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- PDB-6c54: Ebola nucleoprotein nucleocapsid-like assembly and the asymmetric unit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c54
タイトルEbola nucleoprotein nucleocapsid-like assembly and the asymmetric unit
要素Nucleoprotein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Ebola / nucleoprotein / nucleocapsid / helical reconstruction
機能・相同性
機能・相同性情報


viral RNA genome packaging / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoprotein / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å
データ登録者Su, Z. / Wu, C. / Pintilie, G.D. / Chiu, W. / Amarasinghe, G.K. / Leung, D.W.
資金援助 米国, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103832 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103422 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM12400701 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI109664 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI120943 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM080139 米国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA)HDTRA1-16-1-0033 米国
引用
ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Electron Cryo-microscopy Structure of Ebola Virus Nucleoprotein Reveals a Mechanism for Nucleocapsid-like Assembly.
著者: Zhaoming Su / Chao Wu / Liuqing Shi / Priya Luthra / Grigore D Pintilie / Britney Johnson / Justin R Porter / Peng Ge / Muyuan Chen / Gai Liu / Thomas E Frederick / Jennifer M Binning / ...著者: Zhaoming Su / Chao Wu / Liuqing Shi / Priya Luthra / Grigore D Pintilie / Britney Johnson / Justin R Porter / Peng Ge / Muyuan Chen / Gai Liu / Thomas E Frederick / Jennifer M Binning / Gregory R Bowman / Z Hong Zhou / Christopher F Basler / Michael L Gross / Daisy W Leung / Wah Chiu / Gaya K Amarasinghe /
要旨: Ebola virus nucleoprotein (eNP) assembles into higher-ordered structures that form the viral nucleocapsid (NC) and serve as the scaffold for viral RNA synthesis. However, molecular insights into the ...Ebola virus nucleoprotein (eNP) assembles into higher-ordered structures that form the viral nucleocapsid (NC) and serve as the scaffold for viral RNA synthesis. However, molecular insights into the NC assembly process are lacking. Using a hybrid approach, we characterized the NC-like assembly of eNP, identified novel regulatory elements, and described how these elements impact function. We generated a three-dimensional structure of the eNP NC-like assembly at 5.8 Å using electron cryo-microscopy and identified a new regulatory role for eNP helices α22-α23. Biochemical, biophysical, and mutational analyses revealed that inter-eNP contacts within α22-α23 are critical for viral NC assembly and regulate viral RNA synthesis. These observations suggest that the N terminus and α22-α23 of eNP function as context-dependent regulatory modules (CDRMs). Our current study provides a framework for a structural mechanism for NC-like assembly and a new therapeutic target.
#1: ジャーナル: Cell Rep / 年: 2015
タイトル: An Intrinsically Disordered Peptide from Ebola Virus VP35 Controls Viral RNA Synthesis by Modulating Nucleoprotein-RNA Interactions.
著者: Daisy W Leung / Dominika Borek / Priya Luthra / Jennifer M Binning / Manu Anantpadma / Gai Liu / Ian B Harvey / Zhaoming Su / Ariel Endlich-Frazier / Juanli Pan / Reed S Shabman / Wah Chiu / ...著者: Daisy W Leung / Dominika Borek / Priya Luthra / Jennifer M Binning / Manu Anantpadma / Gai Liu / Ian B Harvey / Zhaoming Su / Ariel Endlich-Frazier / Juanli Pan / Reed S Shabman / Wah Chiu / Robert A Davey / Zbyszek Otwinowski / Christopher F Basler / Gaya K Amarasinghe /
要旨: During viral RNA synthesis, Ebola virus (EBOV) nucleoprotein (NP) alternates between an RNA-template-bound form and a template-free form to provide the viral polymerase access to the RNA template. In ...During viral RNA synthesis, Ebola virus (EBOV) nucleoprotein (NP) alternates between an RNA-template-bound form and a template-free form to provide the viral polymerase access to the RNA template. In addition, newly synthesized NP must be prevented from indiscriminately binding to noncognate RNAs. Here, we investigate the molecular bases for these critical processes. We identify an intrinsically disordered peptide derived from EBOV VP35 (NPBP, residues 20-48) that binds NP with high affinity and specificity, inhibits NP oligomerization, and releases RNA from NP-RNA complexes in vitro. The structure of the NPBP/ΔNPNTD complex, solved to 3.7 Å resolution, reveals how NPBP peptide occludes a large surface area that is important for NP-NP and NP-RNA interactions and for viral RNA synthesis. Together, our results identify a highly conserved viral interface that is important for EBOV replication and can be targeted for therapeutic development.
履歴
登録2018年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32021年6月9日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - representative helical assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-7343
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7343
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,2852
ポリマ－96,2852
非ポリマー00
水00
1
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,777,111120
ポリマ－5,777,111120
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
helical symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit, std helical frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 60 / Rise per n subunits: 2.65 Å / Rotation per n subunits: -8.53 °)

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / eNP-2 asymmetric unit


分子量: 48142.590 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-457 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
遺伝子: NP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1L7B8E4, UniProt: P18272*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: eNP nucleocapsid-like assembly / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 150 mM NaCl, 3 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 2 mM KH2PO4
緩衝液成分濃度: 12 mM / 名称: Phosphate-buffered saline / 式: PBS
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 3200FSC
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 30000 X / Cs: 4.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / 最高温度: 86 K / 最低温度: 86 K
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 24 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1266
電子光学装置エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター 上限: 30 eV / エネルギーフィルター 下限: 30 eV
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 2-32

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
4CTFFIND4.0.17CTF補正
7NAMD2.12モデルフィッティング
9EMAN1.9初期オイラー角割当integrated with IHRSR
10RELION2-beta最終オイラー角割当
12RELION2-beta３次元再構成
13PHENIX1.11.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -8.53 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.65 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 200685
3次元再構成解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 169526 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築B value: 276 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0045764
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.8597770
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.4733491
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.048877
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061010

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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