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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6eqc | ||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of a complex of a binding protein and human adenovirus C5 hexon | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / Antibody / Human Adenovirus C5 / gene therapy Viral Protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=25 icosahedral viral capsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / host cell / viral capsid / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.4 Å | ||||||
データ登録者 | Schmid, M. / Ernst, P. / Honegger, A. / Suomalainen, M. / Zimmermann, M. / Braun, L. / Stauffer, S. / Thom, C. / Dreier, B. / Eibauer, M. ...Schmid, M. / Ernst, P. / Honegger, A. / Suomalainen, M. / Zimmermann, M. / Braun, L. / Stauffer, S. / Thom, C. / Dreier, B. / Eibauer, M. / Kipar, A. / Vogel, V. / Greber, U.F. / Medalia, O. / Plueckthun, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Adenoviral vector with shield and adapter increases tumor specificity and escapes liver and immune control. 著者: Markus Schmid / Patrick Ernst / Annemarie Honegger / Maarit Suomalainen / Martina Zimmermann / Lukas Braun / Sarah Stauffer / Cristian Thom / Birgit Dreier / Matthias Eibauer / Anja Kipar / ...著者: Markus Schmid / Patrick Ernst / Annemarie Honegger / Maarit Suomalainen / Martina Zimmermann / Lukas Braun / Sarah Stauffer / Cristian Thom / Birgit Dreier / Matthias Eibauer / Anja Kipar / Viola Vogel / Urs F Greber / Ohad Medalia / Andreas Plückthun / 要旨: Most systemic viral gene therapies have been limited by sequestration and degradation of virions, innate and adaptive immunity, and silencing of therapeutic genes within the target cells. Here we ...Most systemic viral gene therapies have been limited by sequestration and degradation of virions, innate and adaptive immunity, and silencing of therapeutic genes within the target cells. Here we engineer a high-affinity protein coat, shielding the most commonly used vector in clinical gene therapy, human adenovirus type 5. Using electron microscopy and crystallography we demonstrate a massive coverage of the virion surface through the hexon-shielding scFv fragment, trimerized to exploit the hexon symmetry and gain avidity. The shield reduces virion clearance in the liver. When the shielded particles are equipped with adaptor proteins, the virions deliver their payload genes into human cancer cells expressing HER2 or EGFR. The combination of shield and adapter also increases viral gene delivery to xenografted tumors in vivo, reduces liver off-targeting and immune neutralization. Our study highlights the power of protein engineering for viral vectors overcoming the challenges of local and systemic viral gene therapies. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6eqc.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6eqc.ent.gz | 927.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6eqc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6eqc_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6eqc_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6eqc_validation.xml.gz | 123.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6eqc_validation.cif.gz | 184.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/6eqc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/6eqc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3821MC 5ogiC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10117 (タイトル: Cryo-EM reconstruction of a modified human Adenovirus C5 Data size: 612.7 Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of a modified human Adenovirus C5 [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 108042.469 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス) 参照: UniProt: P04133 #2: 抗体 | 分子量: 27256.225 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) | ||||||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRION | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 0.4 sec. / 電子線照射量: 1 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 7.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1880 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL |