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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cnf | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Yeast RNA polymerase III elongation complex | |||||||||||||||||||||
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![]() | transcription/dna / RNA polymerase III / TFIIIB / tRNA / TRANSCRIPTION / transcription-dna complex | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() RNA polymerase III core binding / TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription open complex formation / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / TFIIIC-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity ...RNA polymerase III core binding / TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription open complex formation / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / TFIIIC-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / transcription preinitiation complex / RNA Polymerase I Transcription Initiation / DNA binding, bending / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / termination of RNA polymerase I transcription / RNA Polymerase I Promoter Escape / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIID complex / Dual incision in TC-NER / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / RNA polymerase III activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II, core complex / RNA polymerase I activity / RNA polymerase II activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / nucleotidyltransferase activity / DNA-templated transcription initiation / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / peroxisome / disordered domain specific binding / ribosome biogenesis / single-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / nucleotide binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Han, Y. / He, Y. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural visualization of RNA polymerase III transcription machineries. 著者: Yan Han / Chunli Yan / Susan Fishbain / Ivaylo Ivanov / Yuan He / ![]() 要旨: RNA polymerase III (Pol III) transcription initiation requires the action of the transcription factor IIIB (TFIIIB) and is highly regulated. Here, we determine the structures of Pol III pre- ...RNA polymerase III (Pol III) transcription initiation requires the action of the transcription factor IIIB (TFIIIB) and is highly regulated. Here, we determine the structures of Pol III pre-initiation complexes (PICs) using single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). We observe stable Pol III-TFIIIB complexes using nucleic acid scaffolds mimicking various functional states, in which TFIIIB tightly encircles the upstream promoter DNA. There is an intricate interaction between TFIIIB and Pol III, which stabilizes the winged-helix domains of the C34 subunit of Pol III over the active site cleft. The architecture of Pol III PIC more resembles that of the Pol II PIC than the Pol I PIC. In addition, we also obtain a 3D reconstruction of Pol III in complex with TFIIIB using the elongation complex (EC) scaffold, shedding light on the mechanism of facilitated recycling of Pol III prior to transcription re-initiation. | |||||||||||||||||||||
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PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 977.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 193.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 288.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase III subunit ... , 10種, 10分子 ABDGIMNOPQ
#1: タンパク質 | 分子量: 162517.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04051, DNA-directed RNA polymerase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 129629.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22276, DNA-directed RNA polymerase |
#4: タンパク質 | 分子量: 18623.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P47076 |
#7: タンパク質 | 分子量: 24349.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P35718 |
#9: タンパク質 | 分子量: 12525.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04307 |
#13: タンパク質 | 分子量: 32178.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36121 |
#14: タンパク質 | 分子量: 46751.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25441 |
#15: タンパク質 | 分子量: 74112.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32349 |
#16: タンパク質 | 分子量: 36174.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32910 |
#17: タンパク質 | 分子量: 27299.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P17890 |
-DNA-directed RNA polymerases I and III subunit ... , 2種, 2分子 CK
#3: タンパク質 | 分子量: 37732.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P07703 |
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#11: タンパク質 | 分子量: 16167.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P28000 |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL
#5: タンパク質 | 分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20434 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20435 |
#8: タンパク質 | 分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20436 |
#10: タンパク質 | 分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22139 |
#12: タンパク質 | 分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40422 |
-Transcription factor ... , 2種, 2分子 RS
#18: タンパク質 | 分子量: 82097.867 Da / 分子数: 1 / Mutation: C438S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c 遺伝子: BRF1, PCF4, TDS4, YGR246C, SPT15, BTF1, TBP1, YER148W 発現宿主: ![]() ![]() |
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#19: タンパク質 | 分子量: 66249.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: BDP1, TFC5, YNL039W, N2682 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 XY
#20: DNA鎖 | 分子量: 24394.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#21: DNA鎖 | 分子量: 24301.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 1種, 7分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
#22: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Yeast RNA polymerase III elongation complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#21 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 0.9 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 3200FS |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 68.9 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.10.1_2155: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: CTF amplitude correction was performed following 3D auto refinement in relion. タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 47141 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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