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Yorodumi- PDB-6xm8: Crystal structure of lignostilbene bound to Co-LSD4 from Sphingob... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xm8 | |||||||||
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Title | Crystal structure of lignostilbene bound to Co-LSD4 from Sphingobium sp. strain SYK-6 | |||||||||
Components | Dioxygenase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / lignostilbene dioxygenase / carotenoid cleavage dioxygenase / non-heme iron oxygenase / bacterial aromatic catabolism | |||||||||
Function / homology | 9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / Oxidoreductases; Acting on single donors with incorporation of molecular oxygen (oxygenases); With incorporation of two atoms of oxygen / Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein / metal ion binding / : / lignostilbene / Dioxygenase Function and homology information | |||||||||
Biological species | Sphingobium sp. | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | |||||||||
Authors | Kuatsjah, E. / Chan, A.C. / Katahira, R. / Beckham, G.T. / Murphy, M.E. / Eltis, L.D. | |||||||||
Funding support | Canada, 2items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2021 Title: Structural and functional analysis of lignostilbene dioxygenases from Sphingobium sp. SYK-6. Authors: Kuatsjah, E. / Chan, A.C.K. / Katahira, R. / Haugen, S.J. / Beckham, G.T. / Murphy, M.E.P. / Eltis, L.D. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6xm8.cif.gz | 297.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6xm8.ent.gz | 242.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6xm8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/6xm8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/6xm8 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6xm6C 6xm7C 6xm9C 6xmaC 6ojrS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 54974.020 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Sphingobium sp. (strain NBRC 103272 / SYK-6) (bacteria) Strain: NBRC 103272 / SYK-6 / Gene: SLG_12860 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: G2IQT9, Oxidoreductases; Acting on single donors with incorporation of molecular oxygen (oxygenases); With incorporation of two atoms of oxygen |
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-Non-polymers , 5 types, 688 molecules
#2: Chemical | ChemComp-CO / | ||||
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#3: Chemical | ChemComp-V5P / | ||||
#4: Chemical | ChemComp-DMS / #5: Chemical | ChemComp-MG / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 / Details: 0.3 M magnesium acetate, 29% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08B1-1 / Wavelength: 0.97934 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Jul 7, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→40.305 Å / Num. obs: 92163 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 3.819 % / Biso Wilson estimate: 21.739 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rrim(I) all: 0.18 / Χ2: 0.943 / Net I/σ(I): 6.66 / Num. measured all: 351935 / Scaling rejects: 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 6OJR Resolution: 1.85→40.305 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 16.19 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 98.78 Å2 / Biso mean: 20.8738 Å2 / Biso min: 7.68 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.85→40.305 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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