PDB-6x9f: Pseudomonas aeruginosa MurC with AZ8074

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6x9f

タイトル

Pseudomonas aeruginosa MurC with AZ8074

要素

UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

キーワード

LIGASE / MurC / AZ8074 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Horanyi, P.S. / Mayclin, S.J. / Durand-Reville, T.F. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pseudomonas aeruginosa MurC with AZ8074
著者: Horanyi, P.S. / Mayclin, S.J. / Durand-Reville, T.F. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2020年6月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6x9f.cif.gz	944.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6x9f.ent.gz	775.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6x9f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6x9f_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6x9f_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	6x9f_validation.xml.gz	92.7 KB	表示
CIF形式データ	6x9f_validation.cif.gz	124.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/6x9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/6x9f	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5vvwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6x9n-1 6x9n-8 6x9n-5 6x9n-6 6x9n-3 6x9n-7 1m61-d 3sxk-d 3sxz-d 3hq7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

B: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

C: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

D: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

E: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

F: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

G: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

H: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

ヘテロ分子

409 kDa, 8 ポリマー
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1

A: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
51.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

ヘテロ分子

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51.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.2 kDa, 1 ポリマー
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5

E: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.2 kDa, 1 ポリマー
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6

F: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.1 kDa, 1 ポリマー
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7

G: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51 kDa, 1 ポリマー
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8

H: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	284.690, 109.050, 108.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.260, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase 分子量: 50404.387 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: murC, PA4411 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9HW02, UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase

#1: タンパク質

UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase

分子量: 50404.387 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: murC, PA4411
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HW02, UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase

-
非ポリマー , 5種, 644分子

#2: 化合物	ChemComp-UXP / [(2R)-1-{4-[(5-cyclopropyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]-2H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-6-yl}piperidin-2-yl]methanol 分子量: 354.410 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₂N₈O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 586 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.18 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Morpheus A2, 60mM Divalents, (0.3M Magnesium chloride hexahydrate; 0.3M Calcium chloride dehydrate), 100mM Imidazole; MES monohydrate (acid), 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8000. 1mM ...詳細: Morpheus A2, 60mM Divalents, (0.3M Magnesium chloride hexahydrate; 0.3M Calcium chloride dehydrate), 100mM Imidazole; MES monohydrate (acid), 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8000. 1mM compound was soaked over 4 days

結晶

マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.18 %

結晶化

温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus A2, 60mM Divalents, (0.3M Magnesium chloride hexahydrate; 0.3M Calcium chloride dehydrate), 100mM Imidazole; MES monohydrate (acid), 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8000. 1mM ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.35→47.67 Å / Num. obs: 126323 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.216 % / B_iso Wilson estimate: 48.651 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_rim(I) all: 0.077 / Χ²: 1.026 / Net I/σ(I): 11.42 / Num. measured all: 406260 / Scaling rejects: 17

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.35-2.41	3.235	0.584	2.04	29938	9367	9254	0.828	0.701	98.8
2.41-2.48	3.238	0.482	2.46	29220	9125	9023	0.881	0.579	98.9
2.48-2.55	3.238	0.399	2.94	28699	8962	8862	0.911	0.479	98.9
2.55-2.63	3.24	0.315	3.62	27700	8639	8549	0.944	0.378	99
2.63-2.71	3.227	0.267	4.3	26815	8399	8309	0.956	0.321	98.9
2.71-2.81	3.237	0.204	5.47	25852	8067	7987	0.973	0.245	99
2.81-2.91	3.234	0.165	6.56	25148	7854	7777	0.981	0.197	99
2.91-3.03	3.222	0.127	8.11	24111	7550	7483	0.99	0.152	99.1
3.03-3.17	3.228	0.105	9.76	23257	7262	7205	0.991	0.126	99.2
3.17-3.32	3.219	0.076	12.74	22074	6927	6857	0.995	0.091	99
3.32-3.5	3.206	0.061	14.93	20855	6564	6504	0.997	0.073	99.1
3.5-3.72	3.208	0.05	17.6	19907	6257	6206	0.998	0.06	99.2
3.72-3.97	3.2	0.043	20.1	18543	5842	5794	0.998	0.051	99.2
3.97-4.29	3.196	0.036	22.67	17335	5462	5424	0.998	0.044	99.3
4.29-4.7	3.205	0.032	25.09	16179	5080	5048	0.998	0.039	99.4
4.7-5.25	3.194	0.031	25.56	14515	4570	4544	0.999	0.038	99.4
5.25-6.07	3.191	0.034	23.42	12778	4044	4004	0.999	0.041	99
6.07-7.43	3.164	0.031	25.13	10702	3411	3382	0.999	0.037	99.1
7.43-10.51	3.121	0.024	30.99	8309	2679	2662	0.999	0.029	99.4
10.51-47.67	2.983	0.024	31.81	4323	1522	1449	0.999	0.029	95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	PHENIX (dev_2733: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5vvw

5vvw

解像度: 2.35→47.67 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2185	1999	1.59 %
R_work	0.1834	124105	-
obs	0.184	126104	98.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 130.79 Å² / B_iso mean: 48.6931 Å² / B_iso min: 21.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.35→47.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17873	0	393	586	18852
B_iso mean	-	-	66.81	50.41	-
残基数	-	-	-	-	2434

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.35-2.41	0.3886	137	0.2915	8782	8919	99
2.41-2.47	0.2879	138	0.2683	8763	8901	99
2.47-2.55	0.2294	146	0.243	8859	9005	99
2.55-2.63	0.2781	139	0.23	8840	8979	99
2.63-2.72	0.244	144	0.2146	8821	8965	99
2.72-2.83	0.241	144	0.2088	8807	8951	99
2.83-2.96	0.265	141	0.205	8868	9009	99
2.96-3.12	0.247	143	0.2023	8884	9027	99
3.12-3.31	0.2674	139	0.1981	8871	9010	99
3.31-3.57	0.228	149	0.19	8861	9010	99
3.57-3.93	0.2253	135	0.1657	8931	9066	99
3.93-4.49	0.2045	150	0.141	8943	9093	100
4.49-5.66	0.1418	148	0.1491	8957	9105	99
5.66-47.67	0.1757	146	0.1683	8918	9064	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.0114	1.499	-3.5958	8.0775	0.9833	7.6563	0.0868	-0.0584	-0.8257	0.3809	-0.2285	0.4062	0.5402	-0.4683	0.1973	0.3849	-0.0439	-0.0935	0.3776	0.1385	0.3895	-32.927	9.685	-34.704
2	3.7612	0.8621	-1.5007	2.6689	-1.6079	4.829	-0.051	0.0287	-0.189	0.1198	-0.1033	0.1199	-0.1437	-0.1614	0.1611	0.3529	0.0695	-0.0416	0.3574	0.0384	0.2596	-32.269	21.757	-45.803
3	3.0567	-0.3333	0.1575	1.2746	-0.0043	2.63	-0.039	0.3001	0.108	0.0129	-0.0271	-0.1003	-0.0156	-0.079	0.0488	0.4061	0.0167	-0.0796	0.4242	0.106	0.2648	-32.316	34.194	-60.795
4	7.2447	-3.6648	-0.2232	8.6229	-2.7935	6.4703	-0.2798	-1.0195	-0.1805	0.6744	0.2924	0.0424	0.2654	-0.1596	0.0251	0.3807	-0.0332	0.0097	0.4389	-0.0506	0.3249	-37.63	-23.334	34.494
5	1.4859	-0.8478	0.5727	5.7126	-2.0893	2.5442	-0.0914	-0.09	-0.0509	0.2596	0.1899	-0.0479	0.1164	0.086	-0.1033	0.3126	-0.0079	0.0309	0.3466	-0.126	0.2918	-30.268	-12.366	24.727
6	3.1498	-0.1261	0.3118	3.8779	-0.7922	1.77	-0.0726	0.0674	0.0109	0.1901	-0.0199	-0.3677	0.0946	-0.0162	0.081	0.2764	-0.072	-0.0056	0.3211	-0.0999	0.2723	-15.448	-3.422	15.483
7	5.9639	0.1783	0.8987	4.3488	-0.0932	2.8333	-0.1627	-0.1885	0.4473	0.2131	0.0126	0.0274	-0.2242	-0.2312	0.1832	0.2709	-0.0677	-0.0155	0.2716	-0.0442	0.3053	-28.009	9.173	14.886
8	2.4021	0.2849	-3.3814	7.6406	0.4387	6.5551	-0.0823	-0.234	-0.8251	0.3462	0.0798	0.4212	0.6931	-0.3183	-0.0537	0.4291	-0.0294	-0.1101	0.3657	-0.0162	0.5044	-52.264	-44.881	4.629
9	2.6552	0.0318	-1.7495	1.6437	-0.6061	3.3481	-0.1276	0.1389	-0.2243	0.0022	0.0399	0.1913	-0.0509	-0.2765	0.0731	0.3542	-0.0317	-0.0562	0.2931	-0.0767	0.3024	-51.338	-32.734	-6.601
10	4.3156	-0.2869	-0.7539	1.6233	-0.4899	2.4659	-0.0966	0.4153	-0.0081	0.02	-0.0154	0.0372	0.0815	-0.2716	0.1273	0.3624	-0.0202	-0.1022	0.3609	-0.0668	0.2329	-51.423	-20.24	-21.331
11	5.0865	-1.9818	0.3033	8.2466	-0.8764	8.8271	-0.012	0.2449	0.6104	-0.285	-0.0874	0.0825	-0.726	-0.1731	0.0997	0.2705	-0.0397	-0.0314	0.3289	-0.0233	0.4405	-50.856	3.635	0.264
12	1.6126	0.5037	-0.4184	2.6141	-1.7621	5.4559	-0.1038	0.0479	-0.0691	-0.0904	0.0111	0.1873	-0.1519	-0.2202	0.0735	0.2254	-0.0274	0.0367	0.3053	-0.0862	0.3116	-57.871	-8.539	8.721
13	3.0701	0.5311	0.6007	1.4482	0.4423	4.199	-0.0037	-0.2254	-0.109	0.0003	0.008	-0.1488	-0.0624	-0.3427	-0.0068	0.2354	0.0043	0.057	0.3897	-0.011	0.3967	-68.405	-21.097	19.413
14	7.4358	3.005	-1.2883	7.0418	0.2834	6.7289	-0.0292	0.4553	0.0623	-0.3738	-0.0013	-0.3039	-0.1467	0.3099	-0.0205	0.2552	0.0354	-0.0347	0.2867	-0.0174	0.2317	-19.077	-17.575	-10.355
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19	3.4219	-0.6805	0.3798	3.503	-0.1697	2.0704	-0.1097	0.0809	0.2542	0.003	-0.0215	-0.0625	0.0479	-0.1425	0.144	0.3052	-0.1049	-0.0017	0.2773	0.0643	0.3233	-0.963	56.038	-24.276
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21	1.4458	0.7975	-1.0695	2.9346	-2.0267	6.2043	-0.0367	0.1971	0.1494	-0.1777	-0.0132	0.1875	-0.1304	-0.4154	0.0646	0.2481	0.0076	0.0122	0.3514	0.0101	0.3597	-38.511	46.067	-30.533
22	2.3539	0.5447	0.1809	1.5827	-0.1848	5.5416	0.0748	-0.052	-0.0282	-0.0099	-0.0523	0.0051	-0.1872	-0.3767	0.0092	0.2102	-0.0038	0.0527	0.3664	0.0326	0.3674	-49.03	33.366	-20.051
23	5.0864	3.071	-1.4411	8.798	1.1876	7.0502	0.1033	0.6369	0.3725	-0.2858	0.1835	-0.5381	-0.4983	0.404	-0.2891	0.4153	0.0213	0.0107	0.5663	0.1978	0.3889	0.172	36.873	-49.988
24	3.0553	1.3584	-0.6625	5.2753	-1.0085	1.7464	0.0149	0.031	0.0544	0.0228	0.0861	-0.0698	-0.1338	0.1917	-0.0908	0.3159	0.0286	-0.0161	0.3492	0.0777	0.195	-1.441	25.85	-37.663
25	2.1706	0.6357	0.7943	3.1804	0.218	1.8519	0.0309	0.0674	-0.0489	0.0326	0.065	-0.1483	0.0087	-0.0009	-0.0975	0.2775	0.0565	0.0059	0.298	0.1089	0.2495	-0.756	11.899	-23.992

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 8:81 )	A	8 - 81
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 82:170 )	A	82 - 170
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 171:311 )	A	171 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 8:81 )	B	8 - 81
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 82:170 )	B	82 - 170
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 171:257 )	B	171 - 257
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 258:311 )	B	258 - 311
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN C AND RESID 8:81 )	C	8 - 81
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN C AND RESID 82:170 )	C	82 - 170
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 171:312 )	C	171 - 312
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN D AND RESID 8:81 )	D	8 - 81
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN D AND RESID 82:170 )	D	82 - 170
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN D AND RESID 171:311 )	D	171 - 311
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN E AND RESID 8:81 )	E	8 - 81
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN E AND RESID 82:170 )	E	82 - 170
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN E AND RESID 171:311 )	E	171 - 311
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN F AND RESID 8:81 )	F	8 - 81
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN F AND RESID 82:170 )	F	82 - 170
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN F AND RESID 171:312 )	F	171 - 312
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN G AND RESID 8:81 )	G	8 - 81
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN G AND RESID 82:170 )	G	82 - 170
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN G AND RESID 171:311 )	G	171 - 311
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN H AND RESID 8:81 )	H	8 - 81
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN H AND RESID 82:170 )	H	82 - 170
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN H AND RESID 171:311 )	H	171 - 311

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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