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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6a96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human alpha5beta3 GABAA receptor in complex with GABA and Nb25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / IRON CHANNEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 inner ear receptor cell development / cellular response to histamine / GABA receptor activation / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / GABA receptor binding / inhibitory synapse assembly / innervation / synaptic transmission, GABAergic ...inner ear receptor cell development / cellular response to histamine / GABA receptor activation / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / GABA receptor binding / inhibitory synapse assembly / innervation / synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / postsynaptic specialization membrane / neurotransmitter receptor activity / cochlea development / roof of mouth development / neuronal cell body membrane / Signaling by ERBB4 / associative learning / chloride channel complex / regulation of postsynaptic membrane potential / transmembrane transporter complex / behavioral fear response / GABA-ergic synapse / chloride transmembrane transport / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / cytoplasmic vesicle membrane / signaling receptor activity / presynaptic membrane / postsynapse / neuron projection / synapse / signal transduction / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Lama glama (ラマ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.51 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Liu, S. / Xu, L. / Guan, F. / Liu, Y.T. / Cui, Y. / Zhang, Q. / Bi, G.Q. / Zhou, Z.H. / Zhang, X. / Ye, S. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 米国, 13件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM structure of the human α5β3 GABA receptor. 著者: Si Liu / Lingyi Xu / Fenghui Guan / Yun-Tao Liu / Yanxiang Cui / Qing Zhang / Xiang Zheng / Guo-Qiang Bi / Z Hong Zhou / Xiaokang Zhang / Sheng Ye / | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6a96.cif.gz | 380.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6a96.ent.gz | 312.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6a96.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6a96_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6a96_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6a96_validation.xml.gz | 64.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6a96_validation.cif.gz | 96.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/6a96 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/6a96 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Gamma-aminobutyric acid receptor subunit ... , 2種, 5分子 BECDA
#2: タンパク質 | 分子量: 42052.711 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABRB3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P28472 #3: タンパク質 | | 分子量: 44456.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABRA5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P31644 |
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-抗体 / 非ポリマー , 2種, 4分子 KLO
#1: 抗体 | 分子量: 13673.024 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #8: 化合物 | ChemComp-ABU / | |
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-糖 , 4種, 10分子
#4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #7: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Pentameric complex of 1 alpha and 4 beta GABA receptor タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 56 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / バージョン: 0.55 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 161455 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT |