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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ezo | |||||||||
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タイトル | Eukaryotic initiation factor EIF2B in complex with ISRIB | |||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / GEF / Complex / ISRIB | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 eukaryotic translation initiation factor 2B complex / Recycling of eIF2:GDP / cytoplasmic translational initiation / oligodendrocyte development / guanyl-nucleotide exchange factor complex / astrocyte development / astrocyte differentiation / regulation of translational initiation / positive regulation of translational initiation / response to glucose ...eukaryotic translation initiation factor 2B complex / Recycling of eIF2:GDP / cytoplasmic translational initiation / oligodendrocyte development / guanyl-nucleotide exchange factor complex / astrocyte development / astrocyte differentiation / regulation of translational initiation / positive regulation of translational initiation / response to glucose / ovarian follicle development / translation initiation factor binding / myelination / translation initiation factor activity / response to endoplasmic reticulum stress / guanyl-nucleotide exchange factor activity / central nervous system development / translational initiation / hippocampus development / response to peptide hormone / regulation of translation / T cell receptor signaling pathway / response to heat / positive regulation of apoptotic process / GTP binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Homo Sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Faille, A. / Weis, F. / Zyryanova, A. / Warren, A.J. / Ron, D. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Binding of ISRIB reveals a regulatory site in the nucleotide exchange factor eIF2B. 著者: Alisa F Zyryanova / Félix Weis / Alexandre Faille / Akeel Abo Alard / Ana Crespillo-Casado / Yusuke Sekine / Heather P Harding / Felicity Allen / Leopold Parts / Christophe Fromont / Peter M ...著者: Alisa F Zyryanova / Félix Weis / Alexandre Faille / Akeel Abo Alard / Ana Crespillo-Casado / Yusuke Sekine / Heather P Harding / Felicity Allen / Leopold Parts / Christophe Fromont / Peter M Fischer / Alan J Warren / David Ron / 要旨: The integrated stress response (ISR) is a conserved translational and transcriptional program affecting metabolism, memory, and immunity. The ISR is mediated by stress-induced phosphorylation of ...The integrated stress response (ISR) is a conserved translational and transcriptional program affecting metabolism, memory, and immunity. The ISR is mediated by stress-induced phosphorylation of eukaryotic translation initiation factor 2α (eIF2α) that attenuates the guanine nucleotide exchange factor eIF2B. A chemical inhibitor of the ISR, ISRIB, reverses the attenuation of eIF2B by phosphorylated eIF2α, protecting mice from neurodegeneration and traumatic brain injury. We describe a 4.1-angstrom-resolution cryo-electron microscopy structure of human eIF2B with an ISRIB molecule bound at the interface between the β and δ regulatory subunits. Mutagenesis of residues lining this pocket altered the hierarchical cellular response to ISRIB analogs in vivo and ISRIB binding in vitro. Our findings point to a site in eIF2B that can be exploited by ISRIB to regulate translation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ezo.cif.gz | 558.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ezo.ent.gz | 397.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ezo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ezo_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ezo_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6ezo_validation.xml.gz | 81.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ezo_validation.cif.gz | 137.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/6ezo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/6ezo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Translation initiation factor eIF-2B subunit ... , 4種, 8分子 ABCDEFGH
#1: タンパク質 | 分子量: 33754.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: epithelial / 組織: cervix / 参照: UniProt: Q14232 #2: タンパク質 | 分子量: 41758.242 Da / 分子数: 2 Mutation: 3xFLAG inserted at position +4 of the protein sequence 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: cervix / 細胞株: epithelial / 遺伝子: EIF2B2, EIF2BB / プラスミド: HeLa-2C2 / 細胞株 (発現宿主): HeLa / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49770 #3: タンパク質 | 分子量: 50304.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: epithelial / 組織: cervix / 参照: UniProt: Q9NR50 #4: タンパク質 | 分子量: 57640.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: epithelial / 組織: cervix / 参照: UniProt: Q9UI10 |
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-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 3分子 IJ
#5: タンパク質 | 分子量: 80466.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo Sapiens (ヒト) / 細胞株: epithelial / 組織: cervix / 参照: UniProt: Q13144 #6: 化合物 | ChemComp-C7B / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.521 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HeLa-2C2 | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 2.65 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 80000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 765 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 25 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0158 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 237486 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 41750 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 4.1→420 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.847 / SU B: 21.345 / SU ML: 0.262 / ESU R: 0.15 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 71.551 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 18676 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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