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- PDB-6y1e: Crystal structure of human glutathione transferase P1-1 (hGSTP1-1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y1e
タイトルCrystal structure of human glutathione transferase P1-1 (hGSTP1-1) that was co-crystallised in the presence of indanyloxyacetic acid-94 (IAA-94)
要素Glutathione S-transferase P
キーワードTRANSFERASE / Indanyloxyacetic acid-94 / IAA-94 / chloride ion channel inhibitor / ethacrynic acid / EA / glutathione transferase P1-1 / CLIC1
機能・相同性
機能・相同性情報


S-nitrosoglutathione binding / nitric oxide storage / negative regulation of biosynthetic process / TRAF2-GSTP1 complex / kinase regulator activity / negative regulation of leukocyte proliferation / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process ...S-nitrosoglutathione binding / nitric oxide storage / negative regulation of biosynthetic process / TRAF2-GSTP1 complex / kinase regulator activity / negative regulation of leukocyte proliferation / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / linoleic acid metabolic process / negative regulation of JUN kinase activity / nitric oxide binding / Glutathione conjugation / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / JUN kinase binding / Paracetamol ADME / glutathione peroxidase activity / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of interleukin-1 beta production / prostaglandin metabolic process / regulation of stress-activated MAPK cascade / Detoxification of Reactive Oxygen Species / negative regulation of acute inflammatory response / glutathione transferase / negative regulation of tumor necrosis factor production / glutathione transferase activity / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of MAPK cascade / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of fibroblast proliferation / negative regulation of MAP kinase activity / glutathione metabolic process / xenobiotic metabolic process / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of superoxide anion generation / response to reactive oxygen species / central nervous system development / fatty acid binding / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to lipopolysaccharide / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, Pi class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, Pi class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Chem-O7Z / TRIETHYLENE GLYCOL / Glutathione S-transferase P
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.402 Å
データ登録者Pandian, R. / Worth, R. / Thangaraj, V. / Sayed, Y. / Dirr, H.W.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Science and Technology Funding CouncilST/R002754/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The interaction of IAA-94 with the soluble conformation of the CLIC1 protein and its structural homolog hGSTP1-1
著者: Worth, R. / Pandian, R. / Thangaraj, V. / Sayed, Y. / Dirr, H.W.
履歴
登録2020年2月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase P
B: Glutathione S-transferase P
C: Glutathione S-transferase P
D: Glutathione S-transferase P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,28419
ポリマ－93,5114
非ポリマー3,77315
水15,151841
1
A: Glutathione S-transferase P
B: Glutathione S-transferase P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6709
ポリマ－46,7562
非ポリマー1,9157
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area17820 Å2
手法PISA
2
D: Glutathione S-transferase P
ヘテロ分子

C: Glutathione S-transferase P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,61310
ポリマ－46,7562
非ポリマー1,8588
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_546-x,y-1/2,-z+11
Buried area5270 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area17710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.638, 72.179, 88.624
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Glutathione S-transferase P / GST class-pi / GSTP1-1


分子量: 23377.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSTP1, FAEES3, GST3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09211, glutathione transferase

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非ポリマー , 5種, 856分子

#2: 化合物
ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-O7Z / 2-[[6,7-bis(chloranyl)-2-cyclopentyl-2-methyl-1-oxidanylidene-3~{H}-inden-5-yl]oxy]ethanoic acid / indanyloxyacetic acid-94 / IAA-94 / IAA-94


分子量: 357.228 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C17H18Cl2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 841 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.61 % / 解説: Cubic
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10 mg/ml hGSTP1-1 (50 mM dipotassium phosphate, 1.5 mM EDTA, 10 mM DTT, 10 mM GSH and 0.02 % (w/v) sodium azide, pH 7.0) with 3.5 mM IAA-94 (5% DMSO (v/v)) was crystallized in 100 mM MES and ...詳細: 10 mg/ml hGSTP1-1 (50 mM dipotassium phosphate, 1.5 mM EDTA, 10 mM DTT, 10 mM GSH and 0.02 % (w/v) sodium azide, pH 7.0) with 3.5 mM IAA-94 (5% DMSO (v/v)) was crystallized in 100 mM MES and 16 % (w/v) PEG-6000, pH 6.5. The crystals were harvested and then immersed two to three times in 100% (v/v) Parabar 10312 (Paratone)
PH範囲: 6.5 - 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.916 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.402→68.638 Å / Num. obs: 163749 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.402→1.427 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 2.251 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 7637 / CC1/2: 0.327 / % possible all: 90.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AQX

1aqx


解像度: 1.402→55.966 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.94
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2511 7888 4.91 %
Rwork0.2166 --
obs0.2183 160658 95.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 62.24 Å2 / Biso mean: 22.178 Å2 / Biso min: 8.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.402→55.966 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6545 0 187 841 7573
Biso mean--28.25 32.18 -
残基数----835
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.4024-1.41840.43182260.454380672
1.4184-1.4350.4412210.4481399275
1.435-1.45250.4291960.433395374
1.4525-1.47090.43392840.4138476590
1.4709-1.49030.39312600.386510096
1.4903-1.51070.38972460.3714515896
1.5107-1.53230.34212730.3559514496
1.5323-1.55520.38512800.3459512396
1.5552-1.57950.33212510.3315516497
1.5795-1.60540.33442750.309517997
1.6054-1.63310.30252200.2856522797
1.6331-1.66270.32452510.2565513897
1.6627-1.69470.26032610.2481521397
1.6947-1.72930.27412790.2429519297
1.7293-1.76690.27312870.2279516497
1.7669-1.8080.26072560.214527398
1.808-1.85330.23442510.2043520297
1.8533-1.90340.23972680.2132527498
1.9034-1.95940.26842960.2083519598
1.9594-2.02260.22882920.1967520698
2.0226-2.09490.23282980.1958521098
2.0949-2.17880.22242460.1944529798
2.1788-2.2780.2562980.1915526198
2.278-2.39810.25852500.1938529999
2.3981-2.54830.22583030.1937529999
2.5483-2.74510.19032090.188537799
2.7451-3.02130.2462800.1957537099
3.0213-3.45840.2332730.1836534599
3.4584-4.3570.20822830.1747535899
4.357-55.9660.22692750.2064548699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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