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- PDB-6xnp: Crystal Structure of Human STING CTD complex with SR-717 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xnp
タイトルCrystal Structure of Human STING CTD complex with SR-717
要素Stimulator of interferon protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Agonist / Complex / Closed conformation / Immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


STING complex / STING mediated induction of host immune responses / STAT6-mediated induction of chemokines / serine/threonine protein kinase complex / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / proton channel activity / cyclic-di-GMP binding / pattern recognition receptor signaling pathway / cGAS/STING signaling pathway ...STING complex / STING mediated induction of host immune responses / STAT6-mediated induction of chemokines / serine/threonine protein kinase complex / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / proton channel activity / cyclic-di-GMP binding / pattern recognition receptor signaling pathway / cGAS/STING signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / reticulophagy / cellular response to exogenous dsRNA / cellular response to organic cyclic compound / protein complex oligomerization / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of macroautophagy / autophagosome membrane / autophagosome assembly / cellular response to interferon-beta / positive regulation of defense response to virus by host / signaling adaptor activity / activation of innate immune response / antiviral innate immune response / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of interferon-beta production / autophagosome / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / secretory granule membrane / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cytoplasmic vesicle membrane / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of protein binding / peroxisome / regulation of inflammatory response / monoatomic ion transmembrane transport / cytoplasmic vesicle / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / endosome / Golgi membrane / innate immune response / nucleotide binding / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / Transmembrane protein 173
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-V67 / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Chin, E.N. / Yu, C. / Wolan, D.W. / Petrassi, H.M. / Lairson, L.L.
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Antitumor activity of a systemic STING-activating non-nucleotide cGAMP mimetic.
著者: Chin, E.N. / Yu, C. / Vartabedian, V.F. / Jia, Y. / Kumar, M. / Gamo, A.M. / Vernier, W. / Ali, S.H. / Kissai, M. / Lazar, D.C. / Nguyen, N. / Pereira, L.E. / Benish, B. / Woods, A.K. / ...著者: Chin, E.N. / Yu, C. / Vartabedian, V.F. / Jia, Y. / Kumar, M. / Gamo, A.M. / Vernier, W. / Ali, S.H. / Kissai, M. / Lazar, D.C. / Nguyen, N. / Pereira, L.E. / Benish, B. / Woods, A.K. / Joseph, S.B. / Chu, A. / Johnson, K.A. / Sander, P.N. / Martinez-Pena, F. / Hampton, E.N. / Young, T.S. / Wolan, D.W. / Chatterjee, A.K. / Schultz, P.G. / Petrassi, H.M. / Teijaro, J.R. / Lairson, L.L.
履歴
登録2020年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stimulator of interferon protein
B: Stimulator of interferon protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1377
ポリマ－43,2012
非ポリマー9375
水6,359353
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: fluorescence resonance energy transfer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area16710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.487, 77.627, 135.378
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Stimulator of interferon protein


分子量: 21600.256 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STING, LOC340061, hCG_1782396 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R3XZB7, UniProt: Q86WV6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-V67 / 4,5-difluoro-2-{[6-(1H-imidazol-1-yl)pyridazine-3-carbonyl]amino}benzoic acid


分子量: 345.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H9F2N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.6 %
結晶化温度: 296 K / 手法: batch mode / 詳細: PEG8000, calcium acetate, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 35421 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 0.974 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 228421
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.77-1.836.40.34334750.9250.1470.3741.216100
1.83-1.916.70.2534530.970.1050.2721.096100
1.91-1.996.50.17834910.9830.0760.1941.003100
1.99-2.16.20.13235120.9890.0570.1441.028100
2.1-2.236.70.10335130.9940.0430.1111.012100
2.23-2.46.50.08234900.9950.0350.0890.99999.9
2.4-2.646.30.06735250.9970.0290.0730.954100
2.64-3.036.60.05335790.9970.0220.0580.887100
3.03-3.816.40.03835770.9990.0160.0410.816100
3.81-506.10.03238060.9990.0140.0350.741100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EMT

4emt


解像度: 1.77→39.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.289 / SU ML: 0.074 / SU R Cruickshank DPI: 0.1217 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2024 1774 5 %RANDOM
Rwork0.1604 ---
obs0.1625 33577 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 84.83 Å2 / Biso mean: 20.01 Å2 / Biso min: 8.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.77→39.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2904 0 66 353 3323
Biso mean--19.1 31.99 -
残基数----360
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0133205
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172876
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7651.6684365
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4861.586672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8395395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.94321.287202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.15815540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5621534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2395
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023729
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02727
LS精密化 シェル解像度: 1.77→1.815 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 129 -
Rwork0.187 2347 -
obs--97.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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