+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wii | ||||||
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Title | Crystal structure of the K. pneumoniae LpxH/JH-LPH-41 complex | ||||||
Components | UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / LpxH / JH-LPH-41 / Lipid A / Antibiotic | ||||||
Function / homology | Function and homology information UDP-2,3-diacylglucosamine diphosphatase / UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase activity / lipid A biosynthetic process / extrinsic component of plasma membrane / manganese ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Klebsiella pneumoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Cochrane, C.S. / Cho, J. / Fenton, B.A. / Zhou, P. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Bioorg.Chem. / Year: 2020 Title: Synthesis and evaluation of sulfonyl piperazine LpxH inhibitors. Authors: Kwak, S.H. / Cochrane, C.S. / Ennis, A.F. / Lim, W.Y. / Webster, C.G. / Cho, J. / Fenton, B.A. / Zhou, P. / Hong, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6wii.cif.gz | 142.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6wii.ent.gz | 90.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6wii.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6wii_validation.pdf.gz | 671.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6wii_full_validation.pdf.gz | 672.2 KB | Display | |
Data in XML | 6wii_validation.xml.gz | 12.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6wii_validation.cif.gz | 18.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/6wii ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/6wii | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6pj3S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 29627.680 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Klebsiella pneumoniae (bacteria) Gene: lpxH_1, lpxH, C3483_19950, NCTC9128_00880, SAMEA104305404_03891 Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: A0A1S0WIC1, UniProt: A6T5R0*PLUS, UDP-2,3-diacylglucosamine diphosphatase |
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-Non-polymers , 5 types, 159 molecules
#2: Chemical | ChemComp-U2V / | ||||||
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#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-GOL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 57.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 4 mg/mL of LpxH, 0.27 mM JH-LPH-41, 10 mM MES (pH 6.0), 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 50 mM sodium citrate (pH 5.5), 18.5% pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 0.5mM DTT, 1% DMSO, 2.5% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9791 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 14, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→46.29 Å / Num. obs: 29725 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 10.97 % / Biso Wilson estimate: 26.34 Å2 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 16.88 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.9 Å / Num. unique obs: 2156 / Rrim(I) all: 0.863 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6PJ3 Resolution: 1.85→45.77 Å / SU ML: 0.1555 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 17.3007
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→45.77 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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