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万見
- PDB-6xdm: STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN ARYL KETONE INHIBITOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xdm
タイトルSTRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN ARYL KETONE INHIBITOR
要素Histone deacetylase 2
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HISTONE DEACETYLASE / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of male mating behavior / protein de-2-hydroxyisobutyrylase activity / protein lysine delactylase activity / negative regulation of dendritic spine development / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / epidermal cell differentiation / histone decrotonylase activity / fungiform papilla formation / positive regulation of interleukin-1 production / behavioral response to ethanol ...positive regulation of male mating behavior / protein de-2-hydroxyisobutyrylase activity / protein lysine delactylase activity / negative regulation of dendritic spine development / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / epidermal cell differentiation / histone decrotonylase activity / fungiform papilla formation / positive regulation of interleukin-1 production / behavioral response to ethanol / NuRD complex / regulation of cell fate specification / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / negative regulation of stem cell population maintenance / histone deacetylase activity, hydrolytic mechanism / ESC/E(Z) complex / histone deacetylase / regulation of stem cell differentiation / cardiac muscle hypertrophy / cellular response to dopamine / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / response to caffeine / protein lysine deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / embryonic digit morphogenesis / histone deacetylase activity / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / Notch-HLH transcription pathway / Sin3-type complex / positive regulation of stem cell population maintenance / eyelid development in camera-type eye / odontogenesis of dentin-containing tooth / dendrite development / response to amyloid-beta / positive regulation of proteolysis / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / RNA Polymerase I Transcription Initiation / histone deacetylase complex / Regulation of MECP2 expression and activity / progesterone receptor signaling pathway / hair follicle placode formation / response to hyperoxia / NF-kappaB binding / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / cellular response to retinoic acid / heat shock protein binding / SUMOylation of chromatin organization proteins / negative regulation of cell migration / response to amphetamine / Regulation of PTEN gene transcription / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / transcription coregulator binding / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / response to nicotine / response to cocaine / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / promoter-specific chromatin binding / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / circadian regulation of gene expression / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / NoRC negatively regulates rRNA expression / protein modification process / histone deacetylase binding / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of tumor necrosis factor production / heterochromatin formation / negative regulation of neuron projection development / cellular response to heat / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / response to lipopolysaccharide / histone binding / Potential therapeutics for SARS / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / chromosome, telomeric region / chromatin remodeling / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histone deacetylase / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-V1D / Histone deacetylase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Klein, D.J. / Liu, J.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Selective Class I HDAC Inhibitors Based on Aryl Ketone Zinc Binding Induce HIV-1 Protein for Clearance.
著者: Liu, J. / Kelly, J. / Yu, W. / Clausen, D. / Yu, Y. / Kim, H. / Duffy, J.L. / Chung, C.C. / Myers, R.W. / Carroll, S. / Klein, D.J. / Fells, J. / Holloway, M.K. / Wu, J. / Wu, G. / Howell, B. ...著者: Liu, J. / Kelly, J. / Yu, W. / Clausen, D. / Yu, Y. / Kim, H. / Duffy, J.L. / Chung, C.C. / Myers, R.W. / Carroll, S. / Klein, D.J. / Fells, J. / Holloway, M.K. / Wu, J. / Wu, G. / Howell, B.J. / Barnard, R.J.O. / Kozlowski, J.A.
履歴
登録2020年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 2
B: Histone deacetylase 2
C: Histone deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,74132
ポリマ－129,1863
非ポリマー3,55529
水22,9511274
1
A: Histone deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,38212
ポリマ－43,0621
非ポリマー1,32011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Histone deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0839
ポリマ－43,0621
非ポリマー1,0218
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Histone deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,27611
ポリマ－43,0621
非ポリマー1,21410
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.255, 99.495, 139.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Histone deacetylase 2 / HD2


分子量: 43061.988 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDAC2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92769, histone deacetylase

-
非ポリマー , 6種, 1303分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-V1D / N-[(1S)-1-[4-(2-fluorophenyl)-1H-imidazol-2-yl]-7,7-dihydroxy-7-(1,2-oxazol-3-yl)heptyl]-1-methylazetidine-3-carboxamide


分子量: 471.525 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H30FN5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.558→99.5 Å / Num. obs: 183548 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.558→1.563 Å / Num. unique obs: 1799 / CC1/2: 0.68

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7 (19-MAR-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.56→22.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU R Cruickshank DPI: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.076 / SU Rfree Blow DPI: 0.074 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.07
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1886 9217 5.05 %RANDOM
Rwork0.1674 ---
obs0.1684 182686 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 200.56 Å2 / Biso mean: 22.76 Å2 / Biso min: 7.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0303 Å20 Å20 Å2
2--0.0128 Å20 Å2
3----0.0431 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.56→22.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8863 0 210 1281 10354
Biso mean--37.98 37.66 -
残基数----1101
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3337SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1668HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_it9459HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1142SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9817SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d9459HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg12798HARMONIC20.96
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.96
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.63
LS精密化 シェル解像度: 1.56→1.57 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2877 161 4.41 %
Rwork0.2508 3493 -
all0.2524 3654 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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