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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fq6 | ||||||
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タイトル | Class 2 : distorted nucleosome | ||||||
要素 |
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キーワード | GENE REGULATION / nucleosome / cryo EM / nucleosome sliding / chromatin remodeling | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | ||||||
データ登録者 | Bilokapic, S. / Halic, M. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Structural rearrangements of the histone octamer translocate DNA. 著者: Silvija Bilokapic / Mike Strauss / Mario Halic / 要旨: Nucleosomes, the basic unit of chromatin, package and regulate expression of eukaryotic genomes. Nucleosomes are highly dynamic and are remodeled with the help of ATP-dependent remodeling factors. ...Nucleosomes, the basic unit of chromatin, package and regulate expression of eukaryotic genomes. Nucleosomes are highly dynamic and are remodeled with the help of ATP-dependent remodeling factors. Yet, the mechanism of DNA translocation around the histone octamer is poorly understood. In this study, we present several nucleosome structures showing histone proteins and DNA in different organizational states. We observe that the histone octamer undergoes conformational changes that distort the overall nucleosome structure. As such, rearrangements in the histone core α-helices and DNA induce strain that distorts and moves DNA at SHL 2. Distortion of the nucleosome structure detaches histone α-helices from the DNA, leading to their rearrangement and DNA translocation. Biochemical assays show that cross-linked histone octamers are immobilized on DNA, indicating that structural changes in the octamer move DNA. This intrinsic plasticity of the nucleosome is exploited by chromatin remodelers and might be used by other chromatin machineries. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fq6.cif.gz | 282.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fq6.ent.gz | 212.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6fq6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6fq6_validation.pdf.gz | 796 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6fq6_full_validation.pdf.gz | 813.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6fq6_validation.xml.gz | 31.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6fq6_validation.cif.gz | 49.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/6fq6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/6fq6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH
#1: タンパク質 | 分子量: 11560.538 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84233*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 9704.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799 #3: タンパク質 | 分子量: 12082.128 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: hist1h2aj, LOC494591 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6AZJ8, UniProt: P06897*PLUS #4: タンパク質 | 分子量: 10635.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: XELAEV_18032686mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1L8FQ56, UniProt: P02281*PLUS |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 45604.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 45145.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.2 MDa | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 100 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 2 / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 58000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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