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万見
- PDB-6vem: Structure of RNA octamer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vem
タイトルStructure of RNA octamer
要素Modified Octamer RNA
キーワードRNA (リボ核酸) / Synthetic RNA / 5'-C-Metyl-guanosine
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / リボ核酸
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Pallan, P.S. / Egli, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Synthesis, chirality-dependent conformational and biological properties of siRNAs containing 5'-(R)- and 5'-(S)-C-methyl-guanosine.
著者: Mikami, A. / Erande, N. / Matsuda, S. / Kel'in, A. / Woods, L.B. / Chickering, T. / Pallan, P.S. / Schlegel, M.K. / Zlatev, I. / Egli, M. / Manoharan, M.
履歴
登録2020年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Modified Octamer RNA
B: Modified Octamer RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9477
ポリマ－5,1412
非ポリマー8065
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area3200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.921, 37.921, 57.852
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: RNA鎖 Modified Octamer RNA


分子量: 2570.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: GMX is 5 prime-C-methyl-guanosine / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.34 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Sodium cacodylate (20 mM, pH 6.0), sodium chloride (40 mM), hexamine cobalt(III) chloride (10 mM), and 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD; 5% (v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月2日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→23 Å / Num. obs: 6721 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 18.5 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.015 / Net I/av σ(I): 63.3 / Net I/σ(I): 63.32
反射 シェル解像度: 1.56→1.62 Å / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.869 / Mean I/σ(I) obs: 1.33 / Num. unique obs: 627 / Rpim(I) all: 0.243 / % possible all: 92.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREPCCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 259D

259d


解像度: 1.56→21.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 5.046 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.098
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2439 295 4.4 %RANDOM
Rwork0.1775 ---
obs0.1799 6392 99.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 83.43 Å2 / Biso mean: 38.293 Å2 / Biso min: 20.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20.07 Å20 Å2
2--0.14 Å2-0 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.56→21.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 340 35 30 405
Biso mean--37.26 49.89 -
残基数----16
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.013408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8571.66663
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0290.02168
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.6743408
LS精密化 シェル解像度: 1.562→1.602 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 24 -
Rwork0.259 426 -
all-450 -
obs--92.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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