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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6umf | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of human GAC in complex with inhibitor UPGL00012 | ||||||||||||
要素 | Glutaminase kidney isoform, mitochondrial | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / inhibitor / complex / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutamine catabolic process / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / glutamate biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / intracellular glutamate homeostasis / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / glutaminase / glutaminase activity / suckling behavior / TP53 Regulates Metabolic Genes ...glutamine catabolic process / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / glutamate biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / intracellular glutamate homeostasis / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / glutaminase / glutaminase activity / suckling behavior / TP53 Regulates Metabolic Genes / chemical synaptic transmission / protein homotetramerization / mitochondrial matrix / synapse / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Huang, Q. / Cerione, R.A. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of human GAC in complex with inhibitor UPGL00012 著者: Huang, Q. / Cerione, R.A. #1: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018 タイトル: Characterization of the interactions of potent allosteric inhibitors with glutaminase C, a key enzyme in cancer cell glutamine metabolism. 著者: Huang, Q. / Stalnecker, C.A. / Zhang, C. / McDermott, L.A. / Iyer, P. / O'Neill, J. / Reimer, S. / Cerione, R.A. / Katt, W.P. #2: ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. / 年: 2016 タイトル: Design and evaluation of novel glutaminase inhibitors. 著者: McDermott, L.A. / Iyer, P. / Vernetti, L. / Reimer, S. / Sun, J. / Boby, M. / Yang, T. / Fioravanti, M. / O'Neill, J. / Wang, L. / Drakes, D. / Katt, W.P. / Huang, Q. / Cerione, R.A. #3: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2016 タイトル: Mechanistic Basis of Glutaminase Activation: A KEY ENZYME THAT PROMOTES GLUTAMINE METABOLISM IN CANCER CELLS. 著者: Li, Y. / Erickson, J.W. / Stalnecker, C.A. / Katt, W.P. / Huang, Q. / Cerione, R.A. / Ramachandran, S. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6umf.cif.gz | 778.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6umf.ent.gz | 540 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6umf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6umf_validation.pdf.gz | 378.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6umf_full_validation.pdf.gz | 359.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6umf_validation.xml.gz | 1.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6umf_validation.cif.gz | 17.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/6umf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/6umf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 137 - 544 / Label seq-ID: 66 - 473
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58023.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLS, GLS1, KIAA0838 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O94925, glutaminase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.22 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 12% PEG6000, 1.0 M LiCl, pH 8.0 / PH範囲: 8.0-8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.68→50 Å / Num. obs: 63034 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 46.77 Å2 / Rsym value: 0.237 / Net I/σ(I): 4.08 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.45 / Num. unique obs: 2581 / CC1/2: 0.645 / Rsym value: 0.684 / % possible all: 77.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5D3O 解像度: 2.68→48.64 Å / SU ML: 0.389 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.3171
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.96 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.68→48.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -7.35057179115 Å / Origin y: -34.2949030442 Å / Origin z: 43.7997290656 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |