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- PDB-6xjq: Crystal structure of a self-alkylating ribozyme - alkylated form ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xjq
タイトルCrystal structure of a self-alkylating ribozyme - alkylated form with biotinylated epoxide substrate
要素
  • Fab HAVx Heavy Chain
  • Fab HAVx Light Chain
  • Self-alkylating ribozyme (58-MER)
キーワードRNA/IMMUNE SYSTEM / Self-alkylating ribozyme / Antibody-assisted RNA crystallography / RNA catalysis / RNA-Immune System complex
機能・相同性Chem-V4J / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Aeropyrum pernix (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.708 Å
データ登録者Koirala, D. / Piccirilli, J.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01AI081987 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01GM102489 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural basis for substrate binding and catalysis by a self-alkylating ribozyme.
著者: Krochmal, D. / Shao, Y. / Li, N.S. / DasGupta, S. / Shelke, S.A. / Koirala, D. / Piccirilli, J.A.
履歴
登録2020年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Self-alkylating ribozyme (58-MER)
B: Self-alkylating ribozyme (58-MER)
C: Fab HAVx Heavy Chain
D: Fab HAVx Light Chain
H: Fab HAVx Heavy Chain
L: Fab HAVx Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,0048
ポリマ－145,2276
非ポリマー7772
水15,043835
1
A: Self-alkylating ribozyme (58-MER)
H: Fab HAVx Heavy Chain
L: Fab HAVx Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0024
ポリマ－72,6143
非ポリマー3891
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5580 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area28650 Å2
手法PISA
2
B: Self-alkylating ribozyme (58-MER)
C: Fab HAVx Heavy Chain
D: Fab HAVx Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0024
ポリマ－72,6143
非ポリマー3891
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5690 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area28460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.962, 99.832, 90.636
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.200, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
12chain C
22chain H
13chain D
23chain L

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA1 - 58
211chain BB1 - 58
112chain CC1 - 229
212chain HH1 - 229
113chain DD1 - 214
213chain LL1 - 214

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: RNA鎖 Self-alkylating ribozyme (58-MER)


分子量: 18674.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Aeropyrum pernix (古細菌)
#2: 抗体 Fab HAVx Heavy Chain


分子量: 27588.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Fab HAVx Light Chain


分子量: 26351.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-V4J / 2-{[(4R)-4-hydroxyhexyl]oxy}ethyl 5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoate


分子量: 388.522 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H32N2O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 835 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 0.1 M ammonium fluoride, 10% PEG3350, pH 6.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月22日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.708→83.3 Å / Num. obs: 159200 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 26.22 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/av σ(I): 11.2 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.71→1.74 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 1.848 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 7389 / CC1/2: 0.235 / Rpim(I) all: 1.16 / Rrim(I) all: 2.187 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260)精密化
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6MWN

6mwn


解像度: 1.708→83.3 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2132 1819 1.26 %
Rwork0.1891 142234 -
obs0.1894 144053 89.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 173.01 Å2 / Biso mean: 45.5685 Å2 / Biso min: 16.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.708→83.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6738 2474 52 835 10099
Biso mean--86.87 42.94 -
残基数----999
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1386X-RAY DIFFRACTION8.642TORSIONAL
12B1386X-RAY DIFFRACTION8.642TORSIONAL
21C2044X-RAY DIFFRACTION8.642TORSIONAL
22H2044X-RAY DIFFRACTION8.642TORSIONAL
31D2052X-RAY DIFFRACTION8.642TORSIONAL
32L2052X-RAY DIFFRACTION8.642TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7083-1.75440.4151060.3686809567
1.7544-1.80610.33121260.3312905775
1.8061-1.86440.33311270.3028969480
1.8644-1.9310.30991290.26021023484
1.931-2.00830.27331220.23911083589
2.0083-2.09970.26921420.22181107791
2.0997-2.21050.24431520.20951149194
2.2105-2.3490.23311420.2071159196
2.349-2.53030.20271520.20271179297
2.5303-2.7850.20861510.20861195498
2.785-3.1880.2351600.19791199298
3.188-4.01650.20521520.16481217099
4.0165-100.15251580.13951225299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0229-0.0421-0.11760.63060.08660.2375-0.0813-0.6730.12230.56650.18550.12-0.2598-0.0632-0.0430.69790.12580.05480.5877-0.04290.3011-4.511316.995110.1184
20.672-0.1981-0.52861.49330.43820.5751-0.14660.89060.125-1.15820.2788-0.0745-0.61930.1074-0.04771.0613-0.2844-0.01771.00050.10280.3829-34.703221.2838-53.8967
30.65010.4526-0.19130.9387-0.36780.5018-0.0084-0.0757-0.00520.1330.0217-0.0114-0.00670.0202-0.01780.25040.0105-0.030.1825-0.00050.2546-55.27512.2044-3.8761
41.37720.7146-0.51270.7554-0.35140.4195-0.07830.0505-0.273-0.08870.0102-0.06610.0642-0.02810.08080.23890.0298-0.0330.1464-0.00790.2736-51.2421-3.6269-10.2515
50.2948-0.3357-0.30910.79730.45721.1297-0.01410.0839-0.0404-0.16130.067-0.01070.04370.0411-0.05910.2517-0.0311-0.01890.2039-0.01090.24617.935513.9814-40.1861
60.7614-0.5661-0.61840.75420.40690.7304-0.0862-0.0243-0.15090.03510.04540.05250.07990.09630.04910.3085-0.0427-0.04510.2445-0.01210.277815.162-2.9333-36.0288
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1Chain AA1 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2Chain BB1 - 58
3X-RAY DIFFRACTION3Chain CC1 - 229
4X-RAY DIFFRACTION4Chain DD1 - 214
5X-RAY DIFFRACTION5Chain HH1 - 230
6X-RAY DIFFRACTION6Chain LL1 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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