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万見
- PDB-6zp3: Thioredoxin glutathione reductase from Schistosoma mansoni in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zp3
タイトルThioredoxin glutathione reductase from Schistosoma mansoni in complex with 2-Methylindole-3-acetic acid
要素Thioredoxin glutathione reductase
キーワードPROTEIN BINDING / fragment binding / redox enzyme / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-disulfide reductase / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin/glutathione reductase selenoprotein / Glutaredoxin, eukaryotic/virial / Glutaredoxin active site / Glutaredoxin active site. / Glutaredoxin / Glutaredoxin domain profile. / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily ...Thioredoxin/glutathione reductase selenoprotein / Glutaredoxin, eukaryotic/virial / Glutaredoxin active site / Glutaredoxin active site. / Glutaredoxin / Glutaredoxin domain profile. / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / 2-(2-methyl-1~{H}-indol-3-yl)ethanoic acid / Thioredoxin glutathione reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Fata, F. / Silvestri, I. / Williams, D.L. / Angelucci, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R33AI127635 米国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2021
タイトル: Probing the Surface of a Parasite Drug Target Thioredoxin Glutathione Reductase Using Small Molecule Fragments.
著者: Fata, F. / Silvestri, I. / Ardini, M. / Ippoliti, R. / Di Leandro, L. / Demitri, N. / Polentarutti, M. / Di Matteo, A. / Lyu, H. / Thatcher, G.R.J. / Petukhov, P.A. / Williams, D.L. / Angelucci, F.
履歴
登録2020年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin glutathione reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,84510
ポリマ－65,1081
非ポリマー1,7379
水6,233346
1
A: Thioredoxin glutathione reductase
ヘテロ分子

A: Thioredoxin glutathione reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,69020
ポリマ－130,2162
非ポリマー3,47418
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area14320 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area45670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.849, 102.186, 58.572
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.940, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Thioredoxin glutathione reductase


分子量: 65108.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
遺伝子: Smp_048430 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G4V8J4, thioredoxin-disulfide reductase

-
非ポリマー , 10種, 355分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-QN5 / 2-(2-methyl-1~{H}-indol-3-yl)ethanoic acid / 2-Methylindole-3-acetic acid / 2-メチル-1H-インド-ル-3-酢酸


分子量: 189.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H11NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#10: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.18 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: PEG 3350 20%, potassium iodide 0.2, BisTris 0.1M, DTT 5mM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→39.684 Å / Num. obs: 70295 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.467 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4221 / CC1/2: 0.769 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V6O

2v6o


解像度: 1.8→39.684 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2055 3637 5.17 %
Rwork0.172 66654 -
obs0.1737 70291 98.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.09 Å2 / Biso mean: 34.4444 Å2 / Biso min: 11.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→39.684 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4503 0 210 346 5059
Biso mean--43.21 34.12 -
残基数----588
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8-1.82370.28191460.22852598100
1.8237-1.84870.25221320.21652582100
1.8487-1.87510.25991310.19962566100
1.8751-1.90310.24251360.1892603100
1.9031-1.93280.24551440.18222574100
1.9328-1.96450.17941500.17042582100
1.9645-1.99840.22751310.16612557100
1.9984-2.03470.20231310.16212617100
2.0347-2.07380.19821560.16672561100
2.0738-2.11620.22581270.1615254999
2.1162-2.16220.18611180.1627261599
2.1622-2.21250.20081120.1612254598
2.2125-2.26780.18961550.1566250298
2.2678-2.32910.18671430.1613250897
2.3291-2.39760.21561230.1642251197
2.3976-2.4750.20351280.1709245395
2.475-2.56340.22441380.1784240892
2.5634-2.66610.21281620.1743252498
2.6661-2.78740.1981480.17762587100
2.7874-2.93430.24181540.17782577100
2.9343-3.11810.23381500.18222586100
3.1181-3.35870.19921270.17982605100
3.3587-3.69650.19151510.16132614100
3.6965-4.23080.1811270.15272611100
4.2308-5.32840.17171570.15882596100
5.3284-39.6840.22241600.1992262399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8243-0.050.0950.75490.19030.4569-0.10240.13320.1572-0.37570.1289-0.2762-0.0910.07120.00220.2527-0.08220.05960.2118-0.02130.264234.513922.62420.7888
20.1432-0.00760.2080.14240.20610.3003-0.0137-0.0962-0.1584-0.07830.0307-0.0475-0.0589-0.0182-0.00040.1845-0.0036-0.00620.160.00330.189810.3612-11.04654.7579
30.01410.0448-0.18550.5553-0.27410.4747-0.0354-0.1779-0.04690.06390.0316-0.0685-0.02540.0439-0.00040.15050.0171-0.01190.18210.0020.138315.4932-2.336224.3638
40.460.04370.16440.1490.01750.3865-0.0523-0.08370.0572-0.00790.02790.0204-0.0904-0.07200.15910.019-0.00320.1255-0.02250.14280.428414.13769.7611
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 158 )A6 - 158
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 159 through 218 )A159 - 218
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 219 through 415 )A219 - 415
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 416 through 593 )A416 - 593

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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