+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wf4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of TerC Co-crystallized with Polyporic Acid | ||||||
要素 | Terfestatin Biosyntheis Enzyme C | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / natural products / jellyroll / Structural Genomics / PSI-Biology / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro | ||||||
機能・相同性 | SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / NTF2-like domain superfamily / ISOPROPYL ALCOHOL / Chem-U07 / TerC 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces sp. RM-5-8 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å | ||||||
データ登録者 | Clinger, J.A. / Miller, M.D. / Hall, R.E. / Zhang, Y. / Elshahawi, S.I. / Thorson, J.S. / Van Lanen, S.G. / Phillips Jr., G.N. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro) | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Structural and functional characterization of two cooperative enzymes responsible for the stability of p-terphenyls. 著者: Clinger, J.A. / Zhang, Y. / Liu, Y. / Miller, M.D. / Hall, R.E. / Van Lanen, S.G. / Phillips Jr., G.N. / Thorson, J.S. / Elshahawri, S.I. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wf4.cif.gz | 92.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6wf4.ent.gz | 70.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wf4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6wf4_validation.pdf.gz | 703.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6wf4_full_validation.pdf.gz | 703.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6wf4_validation.xml.gz | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6wf4_validation.cif.gz | 11 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/6wf4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/6wf4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6d34S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19953.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces sp. RM-5-8 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3B6UEU1 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-U07 / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-IPA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.74 % / Mosaicity: 0 ° |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: 20% v/v 2-Propanol, 0.1M MES, 20%w/v PEG MME 2000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月31日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.96→48.59 Å / Num. obs: 11538 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 14.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 15.2 / Num. measured all: 171889 / Scaling rejects: 111 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR |
|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6D34 解像度: 1.97→31.81 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.27
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 169.72 Å2 / Biso mean: 50.5429 Å2 / Biso min: 16.98 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.97→31.81 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4
|