HSH155
  • Unknown
  • Yeast UBC4 pre-mRNA (mutant)
キーワードSPLICING / Spliceosome / A complex / RNA processing / RNA-protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of RNA binding / mRNA splice site recognition / splicing factor binding / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / poly(U) RNA binding ...positive regulation of RNA binding / mRNA splice site recognition / splicing factor binding / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / poly(U) RNA binding / U2-type spliceosomal complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U4 snRNP / U2 snRNP / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U1 snRNP / pre-mRNA 5'-splice site binding / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA 5'-splice site recognition / regulation of RNA splicing / U5 snRNP / U2 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / response to xenobiotic stimulus / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1320 / Surp module / Luc7-related / LUC7 N_terminus / Snu56-like U1 small nuclear ribonucleoprotein component / Snu56-like U1 small nuclear ribonucleoprotein component / Pre-mRNA-splicing factor Prp9, N-terminal / Pre-mRNA-splicing factor PRP9 N-terminus / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1320 / Surp module / Luc7-related / LUC7 N_terminus / Snu56-like U1 small nuclear ribonucleoprotein component / Snu56-like U1 small nuclear ribonucleoprotein component / Pre-mRNA-splicing factor Prp9, N-terminal / Pre-mRNA-splicing factor PRP9 N-terminus / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa MW N terminal / U1-C, C2H2-type zinc finger / U1 zinc finger / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / SF3A2 domain / Pre-mRNA-splicing factor SF3a complex subunit 2 (Prp11) / PWI domain / Splicing factor SF3a60 /Prp9 subunit, C-terminal / SF3A3 domain / SF3B4, RNA recognition motif 1 / SF3a60/Prp9 C-terminal / Pre-mRNA-splicing factor SF3A3, of SF3a complex, Prp9 / PWI, domain in splicing factors / Splicing factor 3A subunit 1 / Splicing factor 3A subunit 1, conserved domain / Pre-mRNA splicing factor PRP21 like protein / Domain of unknown function DUF382 / Domain of unknown function (DUF382) / SWAP/Surp / SWAP/Surp superfamily / Surp module / Zinc-finger of C2H2 type / SURP motif repeat profile. / Suppressor-of-White-APricot splicing regulator / PHF5-like / PHF5-like protein / PSP, proline-rich / PSP / proline-rich domain in spliceosome associated proteins / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / Splicing factor 3B subunit 1-like / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / Zinc-finger double-stranded RNA-binding / Zinc finger, double-stranded RNA binding / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / Leucine-rich repeat / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / SH3 type barrels. - #100 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / CPSF A subunit region / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / zinc finger / RRM (RNA recognition motif) domain / Zinc finger C2H2 superfamily / Leucine-rich repeat profile. / Zinc finger C2H2-type / Leucine-rich repeat / Helix non-globular / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Leucine-rich repeat domain superfamily / RNA-binding domain superfamily / Special / SH3 type barrels. / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Armadillo-type fold / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Roll / Alpha-Beta Plaits / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RDS3 complex subunit 10 / Pre-mRNA-splicing factor PRP9 / Pre-mRNA-splicing factor PRP21 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A / Pre-mRNA-processing factor 39 ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RDS3 complex subunit 10 / Pre-mRNA-splicing factor PRP9 / Pre-mRNA-splicing factor PRP21 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A / Pre-mRNA-processing factor 39 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Small nuclear ribonucleoprotein G / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / U2 snRNP component HSH155 / U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71 / Small nuclear ribonucleoprotein F / Protein NAM8 / U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1 / U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42 / 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component / Pre-mRNA-splicing factor RSE1 / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Pre-mRNA-splicing factor RDS3 / Pre-mRNA-splicing factor PRP11 / Protein LUC7 / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Small nuclear ribonucleoprotein E / Protein HSH49
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Plaschka, C. / Lin, P.-C. / Charenton, C. / Nagai, K.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105184330 英国
European Research Council693087 - SPLICE3D 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Prespliceosome structure provides insights into spliceosome assembly and regulation.
著者: Clemens Plaschka / Pei-Chun Lin / Clément Charenton / Kiyoshi Nagai /
要旨: The spliceosome catalyses the excision of introns from pre-mRNA in two steps, branching and exon ligation, and is assembled from five small nuclear ribonucleoprotein particles (snRNPs; U1, U2, U4, ...The spliceosome catalyses the excision of introns from pre-mRNA in two steps, branching and exon ligation, and is assembled from five small nuclear ribonucleoprotein particles (snRNPs; U1, U2, U4, U5, U6) and numerous non-snRNP factors. For branching, the intron 5' splice site and the branch point sequence are selected and brought by the U1 and U2 snRNPs into the prespliceosome, which is a focal point for regulation by alternative splicing factors. The U4/U6.U5 tri-snRNP subsequently joins the prespliceosome to form the complete pre-catalytic spliceosome. Recent studies have revealed the structural basis of the branching and exon-ligation reactions, however, the structural basis of the early events in spliceosome assembly remains poorly understood. Here we report the cryo-electron microscopy structure of the yeast Saccharomyces cerevisiae prespliceosome at near-atomic resolution. The structure reveals an induced stabilization of the 5' splice site in the U1 snRNP, and provides structural insights into the functions of the human alternative splicing factors LUC7-like (yeast Luc7) and TIA-1 (yeast Nam8), both of which have been linked to human disease. In the prespliceosome, the U1 snRNP associates with the U2 snRNP through a stable contact with the U2 3' domain and a transient yeast-specific contact with the U2 SF3b-containing 5' region, leaving its tri-snRNP-binding interface fully exposed. The results suggest mechanisms for 5' splice site transfer to the U6 ACAGAGA region within the assembled spliceosome and for its subsequent conversion to the activation-competent B-complex spliceosome. Taken together, the data provide a working model to investigate the early steps of spliceosome assembly.
履歴
登録2018年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4363
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4364
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4365
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: U1 snRNA,U1 snRNA,U1 snRNA,U1 snRNA,U1 snRNA
2: U2 snRNA
A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A,U1 small nuclear ribonucleoprotein A,U1 small nuclear ribonucleoprotein A,U1 small nuclear ribonucleoprotein A,U1 small nuclear ribonucleoprotein A
B: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog,U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog,U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog
C: U1 small nuclear ribonucleoprotein C
D: Pre-mRNA-processing factor 39
E: U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42
F: Protein NAM8
G: 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component
H: Protein LUC7,Protein LUC7,Protein LUC7
I: Yeast UBC4 pre-mRNA (mutant)
J: U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71
O: U2 snRNP component HSH155
P: Pre-mRNA-splicing factor RSE1
Q: Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1
R: Protein HSH49
S: Pre-mRNA-splicing factor RDS3
T: Pre-mRNA-splicing factor PRP9
U: Pre-mRNA-splicing factor PRP11,Pre-mRNA-splicing factor PRP11,Pre-mRNA-splicing factor PRP11
V: Pre-mRNA-splicing factor PRP21
W: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
X: Unknown
Y: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''
Z: RDS3 complex subunit 10
b: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
d: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
e: Small nuclear ribonucleoprotein E
f: Small nuclear ribonucleoprotein F
g: Small nuclear ribonucleoprotein G
h: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
i: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
s: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
t: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
u: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
v: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
w: Small nuclear ribonucleoprotein E
x: Small nuclear ribonucleoprotein F
y: Small nuclear ribonucleoprotein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,346,39147
ポリマ－1,345,80338
非ポリマー5899
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 12I

#1: RNA鎖 U1 snRNA,U1 snRNA,U1 snRNA,U1 snRNA,U1 snRNA


分子量: 126116.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1039023797
#2: RNA鎖 U2 snRNA


分子量: 45762.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 536627
#11: RNA鎖 Yeast UBC4 pre-mRNA (mutant)


分子量: 12045.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
U1 small nuclear ribonucleoprotein ... , 5種, 5分子 ABCEJ

#3: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein A,U1 small nuclear ribonucleoprotein A,U1 small nuclear ribonucleoprotein A,U1 small nuclear ribonucleoprotein A,U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1A / Mutant U1 die protein 1


分子量: 33754.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32605
#4: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog,U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog,U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog / U1-70K / U1 small nuclear ribonucleoprotein SNP1 / U1 snRNP protein SNP1 / U1-70K / U1 small ...U1-70K / U1 small nuclear ribonucleoprotein SNP1 / U1 snRNP protein SNP1 / U1-70K / U1 small nuclear ribonucleoprotein SNP1 / U1 snRNP protein SNP1 / / U1-70K / U1 small nuclear ribonucleoprotein SNP1 / U1 snRNP protein SNP1


分子量: 33445.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q00916
#5: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein C / U1C


分子量: 27106.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q05900
#7: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42 / U1 snRNP protein PRP42 / 65 kDa snRNP protein / Pre-mRNA-processing factor 42


分子量: 65222.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03776
#12: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71


分子量: 71484.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53207

-
タンパク質 , 10種, 11分子 DFGHOQRXZbs

#6: タンパク質 Pre-mRNA-processing factor 39


分子量: 74834.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P39682
#8: タンパク質 Protein NAM8


分子量: 57010.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q00539
#9: タンパク質 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component


分子量: 56575.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03782
#10: タンパク質 Protein LUC7,Protein LUC7,Protein LUC7


分子量: 28504.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q07508
#13: タンパク質 U2 snRNP component HSH155


分子量: 110166.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49955
#15: タンパク質 Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1


分子量: 50210.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02554
#16: タンパク質 Protein HSH49


分子量: 24534.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q99181
#22: タンパク質 Unknown


分子量: 4358.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#24: タンパク質 RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3b subunit


分子量: 10045.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C074
#25: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / snRNP-B / Sm protein B / SmB


分子量: 22426.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40018

-
Pre-mRNA-splicing factor ... , 5種, 5分子 PSTUV

#14: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor RSE1 / RNA splicing and ER to Golgi transport factor 1 / Spliceosome-associated protein 130


分子量: 153956.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q04693
#17: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor RDS3 / Regulator of drug sensitivity 3


分子量: 12283.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q06835
#18: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor PRP9


分子量: 63126.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P19736
#19: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor PRP11,Pre-mRNA-splicing factor PRP11,Pre-mRNA-splicing factor PRP11


分子量: 29292.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q07350
#20: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor PRP21


分子量: 33111.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32524

-
U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 WY

#21: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / U2 snRNP A' / Looks exceptionally like U2A protein 1


分子量: 27232.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q08963
#23: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 snRNP B''


分子量: 12850.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40567

-
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 12分子 dvewfxgyhtiu

#26: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 11240.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P43321
#27: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / SmE


分子量: 10385.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12330
#28: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / SmF


分子量: 9669.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P54999
#29: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / SmG


分子量: 8490.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40204
#30: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / snRNP core protein D1


分子量: 16296.798 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02260
#31: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2


分子量: 12876.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q06217

-
非ポリマー , 1種, 9分子

#32: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Prespliceosome A complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#31 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.8 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.9
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES pH 7.9HEPES1
250 mMKCl1
31 %Glycerol1
42 mMMgCl21
50.001 %NP-401
61 mMDTT1
試料濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %
詳細: Grids were blotted for 2-3.5 s and vitrified by plunging into liquid ethane with a FEI Vitrobot Mark III operated at 4 degree Celsius and 100% humidity.

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 43 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 9407
画像スキャン動画フレーム数/画像: 20

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
10RELION2.1最終オイラー角割当
12RELION2.1３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 153556 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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