PDB-6zb0: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 1-benzyl-N-methyl-2-oxo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zb0

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 1-benzyl-N-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridine-3-carboxamide

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

TRANSCRIPTION / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD2 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 2 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.613 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: The Optimization of a Novel, Weak Bromo and Extra Terminal Domain (BET) Bromodomain Fragment Ligand to a Potent and Selective Second Bromodomain (BD2) Inhibitor.
著者: Seal, J.T. / Atkinson, S.J. / Aylott, H. / Bamborough, P. / Chung, C.W. / Copley, R.C.B. / Gordon, L. / Grandi, P. / Gray, J.R.J. / Harrison, L.A. / Hayhow, T.G. / Lindon, M. / Messenger, C. ...

履歴

登録	2020年6月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zb0.cif.gz	65.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zb0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zb0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zb0_validation.pdf.gz	740.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zb0_full_validation.pdf.gz	740.5 KB	表示
XML形式データ	6zb0_validation.xml.gz	10.1 KB	表示
CIF形式データ	6zb0_validation.cif.gz	15.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/6zb0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/6zb0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zb1C 6zb2C 6zb3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2yz1-1 3njn-5 4q0o-d 5ig6-d 3njk-d 7nqi-d 6ddj-d 6ffe-d 5fh7-2 4liz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.106, 52.758, 32.318
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-699- HOH
2	1	AAA-852- HOH

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-QCW / ~{N}-methyl-2-oxidanylidene-1-(phenylmethyl)pyridine-3-carboxamide 分子量: 242.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₄N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.61→36.05 Å / Num. obs: 15692 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.019 / Net I/σ(I): 31.9
反射シェル	解像度: 1.61→1.7 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Mean I/σ(I) obs: 11.2 / Num. unique obs: 1924 / % possible all: 81.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: in house structure

解像度: 1.613→29.491 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 2.555 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.088 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1775	787	5.03 %
R_work	0.1393	14860	-
all	0.141	-	-
obs	-	15647	94.721 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.632 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.012 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.017 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.613→29.491 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	941	0	34	301	1276

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	954
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.325	1.641	1391
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.409	1.614	2225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.334	5	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.653	22.182	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.475	15	185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.709	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	119
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	225
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	247
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.174	0.2	809
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	509
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	365
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	182
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.124	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.139	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.906	1.358	476
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.835	1.348	475
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.506	3.031	599
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.509	3.046	600
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.343	1.603	557
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.345	1.601	555
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.206	3.431	791
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.204	3.433	792
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.912	16.098	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.91	16.102	1361

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.613-1.654	0.184	52	0.174	833	0.174	1183	0.928	0.939	74.8098	0.141
1.654-1.7	0.206	62	0.166	971	0.169	1189	0.938	0.944	86.8797	0.128
1.7-1.749	0.224	53	0.153	1013	0.156	1118	0.945	0.959	95.3488	0.126
1.749-1.802	0.182	48	0.153	1049	0.154	1104	0.954	0.961	99.3659	0.126
1.802-1.861	0.175	54	0.134	1007	0.136	1067	0.958	0.971	99.4377	0.115
1.861-1.926	0.174	61	0.135	954	0.137	1026	0.967	0.974	98.9279	0.116
1.926-1.999	0.147	45	0.127	953	0.128	1008	0.976	0.978	99.0079	0.114
1.999-2.08	0.125	48	0.125	918	0.125	973	0.979	0.979	99.2806	0.113
2.08-2.172	0.201	52	0.13	849	0.134	928	0.954	0.974	97.0905	0.12
2.172-2.277	0.179	50	0.13	816	0.133	890	0.957	0.969	97.3034	0.123
2.277-2.4	0.137	32	0.129	795	0.129	859	0.966	0.973	96.2747	0.123
2.4-2.544	0.169	38	0.143	723	0.145	788	0.962	0.969	96.5736	0.138
2.544-2.718	0.211	39	0.142	702	0.145	773	0.952	0.965	95.8603	0.139
2.718-2.934	0.254	23	0.151	674	0.155	726	0.939	0.956	96.0055	0.153
2.934-3.211	0.157	31	0.14	605	0.14	653	0.965	0.969	97.3966	0.144
3.211-3.585	0.141	26	0.126	564	0.127	610	0.982	0.982	96.7213	0.134
3.585-4.129	0.186	23	0.128	497	0.13	545	0.968	0.981	95.4128	0.145
4.129-5.032	0.177	16	0.13	415	0.131	455	0.967	0.981	94.7253	0.149
5.032-7.016	0.214	17	0.173	333	0.174	377	0.94	0.968	92.8382	0.194
7.016-29.491	0.175	17	0.177	189	0.177	243	0.971	0.968	84.7737	0.202

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 32.6654 Å / Origin y: 10.4345 Å / Origin z: 0.3996 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0093 Å²	-0.0009 Å²	0.0064 Å²	-	0.0042 Å²	-0.0032 Å²	-	-	0.0095 Å²
L	0.9009 °²	0.0401 °²	0.1251 °²	-	0.0299 °²	0.0107 °²	-	-	0.036 °²
S	0.0215 Å °	0.0131 Å °	-0.0088 Å °	-0.0047 Å °	-0.0077 Å °	-0.0031 Å °	-0.0088 Å °	0.0056 Å °	-0.0138 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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