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万見
- PDB-6v8d: Design, Synthesis, and Mechanism of Fluorine-substituted Cyclohex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v8d
タイトルDesign, Synthesis, and Mechanism of Fluorine-substituted Cyclohexene Analogues of GAMA-Aminobutyric Acid (GABA) as Selective Ornithine Aminotransferase Inactivators
要素Ornithine aminotransferase, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / Human Ornithine Aminotransferase (hOAT) / Mechanism Based Inactivator / PLP Hepatocellular Carcinoma (HCC)
機能・相同性
機能・相同性情報


arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / arginine catabolic process to glutamate / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / visual perception / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion ...arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / arginine catabolic process to glutamate / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / visual perception / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ornithine aminotransferase / : / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
(3Z)-3-iminocyclohex-1-ene-1-carboxylic acid / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Ornithine aminotransferase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Zhu, W. / Doubleday, P.T. / Catlin, D.S. / Weerawarna, P. / Butrin, A. / Shen, S. / Kelleher, N.L. / Liu, D. / Silverman, R.B.
資金援助1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)DA030604
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Design, Synthesis, and Mechanism of Fluorine-substituted Cyclohexene Analogues of GAMA-Aminobutyric Acid (GABA) as Selective Ornithine Aminotransferase Inactivators
著者: Zhu, W. / Doubleday, P.T. / Catlin, D.S. / Weerawarna, P. / Butrin, A. / Shen, S. / Kelleher, N.L. / Liu, D. / Silverman, R.B.
履歴
登録2019年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
B: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
C: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,7409
ポリマ－134,5813
非ポリマー1,1596
水9,854547
1
A: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
B: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4936
ポリマ－89,7212
非ポリマー7734
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11470 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area25350 Å2
手法PISA
2
C: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子

C: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4936
ポリマ－89,7212
非ポリマー7734
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area11560 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area25230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)202.596, 111.958, 57.873
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.110, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-769-

HOH

21C-686-

HOH

31C-724-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ornithine aminotransferase, mitochondrial / Ornithine delta-aminotransferase / Ornithine--oxo-acid aminotransferase


分子量: 44860.320 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OAT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04181, ornithine aminotransferase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-O78 / (3Z)-3-iminocyclohex-1-ene-1-carboxylic acid


分子量: 139.152 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 547 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 16.5% PEG 1000 240 mM NaCl 25% glycerol 50 mM Tricine pH 7.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→32 Å / Num. obs: 54461 / % possible obs: 91.73 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / Num. unique obs: 3671 / CC1/2: 0.891

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OAT

1oat


解像度: 2.25→31.36 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1955 2703 4.96 %
Rwork0.1568 51758 -
obs0.1587 54461 91.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.04 Å2 / Biso mean: 29.9815 Å2 / Biso min: 14.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→31.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9450 0 75 547 10072
Biso mean--30.89 35.86 -
残基数----1206
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.25-2.290.265990.17661710180958
2.29-2.340.25471070.16661981208866
2.34-2.380.22661230.1662194231775
2.38-2.430.20591440.16732596274088
2.43-2.490.21291350.1652825296096
2.49-2.550.2191370.16572913305098
2.55-2.620.23241530.1582948310199
2.62-2.70.18911540.1582889304399
2.7-2.790.19811540.15462934308899
2.79-2.890.24011400.16052957309799
2.89-30.19371450.16062889303499
3-3.140.18831680.15452907307598
3.14-3.30.19721720.1542877304998
3.3-3.510.1591510.15052624277588
3.51-3.780.16961440.14722907305198
3.78-4.160.17271710.14292952312399
4.16-4.760.20661370.14472936307398
4.76-5.990.21181290.17462949307897
5.99-31.360.17961400.16622770291091

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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