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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ed3 | ||||||
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タイトル | Mtb ClpB in complex with AMPPNP | ||||||
要素 | Chaperone protein ClpB | ||||||
キーワード | CHAPERONE / cryoEM / pathogen / AAA ATPase / Mycobacterium tuberculosis / unfoldase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein unfolding / peptidoglycan-based cell wall / cellular response to heat / protein refolding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.3 Å | ||||||
データ登録者 | Yu, H.J. / Li, H.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018 タイトル: ATP hydrolysis-coupled peptide translocation mechanism of ClpB. 著者: Hongjun Yu / Tania J Lupoli / Amanda Kovach / Xing Meng / Gongpu Zhao / Carl F Nathan / Huilin Li / 要旨: The protein disaggregase ClpB hexamer is conserved across evolution and has two AAA+-type nucleotide-binding domains, NBD1 and NBD2, in each protomer. In (), ClpB facilitates asymmetric distribution ...The protein disaggregase ClpB hexamer is conserved across evolution and has two AAA+-type nucleotide-binding domains, NBD1 and NBD2, in each protomer. In (), ClpB facilitates asymmetric distribution of protein aggregates during cell division to help the pathogen survive and persist within the host, but a mechanistic understanding has been lacking. Here we report cryo-EM structures at 3.8- to 3.9-Å resolution of ClpB bound to a model substrate, casein, in the presence of the weakly hydrolyzable ATP mimic adenosine 5'-[γ-thio]triphosphate. ClpB existed in solution in two closed-ring conformations, conformers 1 and 2. In both conformers, the 12 pore-loops on the 12 NTDs of the six protomers (P1-P6) were arranged similarly to a staircase around the bound peptide. Conformer 1 is a low-affinity state in which three of the 12 pore-loops (the protomer P1 NBD1 and NBD2 loops and the protomer P2 NBD1 loop) are not engaged with peptide. Conformer 2 is a high-affinity state because only one pore-loop (the protomer P2 NBD1 loop) is not engaged with the peptide. The resolution of the two conformations, along with their bound substrate peptides and nucleotides, enabled us to propose a nucleotide-driven peptide translocation mechanism of a bacterial ClpB that is largely consistent with several recent unfoldase structures, in particular with the eukaryotic Hsp104. However, whereas Hsp104's two NBDs move in opposing directions during one step of peptide translocation, in Mtb ClpB the two NBDs move only in the direction of translocation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ed3.cif.gz | 423.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ed3.ent.gz | 263.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ed3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/6ed3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/6ed3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 92688.281 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: clpB, MT0397 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WPD0, UniProt: P9WPD1*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mtb ClpB in complex with AMPPNP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 1.7 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 112043 / 対称性のタイプ: POINT |