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万見
- PDB-6vbr: The crystal structure of the 2009 H1N1/California PA endonuclease... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vbr
タイトルThe crystal structure of the 2009 H1N1/California PA endonuclease wild type in complex with SJ000986248
要素Polymerase acidic protein
キーワードVIRAL PROTEIN/Inhibitor / NUCLEASE / INFLUENZA / INHIBITOR RESISTANCE / HYDROLASE / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral RNA genome replication / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Hexa Vinylpyrrolidone K15 / Chem-QVV / Protein PA-X
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Cuypers, M.G. / Slavish, P.J. / Rankovic, Z. / White, S.W.
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Chemical scaffold recycling: Structure-guided conversion of an HIV integrase inhibitor into a potent influenza virus RNA-dependent RNA polymerase inhibitor designed to minimize resistance potential.
著者: Slavish, P.J. / Cuypers, M.G. / Rimmer, M.A. / Abdolvahabi, A. / Jeevan, T. / Kumar, G. / Jarusiewicz, J.A. / Vaithiyalingam, S. / Jones, J.C. / Bowling, J.J. / Price, J.E. / DuBois, R.M. / ...著者: Slavish, P.J. / Cuypers, M.G. / Rimmer, M.A. / Abdolvahabi, A. / Jeevan, T. / Kumar, G. / Jarusiewicz, J.A. / Vaithiyalingam, S. / Jones, J.C. / Bowling, J.J. / Price, J.E. / DuBois, R.M. / Min, J. / Webby, R.J. / Rankovic, Z. / White, S.W.
履歴
登録2019年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月14日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / database_2 / struct
Item: _citation.title / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title
改定 1.22023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5316
ポリマ－23,1481
非ポリマー1,3825
水37821
1
A: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,24548
ポリマ－185,1878
非ポリマー11,05840
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation5_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation6_565x,-y+1,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area19590 Å2
ΔGint-230 kcal/mol
Surface area61800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.790, 90.790, 134.118
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-320-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Polymerase acidic protein


分子量: 23148.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Luxembourg/43/2009(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Luxembourg/43/2009(H1N1) / 遺伝子: PA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C6H0Y9

-
非ポリマー , 5種, 26分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-QQ4 / Hexa Vinylpyrrolidone K15 / 1,1',1'',1''',1'''',1'''''-[(3R,5R,7R,9S,11R)-dodecane-1,3,5,7,9,11-hexayl]hexa(pyrrolidin-2-one)


分子量: 668.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H56N6O6
#4: 化合物 ChemComp-QVV / benzyl [2-(4-{[2-(6-amino-9H-purin-9-yl)ethyl]carbamoyl}-5-hydroxy-6-oxo-1,6-dihydropyrimidin-2-yl)propan-2-yl]carbamate / SJ000988248


分子量: 507.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H25N9O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES PH 7.8, 1 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM MNCL2, 10 MM MGCL2, 0.5% PVP K15, PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→75.18 Å / Num. obs: 7619 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 89.66 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.064 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.75→2.88 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 1.173 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 983 / CC1/2: 0.746 / Rpim(I) all: 0.404 / Rrim(I) all: 1.242 / Χ2: 0.97 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3965精密化
PHENIXdev_3965精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5vpt

5vpt


解像度: 2.75→38.86 Å / SU ML: 0.591 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.0774
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2548 705 5.06 %
Rwork0.2389 13226 -
obs0.2397 7611 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 104.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→38.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1405 0 65 21 1491
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00611501
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97812032
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0592214
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083257
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1969538
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.960.41451680.39222606X-RAY DIFFRACTION99.93
2.96-3.260.38581470.33342645X-RAY DIFFRACTION99.96
3.26-3.730.30751290.29952645X-RAY DIFFRACTION99.89
3.73-4.70.22721440.22412648X-RAY DIFFRACTION99.82
4.7-38.860.21291170.19672682X-RAY DIFFRACTION99.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.07552919657-2.01981398092-0.9731314155363.20423621332-1.699782912455.14284737823-0.3487042905730.232600169567-0.4876709439270.257809551375-0.003989400617980.582431022894-0.466824317472-0.8347721282360.3629088780210.792908373528-0.1303807060590.01262555307590.946634523774-0.3782489890461.1305818930521.330509534435.7810006549-7.70624814372
22.29813432627-1.55540884518-4.01814848366.424693258161.906755479247.29724585935-0.2363210536281.152516581860.509893800084-0.683198736355-0.5266834911710.916819734148-0.859604080913-0.7765270082550.8031659337650.8641330036770.0406435376703-0.4340964700761.14083724034-0.2002937373541.0429018044723.742399984952.7575863201-19.4080531343
32.60820935602-2.243320532590.1255425936752.91068782171-0.6927611869713.285203286310.03329149931170.83821065803-0.10915786294-0.78607535963-0.3216559721550.685005906850.0561007631117-0.7459121950720.33690088120.837148884316-0.0261809129879-0.3055158838981.11279657294-0.3683086386781.0516028040219.686471232245.2576799323-25.2352362003
41.251420255431.48445953127-1.628958613533.79026619193-2.729540383742.44934117695-0.999749178121-1.84622992971.033305911450.1632394003230.3966486840520.386146468134-0.8110986731860.03254593000910.5771742507971.438312652-0.0377848392778-0.3747158793492.24096860647-0.4246456362321.3640941099310.770533466936.1786218289-27.8968400447
51.30040194411-1.475029761160.8943559975596.94588024029-2.887954061676.35710736251-0.7396290781210.4431698936-0.425467351619-1.343861585770.6136872194630.804615499028-0.0472502983614-1.115032441221.655596769041.14605526847-0.102269559127-0.7137267004941.59118093625-0.8386875876380.95735501472117.568249157640.7590345824-28.3474843222
62.11401266583-0.7314437274061.084825429596.5680545196-2.925221130261.58139805318-0.07550107483720.783566394057-0.99436509206-1.60982007977-0.4605409391410.4788827670840.282945426276-0.3191963908140.3735973596241.2884615287-0.250004420598-0.1530371060791.4862444978-0.4751818668721.0491430451923.883949986834.6498540871-30.2865565378
71.29372967153-0.6886110549140.1661522218596.75580219858-0.315591865211.75023506559-0.469461644840.445113469171-0.802724968824-0.059670145381-0.3738551823960.7223829477690.917080448503-1.00596450310.6773651643781.19153749623-0.3216202191890.0946502787251.12374261895-0.6431289328131.3462667699623.821126347925.4649055359-16.8168698357
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -2 through 50 )-2 - 501 - 53
22chain 'A' and (resid 51 through 98 )51 - 9854 - 82
33chain 'A' and (resid 99 through 126 )99 - 12683 - 110
44chain 'A' and (resid 127 through 138 )127 - 138111 - 122
55chain 'A' and (resid 139 through 149 )139 - 149123 - 133
66chain 'A' and (resid 150 through 164 )150 - 164134 - 148
77chain 'A' and (resid 165 through 195 )165 - 195149 - 179

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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